More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3941 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3941  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 128 aa  264  2.9999999999999995e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.708141  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2453  transcriptional regulator, MerR family  41.13 
 
 		 155 aa  102  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000100878  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2399  transcriptional regulator, MerR family  38.71 
 
 		 132 aa  95.5  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000424023  normal  0.796089 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 143 aa  94  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4237  MerR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 136 aa  93.2  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.428618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1967  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 141 aa  92.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.775323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  36.51 
 
 		 132 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  37.4 
 
 		 132 aa  90.1  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1943  transcriptional regulator of MerR family protein  36.51 
 
 		 135 aa  90.1  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.555422  normal  0.0105773 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  36.51 
 
 		 132 aa  89.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  35.43 
 
 		 129 aa  90.1  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.72 
 
 		 132 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5990  mercury resistance regulatory protein MerR  36.8 
 
 		 132 aa  88.6  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.479863 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1661  MerR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 137 aa  88.2  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.282422  normal  0.34807 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 134 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4798  MerR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 136 aa  87.8  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  34.65 
 
 		 129 aa  87.4  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2241  MerR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 134 aa  87  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.388969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1407  MerR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 133 aa  86.3  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  34.13 
 
 		 132 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2267  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 132 aa  86.7  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5545  MerR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 139 aa  86.7  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.71393 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2352  MerR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 152 aa  86.3  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0303  transcriptional regulator, MerR family  30.37 
 
 		 154 aa  86.3  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00540997  normal  0.988288 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 136 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  33.33 
 
 		 133 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 136 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 136 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0017  MerR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 167 aa  85.5  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.801756 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5860  MerR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 134 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0035  transcriptional regulator, MerR family  32.54 
 
 		 167 aa  85.9  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.987448  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02955  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  35.2 
 
 		 128 aa  85.5  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0202543  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2217  MerR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 134 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  35.43 
 
 		 132 aa  85.1  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3408  zinc-responsive transcriptional regulator  38.89 
 
 		 171 aa  85.1  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  34.15 
 
 		 138 aa  85.1  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4834  transcriptional regulator, MerR family  32.56 
 
 		 144 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2134  MerR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1129  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 131 aa  84.7  4e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.560457  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4315  MerR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 130 aa  84.7  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  32.54 
 
 		 135 aa  84  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2572  MerR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 141 aa  84  6e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.957862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2255  MerR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 134 aa  84.3  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.198615  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2331  MerR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 153 aa  84  6e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.324696 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1304  zinc-responsive transcriptional regulator  40.34 
 
 		 140 aa  84  7e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 137 aa  83.6  8e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  33.59 
 
 		 131 aa  83.6  9e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2655  MerR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 129 aa  83.6  9e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  34.92 
 
 		 134 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2464  transcriptional regulator, MerR family  32.82 
 
 		 137 aa  83.2  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2173  regulatory protein, MerR  34.92 
 
 		 147 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  34.92 
 
 		 134 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  36.84 
 
 		 145 aa  83.2  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2588  MerR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 129 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0158199 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2773  MerR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 132 aa  82  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3888  zinc-responsive transcriptional regulator  33.59 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00039361  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3797  transcriptional regulator, MerR family  33.06 
 
 		 140 aa  82.4  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2814  transcriptional regulator, MerR family  34.92 
 
 		 138 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 149 aa  82  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0608  zinc-responsive transcriptional regulator  35.4 
 
 		 144 aa  82.4  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000357731  normal  0.723537 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0310  zinc-responsive transcriptional regulator  33.59 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.44406  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1060  MerR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 134 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1777  MerR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 145 aa  82.8  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2762  MerR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 129 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3585  MerR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 152 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229473 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 139 aa  82  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3492  transcriptional regulator, MerR family protein  32.8 
 
 		 135 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0060  hypothetical protein  37.4 
 
 		 134 aa  81.6  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.5 
 
 		 138 aa  81.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0198  MerR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 137 aa  81.3  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  34.13 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2819  transcriptional regulator, MerR family protein  34.92 
 
 		 129 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4517  zinc-responsive transcriptional regulator  33.86 
 
 		 143 aa  81.3  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00152846  hitchhiker  0.0000330659 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0059  hypothetical protein  36.64 
 
 		 134 aa  80.9  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4117  MerR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 140 aa  81.3  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0034  MerR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 144 aa  80.9  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3502  transcriptional regulator, MerR family  32.26 
 
 		 140 aa  80.9  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.733746 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4277  MerR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 140 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2323  putative transcriptional regulator MerR  32.31 
 
 		 144 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0137  MerR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 145 aa  80.5  0.000000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3623  MerR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 142 aa  80.1  0.000000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  32.54 
 
 		 147 aa  80.5  0.000000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 137 aa  80.5  0.000000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3961  MerR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 142 aa  80.1  0.000000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.146237  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0023  MerR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 239 aa  80.1  0.000000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0029  transcriptional regulator, MerR family  30.47 
 
 		 134 aa  80.5  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 155 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2443  MerR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 140 aa  80.1  0.000000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5193  MerR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 147 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4226  MerR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 150 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.795335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2256  MerR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 144 aa  79.7  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2847  transcriptional regulator, MerR family  31.01 
 
 		 169 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.444422  hitchhiker  0.0000160217 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0396  zinc-responsive transcriptional regulator  36.51 
 
 		 177 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  33.33 
 
 		 134 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6360  transcriptional regulator, MerR family  35.94 
 
 		 152 aa  79.7  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241077  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2198  MerR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 135 aa  80.1  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0325  MerR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 147 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.634832 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 137 aa  80.1  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  29.69 
 
 		 151 aa  79.7  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1639  MerR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 159 aa  79  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.270848  normal  0.040207 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>