125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1730 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1730  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  100 
 
 
325 aa  667    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1372  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  38.06 
 
 
307 aa  191  2e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0288734 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1781  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase-like protein  35.71 
 
 
312 aa  183  4.0000000000000006e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3031  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39 
 
 
336 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.857502  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1912  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase-like protein  36.36 
 
 
302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0431  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  35.69 
 
 
311 aa  179  8e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1391  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.43 
 
 
306 aa  171  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.321363 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1914  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  40 
 
 
304 aa  168  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00640  putative D-cysteine desulfhydrase (DcyD)  36.86 
 
 
289 aa  161  2e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3479  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  35.79 
 
 
302 aa  157  3e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.120308 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2577  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38 
 
 
287 aa  152  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3686  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase, putative  35.98 
 
 
312 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5444  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  35.23 
 
 
310 aa  149  5e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24190  putative 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  35.89 
 
 
310 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0268894  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4580  putative D-cysteine desulfhydrase  33 
 
 
319 aa  145  8.000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03343  putative D-cysteine desulfhydrase  31.79 
 
 
307 aa  142  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0753  D-cysteine desulfhydrase, PLP-dependent enzyme  31.92 
 
 
318 aa  138  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3802  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase, putative  34.09 
 
 
314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2947  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase-like protein  36.45 
 
 
314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.896331  normal  0.271855 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1541  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  35.02 
 
 
297 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.974247  normal  0.412213 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1676  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase, putative  35.6 
 
 
314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.334967  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1895  putative D-cysteine desulfhydrase (DcyD)  33.44 
 
 
310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0834874 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2009  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase, putative  35.56 
 
 
297 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336209  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3733  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase-like protein  35.86 
 
 
297 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0953  putative D-cysteine desulfhydrase, DcyD  35.2 
 
 
314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561188  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2048  ACC deaminase/D-cysteine desulfhydrase family protein  35.51 
 
 
310 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0600526  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6027  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  36.25 
 
 
259 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.581609  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2162  D-cysteine desulfhydrase, PLP-dependent enzyme  33.33 
 
 
312 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0392224 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1569  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  34.32 
 
 
299 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.836174  normal  0.209686 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1217  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.97 
 
 
290 aa  101  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.6801  normal  0.977815 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1185  pyridoxal phosphate-dependent enzymes, D-cysteine desulfhydrase family  28.43 
 
 
332 aa  89.7  7e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0389534  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1663  D-cysteine desulfhydrase  28.43 
 
 
336 aa  79.3  0.00000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000049313  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2515  D-cysteine desulfhydrase  29.97 
 
 
340 aa  79.7  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0699  D-cysteine desulfhydrase  27 
 
 
312 aa  75.5  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000108217  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0723  D-cysteine desulfhydrase  27 
 
 
312 aa  75.5  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000361727  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1784  D-cysteine desulfhydrase  26.6 
 
 
332 aa  75.1  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181648  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2109  D-cysteine desulfhydrase  28.85 
 
 
328 aa  72.8  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497431  normal  0.0120182 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2115  D-cysteine desulfhydrase  28.85 
 
 
328 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000146031 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2168  D-cysteine desulfhydrase  28.85 
 
 
328 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.406051  hitchhiker  0.0000160197 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1167  D-cysteine desulfhydrase  28.85 
 
 
328 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.174791  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1290  D-cysteine desulfhydrase  28.85 
 
 
328 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000290271 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5266  pyridoxal phosphate-dependent enzyme, D- cysteine desulfhydrase family  24.76 
 
 
337 aa  71.6  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3094  D-cysteine desulfhydrase  26.54 
 
 
339 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3006  D-cysteine desulfhydrase  26.54 
 
 
339 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3059  D-cysteine desulfhydrase  26.54 
 
 
339 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2030  D-cysteine desulfhydrase  28.43 
 
 
339 aa  70.9  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2275  D-cysteine desulfhydrase  28.43 
 
 
330 aa  70.5  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2377  D-cysteine desulfhydrase  28.43 
 
 
339 aa  70.5  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2137  D-cysteine desulfhydrase  26.54 
 
 
339 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0774  D-cysteine desulfhydrase  26.54 
 
 
339 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2607  D-cysteine desulfhydrase  26.54 
 
 
339 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277517  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2006  D-cysteine desulfhydrase  26.54 
 
 
339 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.277685  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2666  D-cysteine desulfhydrase  27.56 
 
 
330 aa  68.2  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2428  D-cysteine desulfhydrase  27.99 
 
 
340 aa  67  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.551753  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_3183  predicted protein  25 
 
 
327 aa  66.6  0.0000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0144015  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0767  D-cysteine desulfhydrase  29.55 
 
 
322 aa  66.2  0.0000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0197666  hitchhiker  0.00499995 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1432  D-cysteine desulfhydrase  28.42 
 
 
340 aa  66.2  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.189366  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1828  D-cysteine desulfhydrase  26.96 
 
 
340 aa  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003059  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  26.56 
 
 
320 aa  63.9  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1604  D-cysteine desulfhydrase  26.35 
 
 
340 aa  62.8  0.000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.033923  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1343  hypothetical protein  25.82 
 
 
341 aa  61.6  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2397  D-cysteine desulfhydrase  27.8 
 
 
337 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2937  D-cysteine desulfhydrase  27.27 
 
 
330 aa  60.8  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1439  D-cysteine desulfhydrase  25.96 
 
 
347 aa  59.7  0.00000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.457826  normal  0.632152 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0245  D-cysteine desulfhydrase  25.89 
 
 
334 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.944644  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1047  D-cysteine desulfhydrase  26.73 
 
 
328 aa  59.3  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.106931  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2693  D-cysteine desulfhydrase  26.73 
 
 
328 aa  59.3  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.102426  normal  0.0614251 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1727  pyridoxal phosphate-dependent enzymes, D-cysteine desulfhydrase family  26.73 
 
 
328 aa  59.3  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00524906  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1720  D-cysteine desulfhydrase  26.73 
 
 
328 aa  59.3  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.628209 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1263  D-cysteine desulfhydrase  26.73 
 
 
328 aa  59.3  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0547515  normal  0.0193238 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1836  D-cysteine desulfhydrase  26.33 
 
 
332 aa  58.5  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1404  D-cysteine desulfhydrase  26.62 
 
 
337 aa  58.5  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1802  D-cysteine desulfhydrase  26.62 
 
 
337 aa  58.9  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.729924  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4875  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  26.01 
 
 
331 aa  58.9  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.338198  normal  0.0605398 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5055  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  25.96 
 
 
331 aa  59.3  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0798685  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2153  D-cysteine desulfhydrase  26.73 
 
 
342 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0177604  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0518  hypothetical protein  25.26 
 
 
283 aa  58.5  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0124166  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2018  D-cysteine desulfhydrase  26.23 
 
 
328 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0820004  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2506  D-cysteine desulfhydrase  26.33 
 
 
361 aa  57.4  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.119507  normal  0.820205 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3180  D-cysteine desulfhydrase  25.16 
 
 
333 aa  57.8  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.526016  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1246  hypothetical protein  22.92 
 
 
306 aa  57.8  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0604  D-cysteine desulfhydrase  25.08 
 
 
332 aa  57  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2010  D-cysteine desulfhydrase  24.42 
 
 
334 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.152874  decreased coverage  0.00891545 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3582  D-cysteine desulfhydrase  26.8 
 
 
338 aa  55.8  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2930  D-cysteine desulfhydrase  24.2 
 
 
331 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.398699  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2581  D-cysteine desulfhydrase  24.38 
 
 
333 aa  55.8  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.525939  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3261  D-cysteine desulfhydrase  23.81 
 
 
331 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.238478  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5179  pyridoxal phosphate-dependent deaminase, putative  26.67 
 
 
332 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0359  D-cysteine desulfhydrase  27.03 
 
 
332 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2321  hypothetical protein  21.43 
 
 
323 aa  54.3  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.232737  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3263  D-cysteine desulfhydrase  23.57 
 
 
331 aa  54.3  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.374487  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2992  D-cysteine desulfhydrase  23.57 
 
 
331 aa  53.5  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02795  hypothetical protein  26.17 
 
 
298 aa  53.9  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3241  D-cysteine desulfhydrase  23.57 
 
 
331 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3235  D-cysteine desulfhydrase  24.92 
 
 
331 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3005  D-cysteine desulfhydrase  23.97 
 
 
331 aa  53.1  0.000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3236  D-cysteine desulfhydrase  23.97 
 
 
331 aa  53.1  0.000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.387589  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0934  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  25.49 
 
 
338 aa  52.8  0.000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2011  D-cysteine desulfhydrase  23.57 
 
 
331 aa  52.8  0.000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0406  D-cysteine desulfhydrase  24.18 
 
 
334 aa  52.4  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>