More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1180 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1180  RecJ exonuclease  100 
 
 
160 aa  332  1e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0271144 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1890  redoxin domain-containing protein  50.83 
 
 
155 aa  142  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000501621  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2403  Redoxin domain protein  50.83 
 
 
155 aa  142  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000463478  hitchhiker  0.00393062 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1923  redoxin domain-containing protein  50.83 
 
 
155 aa  142  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00232148  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1916  redoxin domain-containing protein  50.83 
 
 
155 aa  142  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000172621  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1124  redoxin domain-containing protein  41.56 
 
 
181 aa  137  7.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.65139  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3819  redoxin domain-containing protein  48.09 
 
 
155 aa  137  8.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0554152  hitchhiker  0.000365745 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2790  putative electron transfer protein  43.95 
 
 
184 aa  136  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1895  redoxin domain-containing protein  44.3 
 
 
189 aa  136  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.132277 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1823  redoxin domain-containing protein  50.42 
 
 
155 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0149049  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2154  redoxin domain-containing protein  50.42 
 
 
160 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00992138  normal  0.309785 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2100  thioredoxin family protein  42.11 
 
 
155 aa  133  9e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1881  redoxin domain-containing protein  49.58 
 
 
160 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.180208  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0577  redoxin  42.33 
 
 
172 aa  131  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.786564  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4599  thioredoxin family protein  43.51 
 
 
158 aa  131  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2330  redoxin domain-containing protein  52.1 
 
 
182 aa  131  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0220843  normal  0.114358 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2087  redoxin domain-containing protein  45 
 
 
155 aa  128  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0109878  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1680  thioredoxin family protein  44.63 
 
 
173 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0732573  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2219  redoxin domain-containing protein  44.63 
 
 
171 aa  122  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.231269  hitchhiker  0.0012501 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2293  thioredoxin family protein  45.08 
 
 
183 aa  122  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1572  hypothetical protein  46.67 
 
 
194 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0149339 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2408  hypothetical protein  45.69 
 
 
160 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.908805  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1818  redoxin domain-containing protein  31.71 
 
 
165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.165387  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2011  redoxin domain-containing protein  36.36 
 
 
174 aa  105  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0343225 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1566  hypothetical protein  40.98 
 
 
172 aa  105  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1223  hypothetical protein  39.67 
 
 
172 aa  104  6e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2046  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like  45.36 
 
 
437 aa  95.9  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0189188  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0344  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.79 
 
 
183 aa  96.3  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00014833  hitchhiker  0.000312976 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1234  redoxin domain-containing protein  30.12 
 
 
167 aa  90.1  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3455  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.91 
 
 
168 aa  89.7  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.61185  normal  0.0436894 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18200  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.43 
 
 
178 aa  90.1  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000397372  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0547  peroxiredoxin-like protein  28.1 
 
 
168 aa  89.4  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3390  hypothetical protein  32.76 
 
 
182 aa  88.2  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3551  thiol:disulfide interchange protein DsbE, putative  33.61 
 
 
173 aa  88.2  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.571735 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2395  thioredoxin-like protein  33.88 
 
 
278 aa  87  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000335524  hitchhiker  0.0000244413 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1612  redoxin domain-containing protein  35 
 
 
180 aa  86.7  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1598  thiol-disulfide oxidoreductase  36.27 
 
 
173 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.966744  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1356  thiol-disulfide oxidoreductase  36.27 
 
 
173 aa  85.5  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1634  thiol-disulfide oxidoreductase  36.27 
 
 
173 aa  85.5  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5120  redoxin domain-containing protein  29.41 
 
 
269 aa  84.7  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.329832 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1355  thiol-disulfide oxidoreductase  36.27 
 
 
173 aa  84.7  5e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1221  peroxiredoxin-like protein  27.34 
 
 
173 aa  84.3  6e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1890  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.41 
 
 
171 aa  84  8e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.326681  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1898  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31 
 
 
166 aa  84  8e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000277693  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3537  Redoxin domain protein  30.17 
 
 
182 aa  83.2  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.694899  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3473  Redoxin domain protein  30.17 
 
 
178 aa  83.2  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.576052  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1223  Redoxin domain protein  26.97 
 
 
170 aa  83.2  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.337108  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1566  thiol-disulfide oxidoreductase  36.27 
 
 
173 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.62392e-19 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1857  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.85 
 
 
280 aa  82.8  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1954  thioredoxin  32.11 
 
 
184 aa  82.4  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3262  redoxin domain-containing protein  32.11 
 
 
269 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0170639  normal  0.755125 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1146  thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like protein  34.48 
 
 
433 aa  82.8  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.299964  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1239  thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like protein  39.58 
 
 
422 aa  82.8  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.502856  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0506  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.82 
 
 
175 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0010915  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1383  thiol-disulfide oxidoreductase  35.29 
 
 
173 aa  82  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3802  redoxin domain-containing protein  29.17 
 
 
278 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3774  thiol-disulfide isomerase-like protein  36.27 
 
 
173 aa  82  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.166782  normal  0.0186728 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1494  thiol-disulfide oxidoreductase  35.29 
 
 
173 aa  82  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1528  thiol-disulfide oxidoreductase  35.29 
 
 
173 aa  82  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3817  thiol-disulfide oxidoreductase  35.29 
 
 
173 aa  81.6  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000518727 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2921  Thiol-disulfide isomerase/thioredoxin-like  31.78 
 
 
269 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.253355  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2276  Redoxin domain protein  33.33 
 
 
171 aa  81.6  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2903  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.06 
 
 
184 aa  80.5  0.000000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1947  redoxin  35.51 
 
 
198 aa  80.5  0.000000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.489864  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2222  thiol-disulfide oxidoreductase  32.35 
 
 
174 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000493791  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1356  redoxin domain-containing protein  32.67 
 
 
278 aa  79.7  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.052167  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1661  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34 
 
 
192 aa  80.1  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2245  redoxin domain-containing protein  33.05 
 
 
165 aa  80.5  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3560  redoxin domain-containing protein  29.93 
 
 
278 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2135  thiol-disulfide oxidoreductase  33.05 
 
 
165 aa  80.5  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2137  thiol-disulfide oxidoreductase  33.05 
 
 
156 aa  80.1  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.213967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4236  redoxin domain protein  30.69 
 
 
278 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1628  redoxin domain-containing protein  30.66 
 
 
278 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0881722  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2283  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.87 
 
 
199 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000858823  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1396  thiol-disulfide oxidoreductase  33.33 
 
 
173 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6578  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30 
 
 
185 aa  79  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.861573 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0399  thiol-disulfide oxidoreductase  33.33 
 
 
174 aa  79.7  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3412  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.58 
 
 
169 aa  79  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3474  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  37.14 
 
 
169 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.163841 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0841  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.56 
 
 
174 aa  79  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2006  redoxin domain-containing protein  36.79 
 
 
176 aa  78.6  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0112011  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2114  thioredoxin family protein  25.47 
 
 
159 aa  77.8  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.14615  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6120  redoxin domain-containing protein  31.68 
 
 
209 aa  77.8  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.16555  normal  0.593362 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0525  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.45 
 
 
178 aa  78.2  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000136072  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2509  putative thiol:disulfide interchange protein  34.43 
 
 
165 aa  77.8  0.00000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.343954  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1768  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.92 
 
 
446 aa  77.8  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.197214  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1197  thiol-disulfide oxidoreductase  30.7 
 
 
173 aa  77.8  0.00000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4485  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.07 
 
 
200 aa  76.6  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000697653 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0476  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.96 
 
 
177 aa  77  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0272  thioredoxin family protein  30.08 
 
 
182 aa  76.6  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.900103 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4240  redoxin domain-containing protein  31.43 
 
 
332 aa  76.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0223129  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0510  putative secreted protein  29.63 
 
 
209 aa  76.6  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.113668  normal  0.171566 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1885  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.76 
 
 
447 aa  76.6  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.404766  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0403  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  27.67 
 
 
174 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000117414  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0735  redoxin domain-containing protein  32.19 
 
 
211 aa  76.3  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0679  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30 
 
 
167 aa  76.3  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2704  hypothetical protein  29.25 
 
 
205 aa  75.9  0.0000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.396222  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0087  thiol-disulfide isomerase-like protein  32.23 
 
 
170 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.653321  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0181  alkyl hydroperoxide reductase  33.33 
 
 
183 aa  76.3  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0243778  normal  0.461108 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4210  redoxin domain-containing protein  27.21 
 
 
269 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>