More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_R0116 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_R0116  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000605534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0114  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000507523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0115  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000617042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0125  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104989  normal  0.132999 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0125  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000725635  normal  0.695646 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t092  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0019  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000288253  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0031  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000068537  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0038  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000116483  normal  0.0233016 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0020  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000559714  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t101  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 87 bp  123  7e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000108227  normal  0.0525224 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t093  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0109  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000331868  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0126  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000553004  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0126  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000786823  normal  0.701139 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0122  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000181545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0030  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000421149  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0037  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000758461  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0018  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000477494  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0019  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000052132  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t102  tRNA-Leu  91.46 
 
 		 87 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000565255  normal  0.0522725 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0025  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0595639  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0123  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000143364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R11  tRNA-Leu  91.55 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R10  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.919208  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0140  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.180283  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0012  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.898265 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t58  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.544778  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t59  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.523446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA2  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA3  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0003  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.804113 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0099  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.116508  normal  0.84635 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0107  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.57373  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0126  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000177569  hitchhiker  0.000589421 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0146  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000070771  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0118  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.233228  hitchhiker  0.00000366381 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  97.22 
 
 		 98 bp  63.9  0.000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0021  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.763911  hitchhiker  0.00000000000407532 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0030  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.551474  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0063  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4554  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.232899  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0065  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0063  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0200123  decreased coverage  0.00662363 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0099  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000588757  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0150  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811763  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0095  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0155  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0120  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00172985  normal  0.187402 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0055  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 84 bp  58  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.796576  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0128  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00106969  normal  0.52847 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0093  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000286418  normal  0.38705 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0133  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000286761  normal  0.279281 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0148  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739603  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0152  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933579  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0124  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141518  normal  0.195721 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0127  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000102689  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0130  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584266  normal  0.382411 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0053  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406818  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0033  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.9373 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0002  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0422651  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0003  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277294  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0017  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00783085  normal  0.0179625 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00085  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4968  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000650666  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt10  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0991  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4957  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4916  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000645766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0026  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.344693  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4962  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000175711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4807  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000360062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4728  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212107  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5114  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000153961  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0016  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00811405  normal  0.0178437 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0095  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0436868  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4910  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00037453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4875  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000898834  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.806101  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07705  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.518259  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0016  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127498 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0946  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0004  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0027  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000908106  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0013  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356176  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0001  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.285029 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1054  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0011771  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0038  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0105  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651737  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0092  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000144621  hitchhiker  0.00311227 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>