134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2188 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2188  Urease accessory protein UreD  100 
 
 		 295 aa  594  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1865  Urease accessory protein UreD  95.93 
 
 		 295 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.479381 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2036  urease accessory protein ureD  86.78 
 
 		 295 aa  521  1e-147  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.133178  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0991  urease accessory protein UreD  59.87 
 
 		 289 aa  342  5e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.271998  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0957  urease accessory protein UreD  57.77 
 
 		 293 aa  328  5.0000000000000004e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0865404  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2256  urease accessory protein UreD  53.36 
 
 		 293 aa  294  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2181  urease accessory protein UreD  53.74 
 
 		 291 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.670086  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0727  urease accessory protein UreD  53.74 
 
 		 291 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2560  urease accessory protein UreD  53.74 
 
 		 291 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3072  urease accessory protein UreD  53.74 
 
 		 291 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3108  urease accessory protein UreD  53.74 
 
 		 291 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.890859  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2053  urease accessory protein UreD  53.74 
 
 		 291 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0949  Urease accessory protein UreD  49.3 
 
 		 293 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3132  UreD-family accessory protein  53.74 
 
 		 346 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2487  urease accessory protein UreD  54.29 
 
 		 291 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3688  putative urease accessory protein  49.3 
 
 		 293 aa  280  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139672 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4009  urease accessory protein UreD  51.85 
 
 		 291 aa  279  4e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343107  normal  0.276957 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0782  urease accessory protein UreD  54.29 
 
 		 291 aa  279  4e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0793  urease accessory protein UreD  54.29 
 
 		 291 aa  279  5e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1499  urease accessory protein UreD  50.89 
 
 		 321 aa  277  1e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.502389  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0873  urease accessory protein UreD  52.19 
 
 		 291 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0903  urease accessory protein UreD  51.18 
 
 		 291 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0424  urease accessory protein UreD  50.84 
 
 		 291 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1186  urease accessory protein UreD  49.01 
 
 		 305 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1197  urease accessory protein UreD  45.16 
 
 		 301 aa  255  6e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.294974  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1430  urease accessory protein UreD  45.36 
 
 		 288 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2883  urease accessory protein UreD  43.4 
 
 		 296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0181  urease accessory protein UreD  38.75 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.31708  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09910  Urease accessory protein UreD  41.55 
 
 		 279 aa  185  6e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.930917  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1770  urease accessory protein UreD  38.93 
 
 		 285 aa  178  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2273  Urease accessory protein UreD  38.21 
 
 		 284 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3376  urease accessory protein UreD  39.65 
 
 		 276 aa  176  5e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64335  urease accessory protein  41.26 
 
 		 280 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.164957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5585  urease accessory protein  41.26 
 
 		 280 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.244983  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3936  Urease accessory protein UreD  37.25 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4431  urease accessory protein UreD  38.06 
 
 		 281 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.645112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1238  urease accessory protein UreD  37.07 
 
 		 329 aa  168  8e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0696  urease accessory protein UreD  39.43 
 
 		 278 aa  166  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2308  urease accessory protein UreD  37.54 
 
 		 313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1092  urease accessory protein UreD  39.69 
 
 		 278 aa  165  6.9999999999999995e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1004  urease accessory protein UreD  37.1 
 
 		 276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0879  urease accessory protein UreD  37.05 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2444  urease accessory protein UreD  36.65 
 
 		 274 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.792758  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4890  urease accessory protein UreD  36.33 
 
 		 281 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3622  urease accessory protein UreD  36.56 
 
 		 279 aa  163  3e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.768941 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0585  urease accessory protein UreD  37.63 
 
 		 279 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1390  urease accessory protein UreD  37.99 
 
 		 276 aa  161  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.469833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1414  urease accessory protein UreD  38.16 
 
 		 276 aa  159  5e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.421382 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3971  Urease accessory protein UreD  36.88 
 
 		 276 aa  159  7e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2996  urease accessory protein UreD  37.8 
 
 		 298 aa  159  8e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.962002  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1082  urease accessory protein UreD  37.5 
 
 		 276 aa  152  7e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0218  urease accessory protein D  33.57 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.842987 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0742  UreD-family accessory protein  37.59 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.16649 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3101  Urease accessory protein UreD  35.84 
 
 		 277 aa  146  5e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.877297  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3463  urease accessory protein UreD  33.92 
 
 		 274 aa  141  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000478315  normal  0.195729 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2414  urease accessory protein UreD  33.91 
 
 		 277 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0953  urease accessory protein UreD  28.87 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2938  urease accessory protein UreD  34.26 
 
 		 277 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00886  putative urease accessory protein UreD  29.35 
 
 		 320 aa  128  9.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2847  urease accessory protein UreD  33.1 
 
 		 278 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598121  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2842  urease accessory protein UreD  31.36 
 
 		 277 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2991  urease accessory protein UreD  33 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.866149 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0989  urease accessory protein UreD  31.65 
 
 		 298 aa  105  8e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2254  urease accessory protein D  29.21 
 
 		 325 aa  92  9e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1799  urease accessory protein UreD  36.84 
 
 		 279 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.307359 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4186  Urease accessory protein UreD  34.87 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29781  urease accessory protein UreD  27.92 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0396  Urease accessory protein UreD  30.37 
 
 		 321 aa  92  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3505  urease accessory protein UreD  31.64 
 
 		 283 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.490284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4154  urease accessory protein UreD  33.18 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1024  urease accessory protein UreD  29.36 
 
 		 289 aa  87  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.297216 
 
 
-
 
NC_004310  BR1362  urease accessory protein UreD  28.86 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0331  urease accessory protein UreD  37.1 
 
 		 283 aa  82.4  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3209  Urease accessory protein UreD  31.91 
 
 		 266 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3486  urease accessory protein  31.79 
 
 		 278 aa  81.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3057  Urease accessory protein UreD  31.32 
 
 		 273 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.351777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1707  Urease accessory protein UreD  30.25 
 
 		 286 aa  80.5  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605089 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1318  urease accessory protein UreD  28.19 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1083  urease accessory protein UreD  30.04 
 
 		 321 aa  80.5  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1137  urease accessory protein UreD  30.04 
 
 		 321 aa  80.5  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1052  urease accessory protein UreD  25.86 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2062  Urease accessory protein UreD  30.4 
 
 		 315 aa  79.7  0.00000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000769283  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19231  urease accessory protein UreD  25.86 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.480391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2624  urease accessory protein D  30.5 
 
 		 327 aa  79  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.829261  normal  0.578413 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0397  Urease accessory protein UreD  36.81 
 
 		 280 aa  79  0.00000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.585213  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2680  urease accessory protein UreD  28.87 
 
 		 302 aa  78.6  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0247  urease accessory protein UreD  28.96 
 
 		 261 aa  78.6  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3020  urease accessory protein UreD  31.77 
 
 		 338 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.187317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3245  Urease accessory protein UreD  33.77 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.53747 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0388  urease accessory protein UreD  29.41 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.784238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2214  urease accessory protein UreD  30.91 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00280053 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3313  Urease accessory protein UreD  30.86 
 
 		 273 aa  73.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2014  Urease accessory protein UreD  26.29 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0267  urease accessory protein UreD  31.85 
 
 		 280 aa  72.8  0.000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.628784  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0281  urease accessory protein UreD  31.85 
 
 		 280 aa  72.8  0.000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.171639  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3658  urease accessory protein UreD  19.31 
 
 		 273 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2718  urease accessory protein UreD  28.62 
 
 		 308 aa  72  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.274036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7013  putative urease accessory protein UreD  33.81 
 
 		 278 aa  72  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2389  urease accessory protein UreD  33.78 
 
 		 277 aa  72.4  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.274527 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2469  urease accessory protein UreD  32.53 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.229131  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>