238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1054 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1054  protein of unknown function UPF0005  100 
 
 		 233 aa  447  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.698213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1146  protein of unknown function UPF0005  98.71 
 
 		 233 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.39216  normal  0.517284 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1210  hypothetical protein  94.42 
 
 		 233 aa  425  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2091  hypothetical protein  73.39 
 
 		 233 aa  352  4e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5117  hypothetical protein  75.77 
 
 		 232 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0409876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1840  hypothetical protein  75.33 
 
 		 232 aa  340  1e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.339326 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6263  hypothetical protein  75.33 
 
 		 232 aa  340  1e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1459  hypothetical protein  75.77 
 
 		 232 aa  340  1e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.372489  normal  0.378234 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1816  hypothetical protein  75.33 
 
 		 232 aa  340  1e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.152452  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1754  hypothetical protein  75.33 
 
 		 232 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1727  hypothetical protein  75.33 
 
 		 232 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.593403  normal  0.215205 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2194  hypothetical protein  74.45 
 
 		 232 aa  334  7.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.259485  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2359  hypothetical protein  74.45 
 
 		 232 aa  334  7.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.372177  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2232  hypothetical protein  74.45 
 
 		 232 aa  334  7.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2230  hypothetical protein  74.45 
 
 		 232 aa  334  7.999999999999999e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1111  hypothetical protein  74.01 
 
 		 232 aa  332  4e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1349  hypothetical protein  74.01 
 
 		 232 aa  332  4e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1839  hypothetical protein  74.01 
 
 		 232 aa  332  4e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0058  hypothetical protein  74.01 
 
 		 232 aa  332  4e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143946  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2111  hypothetical protein  70.64 
 
 		 235 aa  328  4e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.312383  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1590  hypothetical protein  70.31 
 
 		 232 aa  327  8e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.70175 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2545  protein of unknown function UPF0005  69.87 
 
 		 232 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0069764  hitchhiker  0.00953127 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1424  hypothetical protein  72.25 
 
 		 232 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.170635  normal  0.0981664 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1294  hypothetical protein  71.12 
 
 		 233 aa  325  4.0000000000000003e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000365925  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0661  protein of unknown function UPF0005  68.53 
 
 		 233 aa  321  5e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  0.00649456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1257  hypothetical protein  67.52 
 
 		 231 aa  312  2.9999999999999996e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0923659 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3316  hypothetical protein  60.52 
 
 		 230 aa  277  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2042  normal  0.782956 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2573  hypothetical protein  61.4 
 
 		 230 aa  274  7e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.0057629  decreased coverage  0.000137367 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3056  hypothetical protein  59.23 
 
 		 229 aa  273  2.0000000000000002e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4627  hypothetical protein  60.09 
 
 		 230 aa  271  5.000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000408248 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1802  protein of unknown function UPF0005  60.17 
 
 		 233 aa  270  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2776  hypothetical protein  60.09 
 
 		 231 aa  268  4e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1437  protein of unknown function UPF0005  60.99 
 
 		 230 aa  268  5.9999999999999995e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2411  hypothetical protein  60.99 
 
 		 230 aa  268  5.9999999999999995e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.411936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0852  hypothetical protein  58.37 
 
 		 230 aa  264  1e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000920073  hitchhiker  0.0000816273 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2825  hypothetical protein  59.4 
 
 		 231 aa  263  1e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3069  hypothetical protein  56.54 
 
 		 231 aa  260  1e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0838324  normal  0.177428 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2215  hypothetical protein  47.64 
 
 		 231 aa  196  3e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.000000153024  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1843  hypothetical protein  41.96 
 
 		 201 aa  168  9e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000008049  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2350  hypothetical protein  39.64 
 
 		 222 aa  153  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0554095  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2451  hypothetical protein  38.7 
 
 		 222 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000005036  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3403  protein of unknown function UPF0005  35.84 
 
 		 221 aa  144  8.000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2053  inner membrane protein  38.33 
 
 		 220 aa  135  6.0000000000000005e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0952289  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2200  hypothetical protein  40.49 
 
 		 219 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.581022  normal  0.150789 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2115  ribonuclease 3 (ribonuclease III) (RNase III)  38.57 
 
 		 236 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1011  hypothetical protein  38.57 
 
 		 224 aa  132  3.9999999999999996e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0978  hypothetical protein  38.57 
 
 		 224 aa  132  3.9999999999999996e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0489  hypothetical protein  34.51 
 
 		 221 aa  132  6e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3246  hypothetical protein  39.32 
 
 		 217 aa  128  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000289843  hitchhiker  0.0000576794 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1630  hypothetical protein  32.72 
 
 		 223 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.068558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0896  protein of unknown function UPF0005  34.93 
 
 		 229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.723604 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0337  putative ferric receptor CfrA  38.76 
 
 		 232 aa  126  3e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.284951  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02365  hypothetical protein  35.68 
 
 		 220 aa  124  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1654  hypothetical protein  36.74 
 
 		 222 aa  123  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000000000318402  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003413  putative TEGT family carrier/transport protein  35.24 
 
 		 220 aa  123  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000444328  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1135  hypothetical protein  36.28 
 
 		 219 aa  122  5e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.53324  normal  0.675558 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2345  hypothetical protein  36.74 
 
 		 219 aa  122  6e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0311475  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00974  inner membrane protein  36.28 
 
 		 219 aa  121  7e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0511489  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00981  hypothetical protein  36.28 
 
 		 219 aa  121  7e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0860489  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2673  protein of unknown function UPF0005  36.28 
 
 		 219 aa  121  8e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000665712  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1078  hypothetical protein  36.28 
 
 		 219 aa  121  8e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000486786  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2148  hypothetical protein  36.28 
 
 		 219 aa  121  8e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0598762  normal  0.366892 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1084  hypothetical protein  36.28 
 
 		 219 aa  121  8e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000421704  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2626  hypothetical protein  36.28 
 
 		 219 aa  121  8e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0636098  hitchhiker  0.0000185004 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1784  hypothetical protein  35.78 
 
 		 226 aa  120  9.999999999999999e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1391  hypothetical protein  36.28 
 
 		 226 aa  120  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1043  hypothetical protein  36.76 
 
 		 219 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.598631  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1126  hypothetical protein  36.76 
 
 		 219 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.21152e-22 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0971  hypothetical protein  33.92 
 
 		 223 aa  119  3.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000502235  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1148  hypothetical protein  36.76 
 
 		 219 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.466231  normal  0.361481 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1194  hypothetical protein  36.76 
 
 		 219 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1160  hypothetical protein  36.76 
 
 		 219 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.572482  normal  0.332109 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1482  hypothetical protein  37.75 
 
 		 245 aa  119  4.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00851236  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2537  hypothetical protein  34.26 
 
 		 219 aa  118  7.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0345189  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2846  hypothetical protein  34.72 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0018864  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1782  hypothetical protein  37.2 
 
 		 218 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104064  normal  0.0481152 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1506  conserved hypothetical integral membrane protein (UPF0005 domain protein)  34.3 
 
 		 233 aa  116  1.9999999999999998e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.874501  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0466  protein of unknown function UPF0005  33.64 
 
 		 221 aa  116  3e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1726  hypothetical protein  33.02 
 
 		 238 aa  115  5e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.327418 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2375  hypothetical protein  35.71 
 
 		 219 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1927  hypothetical protein  34.15 
 
 		 222 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.199344  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1973  hypothetical protein  35.71 
 
 		 219 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal  0.569668 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1618  integral membrane protein  33.64 
 
 		 217 aa  112  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000000000193362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2060  hypothetical protein  35.71 
 
 		 219 aa  112  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00317153  hitchhiker  0.0000338815 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28110  hypothetical protein  32.31 
 
 		 223 aa  112  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2003  hypothetical protein  35.51 
 
 		 219 aa  111  9e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.026814  hitchhiker  0.000326951 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2054  hypothetical protein  33.03 
 
 		 232 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.213667  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2376  hypothetical protein  32.54 
 
 		 222 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.128059  normal  0.023918 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2166  hypothetical protein  35.27 
 
 		 219 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000169017  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2313  hypothetical protein  35.27 
 
 		 219 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000688522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1809  hypothetical protein  33.97 
 
 		 219 aa  109  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000169879  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2205  hypothetical protein  35.27 
 
 		 219 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000321186  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2686  protein of unknown function UPF0005  32.68 
 
 		 219 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2201  protein of unknown function UPF0005  35.27 
 
 		 219 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000806989  normal  0.147893 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1804  hypothetical protein  35.12 
 
 		 219 aa  108  5e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.372462  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1767  hypothetical protein  34.29 
 
 		 219 aa  108  8.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000691139  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1221  protein of unknown function UPF0005  31.8 
 
 		 219 aa  107  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2487  hypothetical protein  32.43 
 
 		 223 aa  107  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0234713  normal  0.383043 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30410  hypothetical protein  33.33 
 
 		 222 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0287  hypothetical protein  32.37 
 
 		 231 aa  107  2e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>