47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4617 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4617  phasin  100 
 
 		 127 aa  255  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1448  phasin 2  84.25 
 
 		 127 aa  221  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1470  phasin 2  81.1 
 
 		 127 aa  216  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3941  phasin 2  71.65 
 
 		 127 aa  193  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.96884 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1250  phasin 2  62.99 
 
 		 127 aa  169  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0474327  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1013  hypothetical protein  52.03 
 
 		 126 aa  129  9e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.172073 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5203  phasin  42.86 
 
 		 147 aa  97.1  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.410344  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2947  phasin  43.75 
 
 		 147 aa  96.7  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.66474  normal  0.0420425 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2345  phasin  41.74 
 
 		 118 aa  90.1  8e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.861194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5600  phasin  39.29 
 
 		 162 aa  84.7  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.606302  normal  0.602555 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2492  phasin  41.96 
 
 		 158 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0332487  normal  0.350636 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4277  phasin  38.46 
 
 		 210 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2783  phasin  40.18 
 
 		 158 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.480344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2560  phasin  40.18 
 
 		 158 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.803417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1251  phasin 2  34.45 
 
 		 137 aa  75.5  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0500209  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1910  phasin  34.82 
 
 		 162 aa  73.9  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.152182  hitchhiker  0.0055421 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5817  hypothetical protein  33.61 
 
 		 117 aa  73.2  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.41591  normal  0.243698 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3768  hypothetical protein  35.58 
 
 		 184 aa  72  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.172274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4616  phasin  29.91 
 
 		 143 aa  72  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1014  phasin 2  33.61 
 
 		 148 aa  71.2  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.177395 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5937  phasin  31.25 
 
 		 128 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0420528  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4356  phasin  35.14 
 
 		 118 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3940  phasin 2  28.21 
 
 		 143 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.705033  normal  0.931407 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2223  phasin  33.33 
 
 		 118 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2499  phasin  33.33 
 
 		 118 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.586932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6819  hypothetical protein  30.77 
 
 		 144 aa  67.8  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5238  phasin  29.41 
 
 		 123 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0178074 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0120  hypothetical protein  30.93 
 
 		 113 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2181  phasin  33.04 
 
 		 117 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2326  phasin  32.11 
 
 		 116 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.483955  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5741  phasin  32.74 
 
 		 116 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00128464 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0683  hypothetical protein  28.87 
 
 		 113 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.551573 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0095  hypothetical protein  34.62 
 
 		 120 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1471  phasin 2 protein  26.5 
 
 		 143 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.712603 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1449  phasin 2  26.5 
 
 		 143 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0093  hypothetical protein  27.84 
 
 		 113 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3769  phasin  27.59 
 
 		 173 aa  57.8  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0399298  normal  0.640636 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0784  hypothetical protein  29.57 
 
 		 140 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1257  hypothetical protein  28.44 
 
 		 116 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6390  phasin  29.36 
 
 		 116 aa  51.2  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0172  phasin  29.46 
 
 		 147 aa  50.1  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.100821  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0493  hypothetical protein  30.93 
 
 		 107 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.637535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8196  hypothetical protein  29.09 
 
 		 116 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0828  hypothetical protein  23.53 
 
 		 149 aa  47.4  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.330943  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0319  phasin  24.55 
 
 		 148 aa  47.4  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.977242  normal  0.386124 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0414  phasin  22.73 
 
 		 149 aa  41.6  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.34291  hitchhiker  0.0000940874 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0382  phasin  21.82 
 
 		 149 aa  40.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336721 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>