More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2811 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2811  uroporphyrin-III C-methyltransferase  100 
 
 
254 aa  510  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.481066  normal  0.964939 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2691  uroporphyrin-III C-methyltransferase  82.38 
 
 
267 aa  386  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.93602  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2420  uroporphyrin-III C-methyltransferase  77.12 
 
 
269 aa  341  7e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2684  uroporphyrin-III C-methyltransferase  72.65 
 
 
269 aa  334  7e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2224  uroporphyrin-III C-methyltransferase  72.24 
 
 
269 aa  334  1e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5801  uroporphyrin-III C-methyltransferase  65.53 
 
 
249 aa  293  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0785741 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2230  uroporphyrin-III C-methyltransferase  66.24 
 
 
255 aa  293  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0572034  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0975  uroporphyrin-III C-methyltransferase  64.46 
 
 
251 aa  293  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0819  uroporphyrin-III C-methyltransferase  65.42 
 
 
257 aa  292  3e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.731908  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3659  uroporphyrin-III C-methyltransferase  63.64 
 
 
251 aa  291  6e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1011  uroporphyrin-III C-methyltransferase  66.38 
 
 
259 aa  290  1e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0668  uroporphyrin-III C-methyltransferase  66.38 
 
 
257 aa  290  1e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.219078  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1171  uroporphyrin-III C-methyltransferase  66.38 
 
 
257 aa  290  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.187417  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1018  uroporphyrin-III C-methyltransferase  66.38 
 
 
257 aa  290  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1859  uroporphyrin-III C-methyltransferase  64.98 
 
 
249 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2343  uroporphyrin-III C-methyltransferase  65 
 
 
278 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1657  uroporphyrin-III C-methyltransferase  66.38 
 
 
257 aa  290  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2470  uroporphyrin-III C-methyltransferase  64.98 
 
 
249 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.745854  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2942  uroporphyrin-III C-methyltransferase  66.38 
 
 
259 aa  290  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2387  uroporphyrin-III C-methyltransferase  65.38 
 
 
249 aa  290  2e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2475  uroporphyrin-III C-methyltransferase  64.56 
 
 
249 aa  288  4e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0824  uroporphyrin-III C-methyltransferase  66.67 
 
 
252 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.350857  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0343  uroporphyrin-III C-methyltransferase  61.22 
 
 
273 aa  286  2e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2519  uroporphyrin-III C-methyltransferase  64.96 
 
 
249 aa  286  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0998  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.22 
 
 
267 aa  226  2e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1679  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  44.26 
 
 
481 aa  179  4e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0672  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.64 
 
 
273 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608831 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2789  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.81 
 
 
240 aa  178  8e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000406105 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0795  siroheme synthase (Includes: Uroporphyrin-III C-methyltransferase, Precorrin-2 dehydrogenase,Sirohydrochlorin ferrochelatase)  42.98 
 
 
275 aa  177  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.751719  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3751  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.62 
 
 
282 aa  175  8e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3174  uroporphyrin-III C-methyltransferase, C-terminal:siroheme synthase, N-terminal  45.61 
 
 
464 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.108275  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03694  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.1 
 
 
479 aa  172  3.9999999999999995e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3581  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  44.35 
 
 
464 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.249196  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23340  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.83 
 
 
245 aa  172  5.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00949185  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0662  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.3 
 
 
271 aa  171  9e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1290  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.87 
 
 
258 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3344  siroheme synthase  44.35 
 
 
464 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00903193  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2597  siroheme synthase  43.33 
 
 
465 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30340  siroheme synthase  43.33 
 
 
465 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1443  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.37 
 
 
276 aa  169  4e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2725  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.8 
 
 
273 aa  169  4e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000809754 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0787  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.92 
 
 
273 aa  169  4e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.464331  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3126  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.8 
 
 
273 aa  169  4e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1942  uroporphyrin-III C-methyltransferase-like  44.12 
 
 
331 aa  169  5e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2093  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.22 
 
 
247 aa  169  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0878943  normal  0.0902648 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41563  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.83 
 
 
245 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0110837  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28170  Uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.15 
 
 
464 aa  168  9e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1899  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.92 
 
 
247 aa  168  9e-41  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.106927 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1549  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.91 
 
 
258 aa  168  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3528  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.83 
 
 
245 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0179276  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1587  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.91 
 
 
258 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00363233  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1698  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  40.96 
 
 
458 aa  167  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0715064 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3188  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.17 
 
 
272 aa  167  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0407  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.56 
 
 
259 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0322  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  40.17 
 
 
277 aa  167  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0173  siroheme synthase  44.81 
 
 
478 aa  166  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0188  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.25 
 
 
475 aa  166  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3797  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.98 
 
 
269 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253578  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2090  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.7 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.505615  normal  0.0362421 
 
 
-
 
NC_004310  BR0179  siroheme synthase  44.81 
 
 
477 aa  166  2.9999999999999998e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3650  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.7 
 
 
246 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000265889  normal  0.852152 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1107  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.1 
 
 
487 aa  165  5e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1335  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.08 
 
 
258 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1308  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.08 
 
 
258 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1445  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.08 
 
 
258 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.51628  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1517  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.08 
 
 
258 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.58633e-17 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.98 
 
 
511 aa  165  6.9999999999999995e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.85 
 
 
277 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.746626  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3604  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.6 
 
 
463 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.556509 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1309  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.5 
 
 
258 aa  165  8e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.92 
 
 
283 aa  165  8e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.402925  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0043  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.74 
 
 
462 aa  165  8e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.56 
 
 
510 aa  165  8e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1104  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.13 
 
 
275 aa  164  9e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217718  normal  0.455501 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1834  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.02 
 
 
463 aa  164  9e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000289405 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3999  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.02 
 
 
463 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.426226  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2892  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.8 
 
 
269 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.44 
 
 
276 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18271  putative uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.08 
 
 
261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1636  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.5 
 
 
478 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0591457  normal  0.234749 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3403  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.44 
 
 
464 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2383  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  42.32 
 
 
462 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.806488  hitchhiker  0.00704026 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001603  uroporphyrinogen-III methyltransferase  38.62 
 
 
301 aa  163  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2313  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.37 
 
 
502 aa  162  3e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1349  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.42 
 
 
258 aa  163  3e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.758533  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1823  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.11 
 
 
478 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.1629  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.1 
 
 
278 aa  162  7e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0961  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.7 
 
 
281 aa  161  9e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.509191  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05583  siroheme synthase  38.21 
 
 
301 aa  161  9e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2251  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.26 
 
 
257 aa  161  9e-39  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  decreased coverage  0.00937998  normal  0.18595 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0927  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.1 
 
 
281 aa  161  9e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0344  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.04 
 
 
457 aa  161  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4679  siroheme synthase  43.04 
 
 
457 aa  161  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3838  siroheme synthase  43.04 
 
 
457 aa  161  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2098  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.42 
 
 
253 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00176224  decreased coverage  0.00158802 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3474  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  40 
 
 
517 aa  160  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.027722  normal  0.984084 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03171  hypothetical protein  43.04 
 
 
457 aa  161  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3650  siroheme synthase  43.04 
 
 
457 aa  161  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000355794 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0206  bifunctional uroporphyrinogen-III methyltransferase/uroporphyrinogen-III synthase  41 
 
 
474 aa  161  1e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0862  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  42.92 
 
 
276 aa  161  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0632575  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>