37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1096 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1096  glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase  100 
 
 		 383 aa  778    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1799  glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase  64.84 
 
 		 395 aa  510  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1602  glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase  67.71 
 
 		 425 aa  510  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3793  hypothetical protein  37.12 
 
 		 379 aa  224  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3029  glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase  35.47 
 
 		 421 aa  222  7e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0419  hypothetical protein  34.09 
 
 		 395 aa  196  6e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1149  hypothetical protein  33.6 
 
 		 395 aa  179  4.999999999999999e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4057  outer membrane protein  25.36 
 
 		 379 aa  83.2  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4040  outer membrane protein  25.07 
 
 		 379 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0781  hypothetical protein  32.54 
 
 		 394 aa  77  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.585384  normal  0.217138 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0320  hypothetical protein  24.72 
 
 		 416 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2510  putative outer membrane protein  26.2 
 
 		 376 aa  71.2  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.854029  normal  0.567275 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1599  surface antigen (D15)  26.32 
 
 		 367 aa  70.5  0.00000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5722  hypothetical protein  26.62 
 
 		 364 aa  69.7  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3342  Outer membrane protein/protective antigen OMA87-like protein  25.94 
 
 		 358 aa  68.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.501978  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06675  hypothetical protein  27.33 
 
 		 374 aa  68.6  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2446  surface antigen (D15)  28.14 
 
 		 359 aa  65.9  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1348  hypothetical protein  22.86 
 
 		 408 aa  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0737  hypothetical protein  29.94 
 
 		 430 aa  63.9  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000826338  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0774  hypothetical protein  29.34 
 
 		 408 aa  63.5  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0774  hypothetical protein  28.74 
 
 		 407 aa  61.2  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0207  hypothetical protein  23.91 
 
 		 378 aa  58.5  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0792797 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3252  outer membrane protein  23.1 
 
 		 378 aa  55.8  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1095  hypothetical protein  21.05 
 
 		 386 aa  53.9  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00901887 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4198  hypothetical protein  26.62 
 
 		 425 aa  53.5  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0431  hypothetical protein  22.4 
 
 		 374 aa  53.5  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.94677  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0482  hypothetical protein  30.56 
 
 		 388 aa  52.4  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000379744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3666  hypothetical protein  26.32 
 
 		 388 aa  52.4  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0660  hypothetical protein  22 
 
 		 388 aa  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000211177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2138  hypothetical protein  20.1 
 
 		 382 aa  50.8  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5327  hypothetical protein  23.33 
 
 		 358 aa  48.9  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0286  hypothetical protein  26.49 
 
 		 376 aa  48.1  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.809571  normal  0.0827061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4078  outer membrane protein/protective antigen OMA87-like protein  22.11 
 
 		 390 aa  47.8  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.47886  normal  0.117623 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4112  surface antigen (D15)  23.24 
 
 		 414 aa  47.4  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000116065  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0541  hypothetical protein  24.74 
 
 		 388 aa  45.8  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0408675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3162  surface antigen (D15)  24.86 
 
 		 414 aa  46.2  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.153148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3353  surface antigen (D15)  24.46 
 
 		 427 aa  43.1  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>