74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1719 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1719  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 184 aa  380  1e-105  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00014535  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02760  hypothetical protein  39.39 
 
 		 204 aa  135  3.0000000000000003e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0780  hypothetical protein  33.33 
 
 		 204 aa  96.7  2e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0260  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.1 
 
 		 204 aa  95.9  3e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.119193  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.34 
 
 		 140 aa  55.8  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.13 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1428  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.34 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.770563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 		 134 aa  54.7  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  28.68 
 
 		 135 aa  54.7  0.0000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  29.13 
 
 		 134 aa  53.5  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.17 
 
 		 142 aa  54.3  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 		 141 aa  53.5  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.92 
 
 		 134 aa  53.1  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.92 
 
 		 134 aa  53.1  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.46 
 
 		 135 aa  53.1  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.13 
 
 		 134 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.13 
 
 		 134 aa  52.8  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.13 
 
 		 134 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.13 
 
 		 134 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.93 
 
 		 116 aa  52.4  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  26.71 
 
 		 142 aa  52  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.13 
 
 		 134 aa  51.6  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.78 
 
 		 141 aa  51.2  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.07 
 
 		 140 aa  51.2  0.000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  23.48 
 
 		 136 aa  51.2  0.000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.35 
 
 		 134 aa  50.4  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.35 
 
 		 134 aa  50.4  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.55 
 
 		 135 aa  50.1  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.35 
 
 		 134 aa  50.1  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4088  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.73 
 
 		 179 aa  49.7  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  26.47 
 
 		 154 aa  49.3  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.81 
 
 		 136 aa  49.7  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.56 
 
 		 134 aa  48.9  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.36 
 
 		 140 aa  49.3  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.26 
 
 		 134 aa  48.9  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.13 
 
 		 145 aa  48.9  0.00005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  27.13 
 
 		 145 aa  48.9  0.00005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0491  hypothetical protein  22 
 
 		 184 aa  48.5  0.00006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.46585  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4057  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.88 
 
 		 193 aa  48.5  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000796256  hitchhiker  0.000000255237 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.06 
 
 		 137 aa  48.5  0.00006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.19 
 
 		 136 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.71 
 
 		 142 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.41 
 
 		 135 aa  46.6  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  25.41 
 
 		 135 aa  45.8  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.34 
 
 		 134 aa  46.2  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  26.23 
 
 		 136 aa  45.8  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  27.34 
 
 		 134 aa  46.2  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  25.9 
 
 		 143 aa  46.2  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.59 
 
 		 144 aa  45.4  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.52 
 
 		 139 aa  45.4  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.01 
 
 		 134 aa  45.8  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.82 
 
 		 138 aa  45.8  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.3 
 
 		 142 aa  44.7  0.0007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.82 
 
 		 140 aa  44.7  0.0008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_002950  PG0632  biopolymer transport protein ExbD, putative  40 
 
 		 139 aa  44.3  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.362389 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  29.47 
 
 		 136 aa  44.3  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.48 
 
 		 174 aa  43.5  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.946686  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.09 
 
 		 178 aa  43.5  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00127684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.92 
 
 		 143 aa  43.5  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  30.3 
 
 		 134 aa  43.5  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.2 
 
 		 132 aa  42.7  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1718  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.92 
 
 		 152 aa  42.7  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000108477  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0054  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.09 
 
 		 129 aa  42.7  0.003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  23.4 
 
 		 132 aa  42  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  25.49 
 
 		 141 aa  42  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.73 
 
 		 130 aa  42  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1961  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.6 
 
 		 174 aa  42  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00643734  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  25.58 
 
 		 134 aa  41.6  0.006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.98 
 
 		 134 aa  41.6  0.007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.11 
 
 		 166 aa  41.2  0.008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  25.4 
 
 		 137 aa  41.2  0.008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0452  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.78 
 
 		 134 aa  41.2  0.009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0324206  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0581  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.14 
 
 		 140 aa  41.2  0.009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000412701  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  23.39 
 
 		 133 aa  41.2  0.009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>