More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1310 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1310  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 126 aa  246  9e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.03706  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0399  ribosome-binding factor A  49.14 
 
 		 119 aa  99.4  2e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000842232  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1461  ribosome-binding factor A  46.02 
 
 		 123 aa  94  7e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00371256  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1778  ribosome-binding factor A  45.54 
 
 		 119 aa  90.9  5e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00495715  normal  0.155999 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  41.53 
 
 		 118 aa  88.6  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  41.53 
 
 		 118 aa  88.6  3e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0370  ribosome-binding factor A  42.61 
 
 		 116 aa  88.2  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000258707  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  40.68 
 
 		 118 aa  87  7e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  40.68 
 
 		 118 aa  87.4  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  40.68 
 
 		 118 aa  87  7e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0301  ribosome-binding factor A  43.1 
 
 		 119 aa  87.4  7e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000015742  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  40.68 
 
 		 118 aa  87  7e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  40.68 
 
 		 118 aa  87  8e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  40.68 
 
 		 118 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0368  ribosome-binding factor A  44.14 
 
 		 122 aa  86.3  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159363  normal  0.435945 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  39.83 
 
 		 118 aa  85.9  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  39.83 
 
 		 118 aa  85.9  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  39.83 
 
 		 118 aa  85.1  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0403  ribosome-binding factor A  42.34 
 
 		 116 aa  82.8  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000114311  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 118 aa  82.4  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  40.54 
 
 		 126 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  41.44 
 
 		 127 aa  81.3  0.000000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  36.28 
 
 		 117 aa  81.3  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  41.32 
 
 		 132 aa  80.5  0.000000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1314  ribosome-binding factor A  40.57 
 
 		 119 aa  80.5  0.000000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 116 aa  79.7  0.00000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0355  ribosome-binding factor A  42.48 
 
 		 137 aa  79.7  0.00000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.417644  normal  0.687785 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  37.38 
 
 		 123 aa  79.3  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  39.67 
 
 		 133 aa  79  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 		 122 aa  79.3  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  39.2 
 
 		 134 aa  79  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  37.07 
 
 		 130 aa  76.6  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  0.0000134979 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  36.07 
 
 		 121 aa  76.6  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 		 130 aa  76.6  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  34.51 
 
 		 119 aa  75.5  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 116 aa  75.9  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 130 aa  75.5  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  39.5 
 
 		 147 aa  75.5  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  39.34 
 
 		 137 aa  75.9  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  37.82 
 
 		 137 aa  75.5  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 131 aa  75.5  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 131 aa  74.7  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 120 aa  73.9  0.0000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 122 aa  73.9  0.0000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  32.28 
 
 		 130 aa  73.6  0.0000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 		 128 aa  73.9  0.0000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 131 aa  73.6  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  35.85 
 
 		 119 aa  73.2  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8062  predicted protein  33.08 
 
 		 171 aa  72  0.000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00519858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01761  ribosome-binding factor A  34.4 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.138056  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0599  ribosome-binding factor A  36.89 
 
 		 135 aa  71.6  0.000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.369509  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0962  ribosome-binding factor A  38.14 
 
 		 137 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394859  normal  0.0786715 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  37.29 
 
 		 128 aa  70.5  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  34.51 
 
 		 119 aa  70.5  0.000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  37.29 
 
 		 128 aa  70.5  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3629  ribosome-binding factor A  35.65 
 
 		 133 aa  70.1  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 		 127 aa  69.3  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0393  ribosome-binding factor A  32.8 
 
 		 124 aa  69.3  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.147401 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1480  ribosome-binding factor A  34.68 
 
 		 123 aa  68.2  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.243092  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1069  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1008  ribosome-binding factor A  36.92 
 
 		 142 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211982  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  37.38 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  32 
 
 		 140 aa  67.4  0.00000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  38.39 
 
 		 146 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  38.39 
 
 		 146 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  38.39 
 
 		 147 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 		 133 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 		 133 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 		 133 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 		 133 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 		 133 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  35.2 
 
 		 132 aa  66.6  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 		 133 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  38.1 
 
 		 133 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  33.63 
 
 		 132 aa  66.6  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  31.97 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  33.01 
 
 		 127 aa  66.2  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 		 133 aa  66.6  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 		 133 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0327  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 116 aa  65.9  0.0000000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  30.83 
 
 		 125 aa  66.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0204  ribosome-binding factor A  36.79 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  34.43 
 
 		 127 aa  65.9  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  37.3 
 
 		 133 aa  65.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  36.94 
 
 		 133 aa  65.9  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 125 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  36.51 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0384  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 117 aa  65.9  0.0000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  36.67 
 
 		 133 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01851  ribosome-binding factor A  33.06 
 
 		 123 aa  65.1  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.30308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  36.28 
 
 		 139 aa  65.1  0.0000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  33.61 
 
 		 129 aa  65.1  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 132 aa  64.7  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0180  ribosome-binding factor A  36.79 
 
 		 125 aa  64.3  0.0000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.708366  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 116 aa  63.9  0.0000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 116 aa  63.9  0.0000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0781  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 130 aa  64.3  0.0000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 146 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  30.89 
 
 		 134 aa  63.9  0.0000000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>