28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2222 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2222  hypothetical protein  100 
 
 		 205 aa  413  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.19028  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2787  2'-5' RNA ligase  50.99 
 
 		 206 aa  161  7e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.320306  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2442  2',5' RNA ligase  44.98 
 
 		 196 aa  146  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.900073 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2482  2'-5' RNA ligase  47.4 
 
 		 189 aa  142  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.097083  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1443  putative ligase protein  42.44 
 
 		 198 aa  138  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1384  2'-5' RNA ligase  41.26 
 
 		 222 aa  136  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  0.876718 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1320  2'-5' RNA ligase  42.23 
 
 		 222 aa  129  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0321525  normal  0.761807 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6095  2',5' RNA ligase  40.29 
 
 		 207 aa  121  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0652023  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1982  2'-5' RNA ligase  39.81 
 
 		 207 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1350  2'-5' RNA ligase-like protein  41.26 
 
 		 217 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1290  2'-5' RNA ligase  38.24 
 
 		 195 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.334257 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2006  2'-5' RNA ligase  39.22 
 
 		 207 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01767  2'-5' RNA ligase  36.65 
 
 		 200 aa  109  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.680529  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4557  2',5' RNA ligase  37.57 
 
 		 199 aa  109  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0162437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2337  Phosphoesterase HXTX  36.32 
 
 		 201 aa  109  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.714494 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1918  putative ligase  34.91 
 
 		 201 aa  101  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102106  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4293  2',5' RNA ligase  35.09 
 
 		 197 aa  93.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.775847 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1426  2',5' RNA ligase  35.87 
 
 		 201 aa  82.8  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0723245  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2421  2',5' RNA ligase  35.33 
 
 		 201 aa  77  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0368864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3202  hypothetical protein  36 
 
 		 183 aa  71.2  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59985  normal  0.950309 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  28.07 
 
 		 183 aa  55.5  0.0000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2923  2',5' RNA ligase  31.88 
 
 		 194 aa  54.7  0.0000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0916331  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  30.06 
 
 		 174 aa  54.3  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  28 
 
 		 186 aa  50.4  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  24.71 
 
 		 195 aa  48.9  0.00006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  33.09 
 
 		 170 aa  46.2  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  30.49 
 
 		 176 aa  43.9  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  29.91 
 
 		 188 aa  41.6  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>