More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2420 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2420  uroporphyrin-III C-methyltransferase  100 
 
 
269 aa  535  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2684  uroporphyrin-III C-methyltransferase  92.28 
 
 
269 aa  437  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2224  uroporphyrin-III C-methyltransferase  91.87 
 
 
269 aa  437  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2811  uroporphyrin-III C-methyltransferase  74.7 
 
 
254 aa  347  1e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.481066  normal  0.964939 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2691  uroporphyrin-III C-methyltransferase  78.78 
 
 
267 aa  344  8.999999999999999e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.93602  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0343  uroporphyrin-III C-methyltransferase  59.36 
 
 
273 aa  284  1.0000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5801  uroporphyrin-III C-methyltransferase  62.45 
 
 
249 aa  278  9e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0785741 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2230  uroporphyrin-III C-methyltransferase  62.7 
 
 
255 aa  274  9e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0572034  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1859  uroporphyrin-III C-methyltransferase  62.04 
 
 
249 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2470  uroporphyrin-III C-methyltransferase  62.04 
 
 
249 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.745854  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2343  uroporphyrin-III C-methyltransferase  64.46 
 
 
278 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0819  uroporphyrin-III C-methyltransferase  64.05 
 
 
257 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.731908  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2942  uroporphyrin-III C-methyltransferase  64.46 
 
 
259 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2387  uroporphyrin-III C-methyltransferase  62.24 
 
 
249 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1011  uroporphyrin-III C-methyltransferase  64.46 
 
 
259 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0668  uroporphyrin-III C-methyltransferase  64.46 
 
 
257 aa  271  6e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.219078  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1657  uroporphyrin-III C-methyltransferase  64.46 
 
 
257 aa  271  6e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1171  uroporphyrin-III C-methyltransferase  64.46 
 
 
257 aa  271  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.187417  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1018  uroporphyrin-III C-methyltransferase  64.46 
 
 
257 aa  271  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2475  uroporphyrin-III C-methyltransferase  61.63 
 
 
249 aa  271  9e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0824  uroporphyrin-III C-methyltransferase  63.49 
 
 
252 aa  270  2e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.350857  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2519  uroporphyrin-III C-methyltransferase  61.83 
 
 
249 aa  269  4e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3659  uroporphyrin-III C-methyltransferase  60.33 
 
 
251 aa  267  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0975  uroporphyrin-III C-methyltransferase  58.68 
 
 
251 aa  258  6e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0998  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.31 
 
 
267 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0672  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.28 
 
 
273 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608831 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0322  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  41.84 
 
 
277 aa  176  5e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2789  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.79 
 
 
240 aa  175  9e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000406105 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3344  siroheme synthase  43.72 
 
 
464 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00903193  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0267  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.8 
 
 
521 aa  172  5.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3581  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  44.4 
 
 
464 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.249196  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23340  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.8 
 
 
245 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00949185  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0215  siroheme synthase  44.96 
 
 
462 aa  171  1e-41  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3999  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.96 
 
 
463 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.426226  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2093  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.09 
 
 
247 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0878943  normal  0.0902648 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3174  uroporphyrin-III C-methyltransferase, C-terminal:siroheme synthase, N-terminal  43.72 
 
 
464 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.108275  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0662  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.82 
 
 
271 aa  170  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1834  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.96 
 
 
463 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000289405 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2597  siroheme synthase  43.28 
 
 
465 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.78 
 
 
276 aa  169  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30340  siroheme synthase  43.28 
 
 
465 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2090  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.68 
 
 
246 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.505615  normal  0.0362421 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3604  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.54 
 
 
463 aa  168  7e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.556509 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3650  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.12 
 
 
246 aa  168  7e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000265889  normal  0.852152 
 
 
-
 
NC_004310  BR0179  siroheme synthase  44.98 
 
 
477 aa  168  1e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3044  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.86 
 
 
277 aa  167  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0173  siroheme synthase  44.98 
 
 
478 aa  168  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3403  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.12 
 
 
464 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0953  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.31 
 
 
278 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.553083  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41563  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.88 
 
 
245 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0110837  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1107  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.98 
 
 
487 aa  168  1e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3528  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.33 
 
 
245 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0179276  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2725  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.08 
 
 
273 aa  167  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000809754 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3126  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.08 
 
 
273 aa  167  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3562  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.75 
 
 
478 aa  167  2e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0862  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  42.46 
 
 
276 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0632575  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2383  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  42.11 
 
 
462 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.806488  hitchhiker  0.00704026 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0927  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.31 
 
 
281 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0787  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.03 
 
 
273 aa  166  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.464331  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0958  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.2 
 
 
273 aa  166  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.297399  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3797  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.43 
 
 
269 aa  166  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253578  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0961  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.31 
 
 
281 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.509191  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.31 
 
 
278 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1160  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.28 
 
 
473 aa  166  5e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.277445  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0899  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  42.86 
 
 
276 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1443  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.32 
 
 
276 aa  165  8e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2146  siroheme synthase  43.58 
 
 
485 aa  165  9e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.529421  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3285  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.77 
 
 
261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1778  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.59 
 
 
250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0293205  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1744  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.31 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.91 
 
 
277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.746626  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3073  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  42.86 
 
 
276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.419877  normal  0.821671 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0188  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.18 
 
 
475 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0407  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.39 
 
 
259 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2098  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.16 
 
 
253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00176224  decreased coverage  0.00158802 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4015  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.83 
 
 
480 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.372095 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.91 
 
 
277 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3188  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.97 
 
 
272 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28170  Uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.08 
 
 
464 aa  163  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2492  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.46 
 
 
272 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1608  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.44 
 
 
246 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000713921  decreased coverage  0.000000000148067 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1290  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.21 
 
 
258 aa  161  9e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2300  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.74 
 
 
253 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00412694  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001603  uroporphyrinogen-III methyltransferase  41.98 
 
 
301 aa  161  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0795  siroheme synthase (Includes: Uroporphyrin-III C-methyltransferase, Precorrin-2 dehydrogenase,Sirohydrochlorin ferrochelatase)  41.67 
 
 
275 aa  160  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.751719  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2762  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.74 
 
 
476 aa  160  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3362  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.12 
 
 
480 aa  160  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1547  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.39 
 
 
314 aa  160  2e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000190604  normal  0.797917 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4696  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.15 
 
 
478 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1104  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.56 
 
 
275 aa  159  3e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217718  normal  0.455501 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3519  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.75 
 
 
480 aa  159  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.605082  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1899  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.77 
 
 
247 aa  159  5e-38  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.106927 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2313  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.5 
 
 
502 aa  159  6e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3269  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.9 
 
 
317 aa  159  6e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.848441  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1379  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.86 
 
 
478 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15345  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2131  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.64 
 
 
507 aa  159  6e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0860734  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1343  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.67 
 
 
484 aa  159  7e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1399  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.91 
 
 
478 aa  158  7e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.277846  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3751  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.62 
 
 
282 aa  158  9e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2253  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.87 
 
 
266 aa  158  9e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.270146  normal  0.0491456 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>