31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3050 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3050  type IV pilus assembly PilZ  100 
 
 		 119 aa  238  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2400  hypothetical protein  84.03 
 
 		 119 aa  186  7e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.93992  normal  0.497103 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3553  type IV pilus assembly PilZ  65.55 
 
 		 119 aa  167  6e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.180845  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3320  type IV pilus assembly PilZ  53.85 
 
 		 119 aa  125  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2398  hypothetical protein  38.98 
 
 		 114 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3053  type IV pilus assembly PilZ  35.59 
 
 		 114 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1603  hypothetical protein  36.52 
 
 		 118 aa  67  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.858163  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2803  type IV pilus assembly PilZ  34.71 
 
 		 131 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7466  hypothetical protein  35.53 
 
 		 96 aa  63.5  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.113392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3752  type IV pilus assembly PilZ  30.95 
 
 		 136 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.052098 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5314  type IV pilus assembly PilZ  40.51 
 
 		 106 aa  62.8  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.947891  normal  0.173027 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4746  type IV pilus assembly PilZ  35.9 
 
 		 86 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.207973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2410  type IV pilus assembly PilZ  35.9 
 
 		 133 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.847624  normal  0.205618 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4321  type IV pilus assembly PilZ  30.65 
 
 		 148 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.329516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4690  type IV pilus assembly PilZ  29.03 
 
 		 148 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0169937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0827  type IV pilus assembly PilZ  41.96 
 
 		 122 aa  55.1  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00198339 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4527  type IV pilus assembly PilZ  36.47 
 
 		 118 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.501407  normal  0.772681 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4838  type IV pilus assembly PilZ  28.95 
 
 		 137 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.13934  normal  0.448899 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1549  type IV pilus assembly PilZ  32.95 
 
 		 82 aa  53.9  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00273376  normal  0.068987 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1523  hypothetical protein  32.05 
 
 		 79 aa  51.6  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1720  type IV pilus assembly PilZ  42.86 
 
 		 79 aa  51.6  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.688606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2029  type IV pilus assembly PilZ  32.1 
 
 		 79 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.338028  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4529  type IV pilus assembly PilZ  32.22 
 
 		 99 aa  50.4  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.470833  normal  0.812633 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3753  type IV pilus assembly PilZ  42.86 
 
 		 79 aa  50.4  0.000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.89147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5461  hypothetical protein  35.44 
 
 		 83 aa  47.4  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.392533 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4536  type IV pilus assembly PilZ  29.89 
 
 		 94 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4372  type IV pilus assembly PilZ  32.5 
 
 		 83 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 417 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7256  hypothetical protein  30.77 
 
 		 84 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.226268  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 417 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5566  hypothetical protein  32.56 
 
 		 103 aa  42.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>