36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3752 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3752  histidine kinase  100 
 
 		 135 aa  282  9e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0720825  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1429  diguanylate cyclase  43.7 
 
 		 306 aa  102  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000190183 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3581  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 312 aa  102  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0103  sensory box histidine kinase  41.88 
 
 		 703 aa  99.8  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.06 
 
 		 572 aa  97.1  7e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2110  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  39.06 
 
 		 814 aa  92.8  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.406671  normal  0.904687 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4119  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.59 
 
 		 380 aa  92.4  2e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  37.93 
 
 		 806 aa  90.1  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4970  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.43 
 
 		 361 aa  86.7  1e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.121387  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.21 
 
 		 1959 aa  85.9  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2875  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.21 
 
 		 1261 aa  85.5  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.948484 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2176  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 304 aa  84.7  4e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000143652  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0955  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.9 
 
 		 765 aa  84.7  4e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0928  GGDEF domain-containing protein  36.13 
 
 		 317 aa  84.3  5e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.48 
 
 		 593 aa  82.8  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1729  metal-dependent phosphohydrolase  36.84 
 
 		 359 aa  81.3  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0757929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 		 1021 aa  80.5  0.000000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2698  putative PAS/PAC sensor protein  37.39 
 
 		 553 aa  79.3  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3905  putative PAS/PAC sensor protein  36.8 
 
 		 537 aa  77  0.00000000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 		 845 aa  75.5  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0389  histidine kinase  31.75 
 
 		 557 aa  73.9  0.0000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  28.12 
 
 		 305 aa  67  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3626  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.11 
 
 		 840 aa  66.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1328  histidine kinase  30.71 
 
 		 672 aa  65.9  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2480  histidine kinase  29.6 
 
 		 350 aa  65.9  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.90361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3012  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.77 
 
 		 619 aa  62.8  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.299906  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0735  putative PAS/PAC sensor protein  33.64 
 
 		 512 aa  54.7  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0071  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.59 
 
 		 697 aa  54.3  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 		 412 aa  52.8  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.111362 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6259  diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 418 aa  51.6  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.424921  normal  0.484535 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3165  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  25.87 
 
 		 1306 aa  50.4  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0620  putative PAS/PAC sensor protein  30.08 
 
 		 390 aa  50.4  0.000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.91 
 
 		 613 aa  49.7  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2516  diguanylate cyclase  27.27 
 
 		 299 aa  48.1  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3356  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.45 
 
 		 401 aa  46.2  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2515  diguanylate cyclase  26.13 
 
 		 292 aa  44.7  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>