More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1271 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
261 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104135  normal  0.640499 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4044  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  90.27 
 
 
261 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0830657  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.97 
 
 
261 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5852  molybdenum ABC transporter permease  79.69 
 
 
261 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.581419  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.63 
 
 
268 aa  337  9.999999999999999e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0939917  normal  0.176342 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4842  putative ABC transporter inner membrane protein  61.85 
 
 
291 aa  317  1e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.860771  normal  0.0587965 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.38 
 
 
265 aa  315  4e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.420576  normal  0.120136 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.31 
 
 
300 aa  315  6e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.760179  normal  0.495505 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 
265 aa  313  9.999999999999999e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1466  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  64.9 
 
 
300 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0507128  normal  0.124115 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.75 
 
 
312 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282781  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.08 
 
 
262 aa  309  2e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147455  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.86 
 
 
298 aa  305  7e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.731426  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1793  ABC transporter permease  64.68 
 
 
265 aa  298  6e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.849444  normal  0.0352963 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.45 
 
 
298 aa  291  8e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.160058  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4693  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  64.98 
 
 
264 aa  289  3e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0488  ABC transporter, permease protein  64.98 
 
 
264 aa  287  9e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4341  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  63.86 
 
 
298 aa  279  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.801561  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.86 
 
 
300 aa  278  4e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177447  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.86 
 
 
300 aa  278  5e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.86 
 
 
300 aa  278  5e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0656  ABC transporter, permease protein  62.11 
 
 
362 aa  276  3e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1415  ABC transporter, permease protein  61.15 
 
 
366 aa  276  3e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146328  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1211  ABC transporter, permease protein  62.11 
 
 
362 aa  276  3e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0497  ABC transporter, permease protein  62.11 
 
 
362 aa  276  3e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1541  ABC transporter, permease protein  62.11 
 
 
347 aa  275  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.05 
 
 
298 aa  275  4e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1408  ABC transporter, permease protein  62.11 
 
 
366 aa  275  5e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.907459  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2833  ABC transporter, permease protein  62.9 
 
 
410 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0920075  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3075  ABC transporter, permease protein  63.87 
 
 
243 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.98 
 
 
266 aa  252  5.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.49 
 
 
265 aa  250  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.840186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.43 
 
 
294 aa  246  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1911  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
253 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00110867  normal  0.885774 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.14 
 
 
304 aa  101  1e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.74 
 
 
272 aa  100  2e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.210545  normal  0.706839 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31 
 
 
262 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.29435 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6717  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  38.51 
 
 
280 aa  96.3  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00799546  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  27.67 
 
 
266 aa  95.9  6e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0446  ABC transporter, permease protein  29.86 
 
 
282 aa  95.5  7e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0820  ABC transporter, permease protein  29.86 
 
 
282 aa  94.7  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2084  ABC transporter, permease protein  29.86 
 
 
282 aa  94.7  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.217938  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1822  putative ABC transporter, permease protein  29.86 
 
 
282 aa  94.7  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.131569  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1784  putative ABC transport system, membrane protein  29.86 
 
 
282 aa  95.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0352  ABC transporter, permease protein  29.86 
 
 
282 aa  95.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.734925  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1111  ABC transporter, permease protein  29.86 
 
 
282 aa  94.7  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.51 
 
 
262 aa  94  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  27.67 
 
 
266 aa  92  9e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.5 
 
 
254 aa  92  9e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.943674  normal  0.650517 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.27 
 
 
266 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.27 
 
 
266 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.27 
 
 
266 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.27 
 
 
266 aa  90.5  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  27.27 
 
 
266 aa  90.5  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  27.27 
 
 
266 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.27 
 
 
266 aa  90.5  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.27 
 
 
266 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  35.36 
 
 
281 aa  90.1  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
262 aa  90.1  4e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.438917 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.69 
 
 
268 aa  89.7  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.72 
 
 
295 aa  89.4  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102355  normal  0.118273 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0180  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.91 
 
 
283 aa  89.4  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.93964  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2242  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  28.18 
 
 
224 aa  89.4  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1527  NifC-like ABC-type porter  34.5 
 
 
266 aa  89.4  6e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00122012 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1445  NifC-like ABC-type porter  34.78 
 
 
266 aa  89  7e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.452382  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0300  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  28.86 
 
 
274 aa  88.6  9e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0385  NifC-like ABC-type porter  30.84 
 
 
266 aa  88.2  1e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4783  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.8 
 
 
283 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.83544  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1684  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  37.65 
 
 
300 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.8 
 
 
315 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.8 
 
 
315 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154787  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.5 
 
 
280 aa  85.9  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.596153  normal  0.412675 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.12 
 
 
264 aa  85.9  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.26 
 
 
262 aa  85.1  9e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.95 
 
 
264 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  29.38 
 
 
260 aa  84.3  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
264 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.12 
 
 
264 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2582  Ornithine carbamoyltransferase  25.69 
 
 
263 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000818626  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
264 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.12 
 
 
264 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.63 
 
 
281 aa  82.8  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4199  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  33.55 
 
 
263 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.853944  normal  0.687216 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  30.71 
 
 
264 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.58 
 
 
264 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
263 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.037786  normal  0.544332 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.69 
 
 
587 aa  81.6  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1618  NifC-like ABC-type porter  31.31 
 
 
266 aa  80.9  0.00000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.156172  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.27 
 
 
266 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
263 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.512625  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1119  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.22 
 
 
261 aa  80.9  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00123252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0303  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.99 
 
 
242 aa  80.1  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.102873  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0329  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.99 
 
 
258 aa  80.1  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.17 
 
 
264 aa  80.1  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
272 aa  80.1  0.00000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  27.94 
 
 
284 aa  79.7  0.00000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3161  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.87 
 
 
259 aa  79.7  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2942  molybdate ABC transporter permease  32.08 
 
 
226 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0113  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  31.14 
 
 
272 aa  79  0.00000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0992518  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.09 
 
 
299 aa  79  0.00000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.612103 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>