More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1216 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
295 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.138316 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0223  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  89.83 
 
 
295 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.941783  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.35 
 
 
296 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00528706  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7148  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  88.01 
 
 
292 aa  490  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.75 
 
 
295 aa  484  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.38 
 
 
308 aa  408  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2063  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.98 
 
 
297 aa  404  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.903953  hitchhiker  0.00389411 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.14 
 
 
295 aa  399  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00302437  normal  0.783819 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.79 
 
 
305 aa  400  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1441  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.4 
 
 
311 aa  395  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.42 
 
 
311 aa  395  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2703  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.38 
 
 
306 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.731237 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1279  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.06 
 
 
311 aa  392  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0802699  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.36 
 
 
311 aa  390  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.270364 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.55 
 
 
295 aa  381  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.258326 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.31 
 
 
296 aa  360  2e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  39.31 
 
 
299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  39.31 
 
 
299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  39.31 
 
 
299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  39.31 
 
 
299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  39.31 
 
 
299 aa  219  6e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.34 
 
 
305 aa  209  5e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
296 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.2 
 
 
300 aa  207  2e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.88 
 
 
303 aa  206  3e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.15 
 
 
287 aa  204  2e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  40.29 
 
 
303 aa  204  2e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  40.29 
 
 
303 aa  202  4e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  40.29 
 
 
303 aa  202  4e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  40.29 
 
 
303 aa  202  4e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  39.93 
 
 
303 aa  202  5e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
303 aa  202  5e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
303 aa  202  5e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  39.93 
 
 
303 aa  202  5e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  40.36 
 
 
303 aa  202  6e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
298 aa  202  6e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.86 
 
 
301 aa  201  9e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
301 aa  201  9e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
304 aa  199  3e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  39.56 
 
 
301 aa  198  7e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  39.79 
 
 
299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  41.09 
 
 
302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  41.09 
 
 
302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  41.09 
 
 
302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  41.82 
 
 
300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  41.09 
 
 
302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  41.09 
 
 
302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  41.09 
 
 
302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  41.09 
 
 
302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.37 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40 
 
 
308 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.7 
 
 
308 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 
300 aa  195  7e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  41.64 
 
 
300 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.48 
 
 
300 aa  194  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.64 
 
 
300 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.23 
 
 
299 aa  193  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.29 
 
 
301 aa  193  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.27 
 
 
303 aa  192  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
304 aa  192  6e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.58 
 
 
297 aa  192  7e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  39.2 
 
 
303 aa  192  8e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.88 
 
 
299 aa  192  8e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.05 
 
 
308 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
300 aa  191  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.22 
 
 
310 aa  191  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.05 
 
 
308 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
297 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
297 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
297 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4563  dipeptide ABC transporter, permease protein  40.35 
 
 
303 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  39.21 
 
 
297 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
310 aa  190  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
297 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
297 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  38.87 
 
 
303 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5359  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  38.38 
 
 
289 aa  190  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.632265  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.67 
 
 
301 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.82 
 
 
300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.7 
 
 
308 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
313 aa  189  4e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.1 
 
 
289 aa  189  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00661065  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.01 
 
 
310 aa  189  5.999999999999999e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.373123  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4240  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.65 
 
 
303 aa  189  7e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247353  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3645  ABC transporter related  41.52 
 
 
599 aa  188  8e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0951  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
275 aa  188  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.24114  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
299 aa  187  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
300 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
299 aa  186  3e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
294 aa  186  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1309  ABC transporter, permease protein  43.7 
 
 
313 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0351291  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1276  ABC transporter, permease protein  43.7 
 
 
313 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485839  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.24 
 
 
289 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133944  normal  0.758242 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2559  putative dipeptide transport system permease protein  43.7 
 
 
313 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1390  ABC transporter, permease protein  43.7 
 
 
313 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.028004  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.54 
 
 
309 aa  186  4e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1048  ABC transporter, permease protein  43.7 
 
 
313 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0249  ABC transporter, permease protein  43.7 
 
 
313 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  36.36 
 
 
282 aa  186  4e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0520  ABC transporter, permease protein  43.7 
 
 
313 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.747108  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>