More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3645 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2684  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  65.07 
 
 
627 aa  667    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00440045  normal  0.764263 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3645  ABC transporter related  100 
 
 
599 aa  1191    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2959  ABC transporter related  77.85 
 
 
599 aa  927    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5140  ABC transporter related  58.91 
 
 
588 aa  558  1e-158  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.187142  normal  0.0538978 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  42.26 
 
 
867 aa  415  1e-114  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1252  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  40.81 
 
 
650 aa  370  1e-101  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0892214 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9142  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  41.33 
 
 
547 aa  368  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.269566  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1016  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  37.54 
 
 
662 aa  342  1e-92  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0076  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  38.7 
 
 
646 aa  333  4e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000330872  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0428  ABC transporter related  37.7 
 
 
582 aa  327  4.0000000000000003e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0782  ABC transporter related  36.12 
 
 
638 aa  327  5e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.273406 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0451  ABC transporter related  38.33 
 
 
597 aa  313  6.999999999999999e-84  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1932  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  37.22 
 
 
650 aa  311  2e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08350  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component  34.87 
 
 
673 aa  305  2.0000000000000002e-81  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.335742  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5709  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATP- binding protein  37 
 
 
608 aa  305  2.0000000000000002e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0147492  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2148  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  33.82 
 
 
675 aa  302  1e-80  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.770476  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27820  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component  37.48 
 
 
612 aa  298  1e-79  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0933  ABC transporter related  34.23 
 
 
679 aa  298  2e-79  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.311537 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2053  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  38.96 
 
 
644 aa  295  1e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06700  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component  35.38 
 
 
664 aa  291  3e-77  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00896986  normal  0.656809 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6186  ABC transporter related  37.52 
 
 
590 aa  289  1e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0424  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  33.11 
 
 
679 aa  280  7e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.63975 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2309  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  36.78 
 
 
643 aa  276  6e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.819417  normal  0.100325 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0658  ABC peptide transporter  53.28 
 
 
533 aa  273  8.000000000000001e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0245  ABC transporter related  52.16 
 
 
542 aa  271  4e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1163  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.38 
 
 
329 aa  268  2.9999999999999995e-70  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0503612  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1092  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.03 
 
 
347 aa  266  7e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00314713  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0899  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.42 
 
 
347 aa  266  7e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.61652  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1341  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.03 
 
 
347 aa  266  8e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000765858  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1303  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.03 
 
 
347 aa  266  8e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.92932  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1237  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.03 
 
 
347 aa  266  8e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.180341  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1104  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  49.03 
 
 
347 aa  266  8.999999999999999e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1264  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.03 
 
 
347 aa  266  8.999999999999999e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1086  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.03 
 
 
347 aa  266  8.999999999999999e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1080  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.03 
 
 
347 aa  266  8.999999999999999e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1194  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  49.03 
 
 
347 aa  266  8.999999999999999e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118138  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3292  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  50.37 
 
 
341 aa  265  1e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.18394 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0463  ABC transporter, ATP-binding protein  45.94 
 
 
609 aa  265  2e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1063  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.97 
 
 
339 aa  264  4e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0127  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.62 
 
 
353 aa  263  8e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3363  ABC transporter related  50.97 
 
 
542 aa  262  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1804  ABC transporter related  51.55 
 
 
537 aa  262  1e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.147708 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4105  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  48.26 
 
 
347 aa  263  1e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3169  ABC transporter component  53.54 
 
 
553 aa  261  2e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4108  ABC transporter related  49.45 
 
 
612 aa  261  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3860  ABC transporter related  51.36 
 
 
531 aa  261  3e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0418  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.81 
 
 
339 aa  261  3e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.755562  normal  0.486324 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2549  ABC transporter related  50.58 
 
 
530 aa  261  3e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.165477 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1615  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.13 
 
 
353 aa  261  4e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0759  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.51 
 
 
353 aa  260  4e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1351  ABC transporter related  51.12 
 
 
544 aa  261  4e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2651  ABC transporter related  50 
 
 
593 aa  260  4e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0447316  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0320  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.65 
 
 
322 aa  259  1e-67  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.173398 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00642  ABC transporter ATPase component  47.16 
 
 
285 aa  258  2e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0035  ABC transporter related  50.77 
 
 
543 aa  258  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.806878  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2402  ABC transporter related  48.53 
 
 
615 aa  258  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0212  hypothetical protein  45.56 
 
 
334 aa  258  3e-67  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0203  hypothetical protein  45.56 
 
 
334 aa  258  3e-67  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0869  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like protein  48.85 
 
 
343 aa  258  3e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0936  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.96 
 
 
615 aa  256  7e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1400  ABC transporter related  32.3 
 
 
638 aa  256  7e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.785888  normal  0.726008 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5904  ABC transporter related  48.85 
 
 
555 aa  256  9e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.969657  normal  0.702258 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1061  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  44.26 
 
 
330 aa  255  1.0000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3646  ABC transporter related  48.85 
 
 
609 aa  256  1.0000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4453  opine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  45.86 
 
 
610 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000737861 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2031  ABC transporter ATP-binding protein  42.81 
 
 
539 aa  255  2.0000000000000002e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00115375  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1006  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  45.63 
 
 
360 aa  254  3e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7051  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  51.37 
 
 
545 aa  254  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0987  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  45.63 
 
 
360 aa  254  3e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4963  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.66 
 
 
340 aa  254  3e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0355569  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1446  ABC transporter related  49.43 
 
 
597 aa  254  3e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0247  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (peptide)  49.81 
 
 
542 aa  254  3e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6874  ABC transporter related  48.66 
 
 
555 aa  254  4.0000000000000004e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001851  oligopeptide transport ATP-binding protein OppD  46.45 
 
 
285 aa  254  4.0000000000000004e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31110  ATPase component of various ABC-type transport systems with duplicated ATPase domain protein  48.45 
 
 
586 aa  254  4.0000000000000004e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0529  ABC transporter related  49.81 
 
 
533 aa  254  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.328091 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5668  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.73 
 
 
342 aa  253  6e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.467741  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1852  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.29 
 
 
325 aa  253  7e-66  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0625  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  46.39 
 
 
623 aa  253  8.000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3602  ABC transporter related  48.85 
 
 
534 aa  253  9.000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121107  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4293  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.03 
 
 
362 aa  253  9.000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2965  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.03 
 
 
338 aa  253  9.000000000000001e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000541635 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0012  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  46.32 
 
 
328 aa  252  1e-65  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4520  ABC transporter related  51.75 
 
 
539 aa  252  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.425757 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0419  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.51 
 
 
334 aa  252  1e-65  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0195088  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4449  ABC transporter related  48.67 
 
 
545 aa  252  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.875798 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5758  ABC transporter related  49.81 
 
 
611 aa  253  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0434  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.51 
 
 
334 aa  252  1e-65  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.542128  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0817  ABC transporter related  50.97 
 
 
545 aa  252  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.252314  normal  0.0669471 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3273  acetamidase/formamidase  51.1 
 
 
592 aa  253  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0701  peptide ABC transporter ATPase  50 
 
 
543 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2356  ABC transporter related  50 
 
 
543 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.10022 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2226  ABC transporter related protein  45.26 
 
 
620 aa  251  3e-65  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.993746  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7020  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (oligopeptide)  47.08 
 
 
338 aa  251  3e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4080  ABC transporter related  50 
 
 
542 aa  251  3e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5509  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  47.92 
 
 
347 aa  250  4e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.435754 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0416  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  43.33 
 
 
345 aa  250  4e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.804704 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3570  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.7 
 
 
633 aa  251  4e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.15689 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3919  ABC transporter related  52.33 
 
 
543 aa  251  4e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4686  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.1 
 
 
338 aa  250  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>