More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5347 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5184  glutamine synthetase, putative  86.9 
 
 		 458 aa  839    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.92577  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5299  glutamine synthetase, putative  99.35 
 
 		 460 aa  949    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.802661  normal  0.238566 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5310  glutamine synthetase  83.62 
 
 		 458 aa  813    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0387  glutamine synthetase  81.66 
 
 		 458 aa  788    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4868  glutamate--ammonia ligase  83.84 
 
 		 458 aa  814    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2122  L-glutamine synthetase  83.84 
 
 		 458 aa  813    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0668807  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0341  L-glutamine synthetase  85.15 
 
 		 459 aa  829    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0727612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5408  L-glutamine synthetase  85.59 
 
 		 458 aa  826    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.532857  hitchhiker  0.00182517 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3247  glutamine synthetase  83.41 
 
 		 458 aa  796    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0174  glutamate--putrescine ligase  95.65 
 
 		 460 aa  922    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000293825 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48880  glutamine synthetase  81.44 
 
 		 458 aa  794    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5091  glutamate--putrescine ligase  86.46 
 
 		 458 aa  833    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.327313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5244  glutamate--putrescine ligase  87.34 
 
 		 458 aa  841    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0279  glutamate--putrescine ligase  87.34 
 
 		 458 aa  837    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5347  glutamate--putrescine ligase  100 
 
 		 460 aa  953    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107252 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03860  putative glutamine synthetase  81.66 
 
 		 458 aa  788    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38140  putative glutamine synthetase  82.97 
 
 		 458 aa  794    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0019966 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5208  glutamate--putrescine ligase  99.78 
 
 		 460 aa  952    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.179896  normal  0.60947 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4677  glutamine synthetase family protein  50.22 
 
 		 456 aa  474  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2068  glutamate--putrescine ligase  47.31 
 
 		 472 aa  416  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3216  glutamine synthetase catalytic region  45.96 
 
 		 472 aa  402  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0110604 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0955  glutamine synthetase catalytic region  44.22 
 
 		 461 aa  402  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01274  gamma-Glu-putrescine synthase  44.57 
 
 		 472 aa  394  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.798701  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2349  glutamine synthetase catalytic region  44.35 
 
 		 472 aa  394  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.582872  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01285  hypothetical protein  44.57 
 
 		 472 aa  394  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.904201  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00464  gamma-glutamylputrescine synthetase  47.51 
 
 		 459 aa  394  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.446878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1825  glutamate--putrescine ligase  44.35 
 
 		 472 aa  394  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0546478 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1412  glutamate--putrescine ligase  44.57 
 
 		 472 aa  393  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1506  glutamate--putrescine ligase  44.35 
 
 		 472 aa  394  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1939  glutamate--putrescine ligase  44.35 
 
 		 472 aa  394  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.23252 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2328  glutamine synthetase catalytic region  44.35 
 
 		 472 aa  394  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1533  glutamate--putrescine ligase  44.12 
 
 		 472 aa  391  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2717  glutamine synthetase catalytic region  45.45 
 
 		 455 aa  387  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.648356 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6323  glutamine synthetase  43.97 
 
 		 455 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2336  glutamine synthetase catalytic region  44.79 
 
 		 466 aa  384  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72850  putative glutamine synthetase  44.2 
 
 		 455 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3952  glutamine synthetase catalytic region  43.88 
 
 		 459 aa  381  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0296195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1181  L-glutamine synthetase  43.84 
 
 		 451 aa  374  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3524  glutamate--putrescine ligase  43.11 
 
 		 444 aa  370  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.435958  normal  0.190458 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1118  glutamate--ammonia ligase  40.56 
 
 		 463 aa  369  1e-101  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.770456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3764  hypothetical protein  43.9 
 
 		 454 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44240  putative glutamine synthetase  44.12 
 
 		 454 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4525  L-glutamine synthetase  42.73 
 
 		 455 aa  367  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1342  glutamate--putrescine ligase  43.24 
 
 		 459 aa  362  1e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738876  normal  0.165008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4054  glutamine synthetase catalytic region  43.02 
 
 		 454 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4547  glutamine synthetase, putative  43.02 
 
 		 454 aa  359  6e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3842  glutamate--putrescine ligase  42.57 
 
 		 454 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1568  L-glutamine synthetase  40.87 
 
 		 468 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.719328  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2143  L-glutamine synthetase  42.89 
 
 		 454 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4366  glutamine synthetase, catalytic region  42.05 
 
 		 471 aa  355  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0219  glutamine synthetase, catalytic region  40.87 
 
 		 464 aa  355  1e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3049  glutamine synthetase, catalytic region  40.43 
 
 		 464 aa  355  1e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.486199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1174  glutamate--ammonia ligase  42.35 
 
 		 455 aa  353  4e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0887  glutamine synthetase catalytic region  38.79 
 
 		 459 aa  330  2e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0584  glutamine synthetase catalytic region  40.31 
 
 		 465 aa  330  3e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0546  glutamine synthetase, catalytic region  38.76 
 
 		 453 aa  326  5e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2416  glutamine synthetase catalytic region  38.81 
 
 		 455 aa  322  6e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.175652 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3702  glutamate--ammonia ligase  38.12 
 
 		 443 aa  314  1.9999999999999998e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0866  glutamate--putrescine ligase  38.98 
 
 		 445 aa  296  5e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3559  glutamine synthetase, catalytic region  37.36 
 
 		 448 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.610228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1253  glutamine synthetase, catalytic region  38.62 
 
 		 454 aa  295  1e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2634  glutamate--putrescine ligase  38.34 
 
 		 448 aa  295  1e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0507413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1785  glutamine synthetase catalytic region  37.14 
 
 		 448 aa  292  7e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2178  glutamine synthetase, putative  37.14 
 
 		 448 aa  292  9e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1845  glutamine synthetase catalytic region  36.11 
 
 		 451 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.561959  hitchhiker  0.00870398 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0777  glutamine synthetase  39.82 
 
 		 456 aa  289  8e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4806  glutamine synthetase catalytic region  36.77 
 
 		 448 aa  289  8e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.583178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0375  L-glutamine synthetase  37.86 
 
 		 445 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2019  glutamate--ammonia ligase  37.86 
 
 		 445 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4278  glutamine synthetase, catalytic region  36.77 
 
 		 448 aa  288  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702735  normal  0.233785 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1406  glutamine synthetase  37.64 
 
 		 451 aa  285  8e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.483277  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3465  glutamine synthetase, catalytic region  36.03 
 
 		 448 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4901  glutamine synthetase, catalytic region  36.03 
 
 		 448 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.653152 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5385  glutamine synthetase catalytic region  36.03 
 
 		 448 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.347557 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3721  glutamine synthetase catalytic region  36.03 
 
 		 448 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.504584  normal  0.0215831 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2380  Glutamate--putrescine ligase  36.55 
 
 		 456 aa  283  6.000000000000001e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0068155  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0804  glutamine synthetase, catalytic region  35.37 
 
 		 448 aa  281  2e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0418139  normal  0.144728 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2897  glutamate--putrescine ligase  34.43 
 
 		 452 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2079  L-glutamine synthetase  35.84 
 
 		 454 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3148  glutamine synthetase, putative  33.77 
 
 		 452 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1836  L-glutamine synthetase  36.49 
 
 		 439 aa  272  9e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.406794 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2566  glutamate--putrescine ligase  33.77 
 
 		 452 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2707  glutamate--putrescine ligase  33.55 
 
 		 452 aa  272  1e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.210959  normal  0.606055 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5407  L-glutamine synthetase  34.22 
 
 		 452 aa  271  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000279947 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0951  glutamine synthetase catalytic region  37.73 
 
 		 450 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.771272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3572  glutamate--putrescine ligase  34.84 
 
 		 444 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.701465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03880  glutamine synthetase  34.67 
 
 		 452 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0389  glutamine synthetase  34.44 
 
 		 452 aa  270  5e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1093  glutamate--ammonia ligase  35.11 
 
 		 451 aa  269  1e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.440027  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5309  glutamine synthetase  33.41 
 
 		 452 aa  268  1e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1127  L-glutamine synthetase  36.4 
 
 		 479 aa  269  1e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.278504  normal  0.417665 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0280  glutamate--putrescine ligase  34.44 
 
 		 452 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4867  glutamate--ammonia ligase  33.41 
 
 		 452 aa  268  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0918007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1946  glutamine synthetase family protein  35.51 
 
 		 444 aa  267  2e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0912905  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5090  glutamate--putrescine ligase  34.22 
 
 		 452 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2022  glutamine synthetase family protein  35.28 
 
 		 444 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0636  glutamine synthetase catalytic domain  35.28 
 
 		 444 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.961715  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5183  glutamine synthetase, putative  34.22 
 
 		 452 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5243  glutamate--putrescine ligase  34.22 
 
 		 452 aa  266  7e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.689829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1297  glutamate--putrescine ligase  35.6 
 
 		 463 aa  266  7e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.770979  normal  0.671991 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>