290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3156 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3156  cytochrome c, class I  100 
 
 
305 aa  622  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3695  cytochrome c, class I  68.2 
 
 
298 aa  435  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.141115  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2110  hypothetical protein  61.84 
 
 
298 aa  387  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0593  hypothetical protein  49.15 
 
 
292 aa  290  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2664  hypothetical protein  48.99 
 
 
294 aa  285  5.999999999999999e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2430  cytochrome c, class I  38.61 
 
 
301 aa  202  4e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1198  hypothetical protein  28.76 
 
 
292 aa  125  8.000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000391848  normal  0.341388 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5275  cytochrome c-related protein  26.46 
 
 
320 aa  90.1  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4825  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.55 
 
 
531 aa  89.7  6e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0605523 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5292  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.17 
 
 
531 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330766  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4095  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.1 
 
 
425 aa  86.7  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290618  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5370  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.97 
 
 
531 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0306  class I diheme cytochrome c  29.53 
 
 
290 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239873  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5752  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.72 
 
 
425 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.95358  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3816  cytochrome c, class I  27.72 
 
 
425 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4552  cytochrome c, class I  27.72 
 
 
425 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.859169 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0226  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.18 
 
 
467 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4441  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.86 
 
 
425 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1151  cytochrome c alcohol dehydrogenase subunit  27.92 
 
 
451 aa  83.6  0.000000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1951  class I diheme cytochrome c  29.19 
 
 
290 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1294  cytochrome c, class I  27.82 
 
 
425 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.618448  normal  0.723346 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6548  cytochrome c, class I  27.21 
 
 
425 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3977  cytochrome c, class I  27.37 
 
 
425 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.386742  normal  0.0120271 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1857  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.92 
 
 
538 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.413717 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1243  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.47 
 
 
424 aa  80.5  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.154169  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1781  cytochrome c, class I  26.89 
 
 
451 aa  79.3  0.00000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0339245 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2565  cytochrome c, class I  28.12 
 
 
424 aa  79.3  0.00000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.938803  hitchhiker  0.00615552 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4654  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.67 
 
 
429 aa  79.3  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0080  cytochrome c-related protein  27.54 
 
 
324 aa  79  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.670842  normal  0.271044 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1143  hypothetical protein  27.49 
 
 
532 aa  78.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0240878  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2502  cytochrome c, class I  28.21 
 
 
450 aa  78.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2272  cytochrome c, class I  27.7 
 
 
458 aa  78.6  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.242682  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1938  cytochrome c class I  28.05 
 
 
273 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0937188  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0728  cytochrome c-related protein  26.71 
 
 
321 aa  76.6  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.264132  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0858  cytochrome c, class I  27.27 
 
 
429 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1414  cytochrome c family protein  28.32 
 
 
492 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.186397  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1294  cytochrome c, class I  29.55 
 
 
527 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0963416  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6536  cytochrome c, class I  29.55 
 
 
527 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403161  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2356  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.02 
 
 
498 aa  75.9  0.0000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1295  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.66 
 
 
278 aa  75.1  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.250133  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  30.36 
 
 
438 aa  75.1  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0190  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  30.6 
 
 
1253 aa  74.3  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1792  cytochrome c, class I  27.5 
 
 
470 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6289  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.17 
 
 
530 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.550632  normal  0.0291984 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4495  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.14 
 
 
309 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71248  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.97 
 
 
426 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6144  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.06 
 
 
527 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.548869 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2958  cytochrome c family protein  24.48 
 
 
327 aa  74.3  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.184692  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6575  cytochrome c, class I  29.17 
 
 
554 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0822253  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2148  hypothetical protein  27.3 
 
 
273 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.61368  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2835  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.86 
 
 
448 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0245579  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1435  glucose dehydrogenase, beta subunit  27.96 
 
 
452 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.91 
 
 
444 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2280  cytochrome c, class I  27.49 
 
 
429 aa  73.2  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1350  glucose dehydrogenase, beta subunit  27.6 
 
 
452 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0106089  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2590  cytochrome c family protein  27.6 
 
 
497 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0780  cytochrome c family protein  29.74 
 
 
476 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00190536  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0768  cytochrome c family protein  29.74 
 
 
482 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00254  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00910  gluconate dehydrogenase cytochrome c subunit  27.34 
 
 
439 aa  73.2  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.367446  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3647  cytochrome c, class I  26.76 
 
 
477 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.946427  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1159  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.78 
 
 
466 aa  72.8  0.000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0943  cytochrome c family protein  29.74 
 
 
650 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3373  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.38 
 
 
421 aa  72.4  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.73 
 
 
537 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00943544 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.3 
 
 
427 aa  72  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.310202  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2696  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.21 
 
 
312 aa  72  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0083  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit  29.9 
 
 
473 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0300779 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0016  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.45 
 
 
420 aa  71.6  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.331141 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1234  hypothetical protein  26.92 
 
 
304 aa  72  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3829  cytochrome c, class I  28.68 
 
 
439 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0398501  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3623  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  27.82 
 
 
447 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1761  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.72 
 
 
680 aa  71.2  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.108482 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1356  cytochrome c family protein  25.36 
 
 
430 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1689  cytochrome c, class I  27.84 
 
 
430 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0300798  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4380  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.86 
 
 
469 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0720  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.3 
 
 
427 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.690125 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2867  cytochrome c-related protein  23.05 
 
 
340 aa  70.9  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00218217 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0263  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.54 
 
 
470 aa  70.5  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.473095  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4096  putative cytochrome c  28.26 
 
 
447 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687974  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4225  cytochrome c, class I  26.33 
 
 
475 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138651  normal  0.183785 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3292  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.33 
 
 
475 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.618986 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4141  cytochrome c, class I  26.33 
 
 
475 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.5261  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2110  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  26.88 
 
 
447 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.701093  normal  0.375253 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0966  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  30.68 
 
 
430 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4796  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.72 
 
 
440 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.160851 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5487  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.87 
 
 
451 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1244  cytochrome c family protein  27.6 
 
 
452 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.148627  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  27.37 
 
 
669 aa  69.7  0.00000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  24.91 
 
 
698 aa  69.7  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1084  cytochrome c family protein  27.6 
 
 
452 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.508293  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0215  cytochrome c family protein  27.6 
 
 
452 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0488  cytochrome c family protein  27.6 
 
 
452 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.155198  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3387  cytochrome c, class I  29.81 
 
 
440 aa  69.7  0.00000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.647099  normal  0.180039 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1400  cytochrome c, class I  27.84 
 
 
421 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0648  cytochrome c family protein  25.36 
 
 
332 aa  69.3  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.120644 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1001  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  26.82 
 
 
430 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1441  putative diheme cytochrome c-553  30.11 
 
 
310 aa  69.3  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.18 
 
 
432 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4265  cytochrome c, class I  27.89 
 
 
466 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.105526  normal  0.847694 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0973  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.71 
 
 
304 aa  68.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>