106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4568 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4568  hypothetical protein  100 
 
 		 241 aa  483  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3789  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.86 
 
 		 273 aa  78.6  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.040957  normal  0.896833 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17600  ferredoxin  39.22 
 
 		 217 aa  77  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2933  hypothetical protein  36.36 
 
 		 239 aa  74.3  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.350772  normal  0.525072 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2250  hypothetical protein  31.97 
 
 		 249 aa  68.6  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.478876  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03740  putative ferredoxin protein  40.54 
 
 		 109 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1599  hypothetical protein  32.94 
 
 		 246 aa  63.5  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2884  hypothetical protein  29.67 
 
 		 226 aa  62.4  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.954473  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2766  hypothetical protein  35.05 
 
 		 117 aa  61.6  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.906138  normal  0.115271 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2292  hypothetical protein  35.29 
 
 		 107 aa  60.5  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0078  hypothetical protein  32.99 
 
 		 130 aa  59.7  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2152  hypothetical protein  34.02 
 
 		 116 aa  58.9  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.049564 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4220  putative ferredoxin  34.88 
 
 		 107 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.377475 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0496  putative ferredoxin  33.66 
 
 		 107 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.697276  normal  0.0196936 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2790  ferredoxin, 2Fe-2S  32.35 
 
 		 101 aa  56.6  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.000000127071  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0451  hypothetical protein  30.93 
 
 		 115 aa  55.1  0.0000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.419137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0486  hypothetical protein  30.93 
 
 		 115 aa  55.1  0.0000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00104952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0919  NADH dehydrogenase (quinone)  31.63 
 
 		 596 aa  53.5  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0191  putative ferredoxin 2Fe-2S protein  30.11 
 
 		 109 aa  53.5  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.392497 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0185  putative ferredoxin 2Fe-2S protein  29.03 
 
 		 109 aa  53.1  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.808943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2243  ferredoxin, 2Fe-2S  36.9 
 
 		 103 aa  52.8  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.600015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0993  NADH dehydrogenase (quinone)  28.72 
 
 		 610 aa  52.8  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0278  putative ferredoxin  28.92 
 
 		 106 aa  52.4  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2332  ferredoxin, 2Fe-2S (AaFd4)  30.09 
 
 		 117 aa  52.4  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1013  hypothetical protein  33.03 
 
 		 118 aa  52.4  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.436912  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3804  NADH dehydrogenase (quinone)  28.12 
 
 		 595 aa  52  0.000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4158  Fe2-S2-type ferredoxin  26.21 
 
 		 102 aa  51.2  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6238  ferredoxin-like  30.19 
 
 		 105 aa  51.2  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2945  ferredoxin-like protein  30.19 
 
 		 105 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1965  putative ferredoxin 2fe-2s protein  28.28 
 
 		 102 aa  51.6  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2807  ferredoxin-like protein  30.19 
 
 		 105 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.46384 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0378  ferredoxin, 2Fe-2S  28.57 
 
 		 105 aa  50.4  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0988  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  30.25 
 
 		 410 aa  51.2  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0227  ferredoxin-like protein  27.71 
 
 		 134 aa  50.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2281  ferredoxin-like  30.19 
 
 		 105 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2896  ferredoxin-like protein  30.19 
 
 		 105 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0123566  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0047  ferredoxin, 2Fe-2S  33.73 
 
 		 103 aa  50.4  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000617447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2308  putative ferredoxin 2fe-2s protein  29.29 
 
 		 101 aa  51.2  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0610849 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2905  ferredoxin-like protein  30.19 
 
 		 105 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0210  putative ferredoxin  30.84 
 
 		 107 aa  50.8  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0329  putative ferredoxin 2FE-2S protein  28.26 
 
 		 108 aa  49.7  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.782832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2249  ferredoxin-like protein  31.82 
 
 		 112 aa  49.7  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0215756 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0408  ferredoxin-like protein  30.19 
 
 		 105 aa  49.7  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.920183  normal  0.0133619 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3470  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  34.44 
 
 		 408 aa  49.7  0.00004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0279  putative ferredoxin 2fe-2s protein  27.45 
 
 		 105 aa  49.3  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.444839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1475  ferredoxin, 2Fe-2s  30.93 
 
 		 132 aa  49.3  0.00005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0703  ferredoxin 2fe-2s  30.93 
 
 		 132 aa  49.3  0.00005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000267477  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1544  cobalamin biosynthesis protein  38.03 
 
 		 132 aa  49.7  0.00005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000172784  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1867  ferredoxin, 2Fe-2S, putative  30.25 
 
 		 120 aa  48.9  0.00008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0532  NADH dehydrogenase (quinone)  30.1 
 
 		 620 aa  48.5  0.00008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0280377  normal  0.055647 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3881  Fe2-S2-type ferredoxin  28.12 
 
 		 107 aa  48.9  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3087  ferredoxin-like protein  33.7 
 
 		 114 aa  48.5  0.00009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389832 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0617  ferredoxin, 2Fe-2S  29.76 
 
 		 105 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.497669  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0898  ferredoxin like protein  33.73 
 
 		 130 aa  48.1  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.216667  hitchhiker  0.00626821 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0436  ferredoxin, putative  29.76 
 
 		 109 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.547731  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0455  ferredoxin family protein  29.76 
 
 		 109 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.268265  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1866  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.57 
 
 		 410 aa  48.1  0.0001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.156211  normal  0.343639 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0624  NADH dehydrogenase (quinone)  24.74 
 
 		 614 aa  48.1  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000168904  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0256  ferredoxin, 2Fe-2S  29.13 
 
 		 108 aa  47.4  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1170  NADH dehydrogenase (quinone)  27.66 
 
 		 602 aa  47.8  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2553  ferredoxin-like protein  32.97 
 
 		 134 aa  47.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.218223  normal  0.835229 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0978  putative ferredoxin 2fe-2s protein  28.05 
 
 		 103 aa  47  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.76385  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1539  hypothetical protein  32 
 
 		 110 aa  46.6  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.635417 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0341  NADH dehydrogenase (quinone)  29.59 
 
 		 597 aa  46.6  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.024737  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2139  NADH dehydrogenase (quinone)  28.74 
 
 		 596 aa  46.2  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.306565  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3654  putative ferredoxin  41.51 
 
 		 106 aa  46.2  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0180511 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0383  ferredoxin-like protein  27.55 
 
 		 124 aa  45.8  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.354006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2936  hypothetical protein  34.74 
 
 		 109 aa  45.4  0.0007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0330  ferredoxin-like protein  28.57 
 
 		 116 aa  45.8  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0352386 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3830  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  29 
 
 		 677 aa  45.4  0.0009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3095  ferredoxin, 2fe-2s  34.15 
 
 		 100 aa  45.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0195  ferredoxin-like protein  30.49 
 
 		 123 aa  44.7  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00894898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2621  putative ferredoxin  29.41 
 
 		 132 aa  44.7  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0061  ferredoxin, 2Fe-2S  29.76 
 
 		 104 aa  44.3  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0227  ferredoxin, 2Fe-2S  29.76 
 
 		 104 aa  44.3  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.636901  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1366  ferredoxin, 2Fe-2S  29.76 
 
 		 108 aa  44.3  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3196  ferredoxin, 2Fe-2S  29.76 
 
 		 104 aa  44.3  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_29315  predicted protein  37.68 
 
 		 125 aa  43.9  0.002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0913  NADH dehydrogenase (quinone)  26.09 
 
 		 607 aa  44.3  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0935  NADH dehydrogenase (quinone)  26.09 
 
 		 607 aa  44.3  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3574  ferredoxin, 2Fe-2S (AaFd4)  31.71 
 
 		 110 aa  43.9  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0548526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0566  putative ferredoxin 2Fe-2S protein  25.58 
 
 		 108 aa  43.9  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0856  Ferredoxin-like protein  31.76 
 
 		 113 aa  43.5  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2233  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  29.55 
 
 		 597 aa  43.5  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1043  Fe2-S2-type ferredoxin  29.76 
 
 		 104 aa  43.1  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0741515  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0183  ferredoxin-like  28.57 
 
 		 128 aa  43.1  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2408  ferredoxin-like protein  38.89 
 
 		 62 aa  43.1  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1149  ferredoxin, 2Fe-2S  24.53 
 
 		 102 aa  43.1  0.004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.206142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1338  NADH dehydrogenase (quinone)  28.74 
 
 		 572 aa  43.1  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1394  putative ferredoxin 2Fe-2S protein  27.38 
 
 		 109 aa  43.1  0.004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2882  Ferredoxin-like protein  28.57 
 
 		 178 aa  43.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2650  putative ferredoxin  29.27 
 
 		 112 aa  42.7  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.342281  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1581  ferredoxin-like protein  30.53 
 
 		 158 aa  42.7  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1606  Ferredoxin-like protein  30.53 
 
 		 158 aa  42.7  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0134  ferredoxin-like  26.67 
 
 		 133 aa  42.4  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0257718 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0429  NADH dehydrogenase (quinone)  22.88 
 
 		 624 aa  42.4  0.007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0099  NADH dehydrogenase (quinone)  26.09 
 
 		 597 aa  42.4  0.007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.953797  hitchhiker  0.000000556523 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4000  ferredoxin-like protein  24.53 
 
 		 120 aa  42.4  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000000776711 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24670  NADH:ubiquinone oxidoreductase, NADH-binding (51 kD) subunit  30.77 
 
 		 597 aa  42.4  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0688  putative ferredoxin like protein  29.7 
 
 		 119 aa  42  0.008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>