91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3353 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3353  hypothetical protein  100 
 
 		 268 aa  537  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.309704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1459  hypothetical protein  76.14 
 
 		 261 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16770  hypothetical protein  77.78 
 
 		 261 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1325  hypothetical protein  72.97 
 
 		 269 aa  358  6e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0554428 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39240  hypothetical protein  75.68 
 
 		 277 aa  357  9.999999999999999e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.659718  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1513  hypothetical protein  75 
 
 		 258 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4209  hypothetical protein  75 
 
 		 258 aa  356  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.461905 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1077  hypothetical protein  71.81 
 
 		 281 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4104  hypothetical protein  73.83 
 
 		 258 aa  353  1e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1515  hypothetical protein  70.83 
 
 		 287 aa  352  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1118  hypothetical protein  74.61 
 
 		 258 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0432  hypothetical protein  70.8 
 
 		 245 aa  324  1e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.759141  hitchhiker  0.00293132 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2229  hypothetical protein  55.76 
 
 		 278 aa  263  2e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0138  hypothetical protein  48.69 
 
 		 272 aa  250  2e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0144  hypothetical protein  52.32 
 
 		 262 aa  236  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1199  hypothetical protein  54.24 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3647  hypothetical protein  55 
 
 		 259 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3564  hypothetical protein  50.19 
 
 		 248 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0860  hypothetical protein  58.16 
 
 		 256 aa  233  3e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.301804  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3828  hypothetical protein  51.46 
 
 		 261 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.23857 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3921  hypothetical protein  51.46 
 
 		 261 aa  232  6e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4047  hypothetical protein  51.68 
 
 		 253 aa  230  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4037  hypothetical protein  51.05 
 
 		 261 aa  230  2e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4658  hypothetical protein  58.16 
 
 		 195 aa  230  2e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0164  hypothetical protein  53.28 
 
 		 258 aa  229  3e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2836  hypothetical protein  53.04 
 
 		 253 aa  228  6e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.574935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2441  hypothetical protein  51.01 
 
 		 292 aa  228  8e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00529  SAM-dependent methyltransferase  50 
 
 		 259 aa  227  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3610  hypothetical protein  52.97 
 
 		 248 aa  225  4e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3857  hypothetical protein  52.02 
 
 		 275 aa  221  8e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001949  SAM-dependent methyltransferase  49.2 
 
 		 259 aa  221  9e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1259  hypothetical protein  53.51 
 
 		 264 aa  220  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.872111 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4375  hypothetical protein  52.08 
 
 		 248 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4241  hypothetical protein  52.08 
 
 		 248 aa  219  3e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4202  protein of unknown function DUF548  52.08 
 
 		 248 aa  219  3e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0100  hypothetical protein  51.25 
 
 		 259 aa  217  2e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00159  hypothetical protein  49.57 
 
 		 258 aa  216  4e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0117  putative methyltransferase  50 
 
 		 256 aa  209  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4038  putative methyltransferase  50 
 
 		 256 aa  209  4e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2612  hypothetical protein  47.43 
 
 		 269 aa  209  5e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.368816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2945  hypothetical protein  51.28 
 
 		 260 aa  207  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2080  hypothetical protein  52.89 
 
 		 254 aa  206  4e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0819658  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4700  putative methyltransferase  49.34 
 
 		 248 aa  204  8e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1058  hypothetical protein  52.31 
 
 		 254 aa  204  1e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.019854  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3786  putative methyltransferase  48.92 
 
 		 252 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.711834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0108  SAM-dependent methyltransferase  52.07 
 
 		 254 aa  201  7e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0305  SAM-dependent methyltransferase  49.76 
 
 		 254 aa  201  9.999999999999999e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0354  hypothetical protein  49.43 
 
 		 282 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3910  putative methyltransferase  48.05 
 
 		 254 aa  199  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3796  putative methyltransferase  48.48 
 
 		 252 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3863  putative methyltransferase  48.48 
 
 		 252 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.980604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3967  putative methyltransferase  48.48 
 
 		 252 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3906  putative methyltransferase  48.48 
 
 		 252 aa  199  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03299  hypothetical protein  48.05 
 
 		 250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0218  protein of unknown function DUF548  48.05 
 
 		 250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3825  putative methyltransferase  48.05 
 
 		 250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3786  putative methyltransferase  48.05 
 
 		 250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0219  putative methyltransferase  48.05 
 
 		 250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03346  predicted SAM-dependent methyltransferase  48.05 
 
 		 250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.428516  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3979  putative methyltransferase  48.05 
 
 		 250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3697  putative methyltransferase  48.05 
 
 		 250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4844  putative methyltransferase  48.05 
 
 		 250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0006  putative methyltransferase  51.07 
 
 		 250 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.84846  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4197  putative methyltransferase  48.98 
 
 		 248 aa  191  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4480  putative methyltransferase  48.16 
 
 		 248 aa  187  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1990  hypothetical protein  49.51 
 
 		 276 aa  181  9.000000000000001e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.287455  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0009  putative methyltransferase  51.93 
 
 		 248 aa  179  4.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1882  hypothetical protein  42.33 
 
 		 253 aa  163  3e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1046  hypothetical protein  51.53 
 
 		 205 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.183803  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3348  hypothetical protein  47.4 
 
 		 220 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.870462  normal  0.145853 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1343  protein of unknown function DUF548  39.73 
 
 		 276 aa  140  3e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.069675  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2042  hypothetical protein  46.07 
 
 		 218 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4001  protein of unknown function DUF548  45.13 
 
 		 204 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2240  hypothetical protein  40.93 
 
 		 264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1802  hypothetical protein  39.47 
 
 		 243 aa  125  9e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2074  hypothetical protein  37.83 
 
 		 267 aa  124  1e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1801  hypothetical protein  38.95 
 
 		 243 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17290  Protein of unknown function (DUF548)  40.45 
 
 		 214 aa  119  7.999999999999999e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.559869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0893  protein of unknown function DUF548  37.16 
 
 		 250 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.412052 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45482  predicted protein  32.88 
 
 		 362 aa  93.6  3e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0542  hypothetical protein  34.46 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0494744  unclonable  0.00000000143432 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1982  hypothetical protein  33.15 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.582001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1704  hypothetical protein  31.64 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.498266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1923  protein of unknown function DUF548  28.91 
 
 		 261 aa  57.8  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2731  protein of unknown function DUF548  31.68 
 
 		 279 aa  57.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000173864  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0978  hypothetical protein  26.49 
 
 		 258 aa  45.8  0.0006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000585304  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1488  protein of unknown function DUF548  36.36 
 
 		 266 aa  44.7  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.763853  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2129  protein of unknown function DUF548  25.11 
 
 		 247 aa  45.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0247639  normal  0.0288385 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0397  hypothetical protein  28.03 
 
 		 254 aa  44.3  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000447185  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0413  hypothetical protein  28.03 
 
 		 254 aa  43.9  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.252366  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2182  hypothetical protein  31.71 
 
 		 401 aa  42.4  0.009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>