More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0735 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
463 aa  952    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  45.08 
 
 
440 aa  396  1e-109  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.78 
 
 
442 aa  374  1e-102  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  44.32 
 
 
435 aa  374  1e-102  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.53 
 
 
436 aa  370  1e-101  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.16 
 
 
446 aa  367  1e-100  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  41.27 
 
 
445 aa  365  1e-100  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.27 
 
 
445 aa  365  1e-99  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.42 
 
 
433 aa  364  2e-99  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.74 
 
 
440 aa  358  9.999999999999999e-98  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.65 
 
 
469 aa  356  5e-97  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.55 
 
 
446 aa  356  5.999999999999999e-97  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.65 
 
 
469 aa  355  6.999999999999999e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.02 
 
 
444 aa  354  2e-96  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  44.65 
 
 
483 aa  353  5e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  41.01 
 
 
439 aa  352  5.9999999999999994e-96  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.52 
 
 
486 aa  350  4e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.29 
 
 
448 aa  349  5e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.17 
 
 
442 aa  348  1e-94  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.99 
 
 
470 aa  347  2e-94  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.95 
 
 
447 aa  346  4e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.43 
 
 
430 aa  346  4e-94  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  43.74 
 
 
450 aa  346  6e-94  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.84 
 
 
444 aa  345  1e-93  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.7 
 
 
453 aa  344  2e-93  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.67 
 
 
449 aa  344  2e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  40.9 
 
 
440 aa  343  4e-93  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  42.82 
 
 
432 aa  340  4e-92  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.86 
 
 
471 aa  339  5e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.86 
 
 
450 aa  339  5.9999999999999996e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.36 
 
 
448 aa  339  7e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  42.38 
 
 
458 aa  338  9.999999999999999e-92  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0150  hypothetical protein  41.23 
 
 
434 aa  337  1.9999999999999998e-91  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.91 
 
 
448 aa  336  5.999999999999999e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.46 
 
 
450 aa  335  9e-91  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.4 
 
 
437 aa  335  1e-90  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.86 
 
 
435 aa  333  3e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  41.89 
 
 
466 aa  333  3e-90  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  40.09 
 
 
445 aa  333  3e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  39.14 
 
 
437 aa  332  7.000000000000001e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.69 
 
 
487 aa  332  9e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  40.8 
 
 
472 aa  331  1e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  41.33 
 
 
452 aa  329  6e-89  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  39.68 
 
 
455 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  38.99 
 
 
454 aa  328  2.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.41 
 
 
438 aa  327  3e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3331  hypothetical protein  39.35 
 
 
479 aa  327  3e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00577247 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  38.88 
 
 
462 aa  326  5e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  39.82 
 
 
440 aa  325  1e-87  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  38.65 
 
 
504 aa  325  2e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.42 
 
 
441 aa  323  3e-87  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  38.41 
 
 
454 aa  323  5e-87  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  39.59 
 
 
471 aa  322  8e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.22 
 
 
436 aa  322  8e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.27 
 
 
435 aa  322  9.999999999999999e-87  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.27 
 
 
437 aa  321  1.9999999999999998e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  38.41 
 
 
454 aa  320  3.9999999999999996e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  39.11 
 
 
440 aa  319  6e-86  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0713  hypothetical protein  40.42 
 
 
438 aa  318  1e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.78 
 
 
467 aa  318  1e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1191  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  41.11 
 
 
445 aa  316  6e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0963  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.91 
 
 
442 aa  315  9e-85  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1513  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.45 
 
 
433 aa  313  5.999999999999999e-84  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.627818  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1314  hypothetical protein  40.17 
 
 
453 aa  312  9e-84  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395672  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1392  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.13 
 
 
447 aa  311  1e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4276  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40 
 
 
449 aa  310  2.9999999999999997e-83  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4336  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40 
 
 
449 aa  310  4e-83  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.412924 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  39.82 
 
 
441 aa  310  5e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.82 
 
 
441 aa  310  5e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.82 
 
 
441 aa  310  5e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.82 
 
 
441 aa  310  5e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.82 
 
 
441 aa  310  5e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  39.82 
 
 
441 aa  310  5e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.82 
 
 
441 aa  310  5e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.82 
 
 
441 aa  310  5e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4219  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.83 
 
 
443 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.862711 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.82 
 
 
441 aa  309  5.9999999999999995e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4016  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.09 
 
 
443 aa  309  8e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.588155  hitchhiker  0.00937866 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.76 
 
 
444 aa  309  8e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2966  2-alkenal reductase  39.96 
 
 
446 aa  309  9e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000212158  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.04 
 
 
470 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.6 
 
 
441 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.6 
 
 
441 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.6 
 
 
441 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.6 
 
 
441 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1228  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.04 
 
 
443 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.243595  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4019  conserved hypothetical protein TIGR01125  39.87 
 
 
443 aa  307  3e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1623  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.22 
 
 
452 aa  306  4.0000000000000004e-82  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1444  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.87 
 
 
443 aa  306  7e-82  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.22 
 
 
470 aa  305  1.0000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.37 
 
 
441 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.09 
 
 
437 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52420  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.13 
 
 
440 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37650  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  41.33 
 
 
440 aa  305  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1673  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.78 
 
 
442 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.66 
 
 
430 aa  304  2.0000000000000002e-81  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3451  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.43 
 
 
476 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0499  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.43 
 
 
476 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.717124  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1760  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.68 
 
 
432 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1979  hypothetical protein  38.71 
 
 
448 aa  304  3.0000000000000004e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>