More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3832 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_3832  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
194 aa  398  9.999999999999999e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0028  Holliday junction DNA helicase  50.25 
 
 
199 aa  207  9e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.591728 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6947  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.79 
 
 
195 aa  207  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1652  Holliday junction DNA helicase RuvA  50 
 
 
193 aa  187  8e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4464  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.96 
 
 
196 aa  186  3e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.623837 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0310  Holliday junction DNA helicase RuvA  50 
 
 
194 aa  181  5.0000000000000004e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.966825  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01215  Holliday junction DNA helicase motor protein  46.91 
 
 
193 aa  173  9.999999999999999e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1446  hypothetical protein  43.81 
 
 
194 aa  173  1.9999999999999998e-42  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4502  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.95 
 
 
198 aa  168  5e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0811  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.89 
 
 
202 aa  146  2.0000000000000003e-34  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.11 
 
 
202 aa  141  5e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.8 
 
 
199 aa  137  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1437  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.41 
 
 
204 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000146819  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  41 
 
 
199 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  41 
 
 
199 aa  132  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.69 
 
 
200 aa  132  3e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.19 
 
 
200 aa  132  3e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.61 
 
 
199 aa  132  3.9999999999999996e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003923  holliday junction DNA helicase RuvA  35.61 
 
 
203 aa  128  6e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00197305  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2516  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.61 
 
 
197 aa  128  7.000000000000001e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.1 
 
 
202 aa  126  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.89 
 
 
208 aa  126  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0389  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.88 
 
 
200 aa  125  3e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174867  normal  0.0250824 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.36 
 
 
197 aa  125  3e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  39.22 
 
 
204 aa  125  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.36 
 
 
198 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02691  Holliday junction DNA helicase motor protein  38.35 
 
 
206 aa  124  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000921844  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.5 
 
 
200 aa  124  9e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0321  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.37 
 
 
203 aa  124  1e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.46 
 
 
200 aa  124  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.488567  normal  0.0220774 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1206  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.24 
 
 
200 aa  123  2e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000238701  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01600  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.16 
 
 
223 aa  122  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  38 
 
 
200 aa  122  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12850  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  37.24 
 
 
194 aa  121  5e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  36 
 
 
199 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.81 
 
 
199 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.63 
 
 
197 aa  119  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.11 
 
 
199 aa  119  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.95 
 
 
203 aa  119  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
203 aa  118  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2572  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.3 
 
 
205 aa  118  4.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0232474  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1699  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.56 
 
 
200 aa  118  6e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.81438  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1732  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.56 
 
 
200 aa  118  6e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.25398  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01557  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.27 
 
 
194 aa  117  7.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.214116  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2212  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.14 
 
 
204 aa  117  7.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.07 
 
 
201 aa  117  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3674  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.28 
 
 
205 aa  117  9.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000325951  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2945  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.58 
 
 
209 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.016551  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0112  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.73 
 
 
201 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.29 
 
 
201 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1416  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.53 
 
 
220 aa  116  1.9999999999999998e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.685038 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0527  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.18 
 
 
199 aa  116  1.9999999999999998e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.29 
 
 
201 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2720  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.06 
 
 
197 aa  116  3e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.93 
 
 
206 aa  115  3e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1840  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.78 
 
 
205 aa  115  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.175833 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.82 
 
 
205 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.82 
 
 
205 aa  115  5e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0709  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.51 
 
 
207 aa  114  7.999999999999999e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0528487  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3626  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.95 
 
 
198 aa  114  7.999999999999999e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0674583  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
205 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.82 
 
 
205 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.82 
 
 
205 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.8 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.8 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.8 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.3 
 
 
205 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_002620  TC0788  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.67 
 
 
200 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.128261  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.3 
 
 
205 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.3 
 
 
205 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.82 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.12 
 
 
202 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2363  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.82 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00132923  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.3 
 
 
205 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.82 
 
 
202 aa  112  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.69 
 
 
199 aa  112  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.69 
 
 
199 aa  112  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.82 
 
 
202 aa  112  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.44 
 
 
192 aa  112  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15070  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  33.67 
 
 
199 aa  112  3e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180586  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.92 
 
 
193 aa  112  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.67 
 
 
197 aa  111  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0684  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.51 
 
 
207 aa  111  6e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.801169  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.82 
 
 
205 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  36.59 
 
 
206 aa  111  8.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.07 
 
 
195 aa  110  9e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.18 
 
 
197 aa  110  9e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3126  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.53 
 
 
197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.735644  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12320  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.98 
 
 
194 aa  110  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0731595  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.82 
 
 
194 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.18 
 
 
197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0419  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.38 
 
 
194 aa  109  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2033  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.78 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00030841  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0390  Holliday junction DNA helicase RuvA  35 
 
 
200 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.303654  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2096  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.18 
 
 
196 aa  109  3e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2305  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.64 
 
 
196 aa  109  3e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.765847 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1344  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  35.29 
 
 
196 aa  109  3e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.151452  normal  0.533304 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2386  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  30.96 
 
 
200 aa  109  3e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2313  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.64 
 
 
196 aa  109  3e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>