118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0543 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0543  dihydroneopterin aldolase  100 
 
 
272 aa  530  1e-149  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.968612  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0510  dihydroneopterin aldolase  44.52 
 
 
300 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1861  dihydroneopterin aldolase  44.18 
 
 
300 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0647  dihydroneopterin aldolase  43.84 
 
 
311 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.159144 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2728  dihydroneopterin aldolase, putative  43.41 
 
 
312 aa  173  2.9999999999999996e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2399  putative dihydroneopterin aldolase  44.31 
 
 
283 aa  167  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.923958 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2307  dihydroneopterin aldolase  43.41 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2396  hypothetical protein  34.88 
 
 
396 aa  75.5  0.0000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6328  dihydroneopterin aldolase  39.47 
 
 
163 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.900731  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2365  dihydroneopterin aldolase  38.6 
 
 
134 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2979  dihydroneopterin aldolase  38.6 
 
 
134 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2999  dihydroneopterin aldolase  38.6 
 
 
134 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3026  dihydroneopterin aldolase  38.6 
 
 
134 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2889  dihydroneopterin aldolase  38.6 
 
 
134 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2974  dihydroneopterin aldolase  37.72 
 
 
134 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0553  dihydroneopterin aldolase  38.61 
 
 
133 aa  60.1  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.820267 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0520  dihydroneopterin aldolase  35.96 
 
 
143 aa  57  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.329592  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0291  dihydroneopterin aldolase  35.96 
 
 
139 aa  57  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0329  dihydroneopterin aldolase  33.06 
 
 
126 aa  56.6  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3382  dihydroneopterin aldolase  35.96 
 
 
134 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000214266  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2219  dihydroneopterin aldolase family protein  30.7 
 
 
139 aa  55.8  0.0000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.413357  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3055  dihydroneopterin aldolase  35.96 
 
 
134 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.379291  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2038  dihydroneopterin aldolase  35.96 
 
 
134 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.617324  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0328  dihydroneopterin aldolase  35.96 
 
 
134 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0341  dihydroneopterin aldolase  35.96 
 
 
134 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0123637  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2246  dihydroneopterin aldolase  35.96 
 
 
134 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.870734  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5236  dihydroneopterin aldolase  32.77 
 
 
120 aa  55.8  0.0000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000922875 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2481  dihydroneopterin aldolase  33.33 
 
 
143 aa  55.1  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0544073  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2381  dihydroneopterin aldolase  34.78 
 
 
120 aa  54.7  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1046  dihydroneopterin aldolase  27.83 
 
 
121 aa  54.7  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0337595  normal  0.538227 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2913  dihydroneopterin aldolase  38.46 
 
 
133 aa  54.3  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0873326 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0080  dihydroneopterin aldolase  31.93 
 
 
120 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.884777  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3577  dihydroneopterin aldolase  33.61 
 
 
397 aa  53.9  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0954558  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2277  dihydroneopterin aldolase  31.43 
 
 
135 aa  53.5  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0183  dihydroneopterin aldolase  31.62 
 
 
132 aa  53.1  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.626056 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46950  Dihydroneopterin aldolase  30.84 
 
 
117 aa  52.8  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0050  hypothetical protein  30.09 
 
 
132 aa  52.4  0.000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.370588 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0072  dihydroneopterin aldolase  31.09 
 
 
120 aa  51.6  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0068  dihydroneopterin aldolase  31.09 
 
 
120 aa  51.6  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0068  dihydroneopterin aldolase  31.09 
 
 
120 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0226  dihydroneopterin aldolase  31.48 
 
 
133 aa  51.6  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.476731  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0072  dihydroneopterin aldolase  31.09 
 
 
120 aa  51.6  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0193  dihydroneopterin aldolase  30.91 
 
 
121 aa  52  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.600595  normal  0.861328 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0084  dihydroneopterin aldolase  31.09 
 
 
120 aa  52  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.940735  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0081  dihydroneopterin aldolase  31.09 
 
 
120 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000108398 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0172  dihydroneopterin aldolase  29.2 
 
 
117 aa  51.2  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0115  dihydroneopterin aldolase  34.55 
 
 
132 aa  51.2  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379308  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0047  dihydroneopterin aldolase  29.2 
 
 
132 aa  50.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0157  hypothetical protein  29.2 
 
 
130 aa  50.4  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2063  dihydroneopterin aldolase  31.78 
 
 
119 aa  50.4  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.424168  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0620  dihydroneopterin aldolase  26.05 
 
 
121 aa  50.4  0.00003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1994  dihydroneopterin aldolase  29.82 
 
 
131 aa  50.1  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32060  dihydroneopterin aldolase/2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  34.94 
 
 
1211 aa  50.8  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0068  dihydroneopterin aldolase  31.09 
 
 
120 aa  50.8  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0102  dihydroneopterin aldolase  31.03 
 
 
132 aa  50.4  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000152053 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2893  dihydroneopterin aldolase  29.2 
 
 
130 aa  50.4  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0147229 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4974  2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  30.83 
 
 
310 aa  50.1  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.21423  normal  0.895367 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3529  dihydroneopterin aldolase  33.33 
 
 
145 aa  50.1  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.959626  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2101  2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  26.83 
 
 
841 aa  50.1  0.00004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4785  dihydroneopterin aldolase  33.61 
 
 
144 aa  49.7  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0888028  normal  0.076763 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0630  2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridin epyrophosphokinase  34.02 
 
 
525 aa  49.3  0.00006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00284446  normal  0.33156 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0071  dihydroneopterin aldolase  30.25 
 
 
120 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1880  2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  26.47 
 
 
276 aa  48.5  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00242746  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0507  dihydroneopterin aldolase  28.7 
 
 
137 aa  48.5  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.25632  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1882  2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  31.43 
 
 
292 aa  47.8  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.586042  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4340  dihydroneopterin aldolase  27.62 
 
 
123 aa  47.8  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0534  dihydroneopterin aldolase  28.32 
 
 
116 aa  47.8  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0039  dihydroneopterin aldolase family protein  28.45 
 
 
125 aa  47  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3410  bifunctional dihydroneopterin aldolase/dihydroneopterin triphosphate 2'-epimerase  30.12 
 
 
117 aa  47  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0269444  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0068  dihydroneopterin aldolase  32.38 
 
 
120 aa  47.4  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0512  dihydroneopterin aldolase  40 
 
 
125 aa  47  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0205  dihydroneopterin aldolase  27.59 
 
 
131 aa  46.6  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6217  dihydroneopterin aldolase  31 
 
 
123 aa  46.6  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1159  dihydroneopterin aldolase  26.17 
 
 
117 aa  46.6  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000272925  normal  0.0363413 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1462  Haloacid dehalogenase domain protein hydrolase  32.46 
 
 
330 aa  46.2  0.0005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3731  dihydroneopterin aldolase  28.95 
 
 
131 aa  46.6  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0030825  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1812  dihydroneopterin aldolase  26.32 
 
 
120 aa  45.8  0.0007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00109072  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1277  dihydroneopterin aldolase/ 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  31.33 
 
 
273 aa  45.8  0.0007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00023315  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1099  dihydroneopterin aldolase/ 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  31.33 
 
 
273 aa  45.8  0.0007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00662254  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2902  dihydroneopterin aldolase  23.36 
 
 
116 aa  45.8  0.0007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000233829  normal  0.020478 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2984  dihydroneopterin aldolase  23.36 
 
 
116 aa  45.8  0.0007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00408374  normal  0.160574 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1078  dihydroneopterin aldolase  26.09 
 
 
117 aa  45.8  0.0007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.130702  normal  0.0492639 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0208  2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  29.77 
 
 
333 aa  45.8  0.0008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0493459 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3569  bifunctional dihydroneopterin aldolase/dihydroneopterin triphosphate 2'-epimerase  28.92 
 
 
117 aa  45.4  0.0009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0611141  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1291  dihydroneopterin aldolase  23.36 
 
 
116 aa  45.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0965  dihydroneopterin aldolase  31.13 
 
 
128 aa  45.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1300  D-erythro-7,8-dihydroneopterin triphosphate 2'-epimerase  30.3 
 
 
129 aa  45.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2345  dihydroneopterin aldolase  28.93 
 
 
118 aa  45.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2984  2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  32.99 
 
 
612 aa  45.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.261755  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0558  bifunctional dihydroneopterin aldolase/dihydroneopterin triphosphate 2'-epimerase  28.57 
 
 
119 aa  44.7  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000172177  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4295  bifunctional dihydroneopterin aldolase/dihydroneopterin triphosphate 2'-epimerase  27.36 
 
 
119 aa  45.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00183631  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0298  bifunctional dihydroneopterin aldolase/dihydroneopterin triphosphate 2'-epimerase  28.57 
 
 
119 aa  44.7  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00167375  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0639  bifunctional dihydroneopterin aldolase/dihydroneopterin triphosphate 2'-epimerase  28.57 
 
 
119 aa  44.7  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00488961  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2328  dihydroneopterin aldolase  28.32 
 
 
124 aa  44.3  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00313661  normal  0.014777 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1208  dihydroneopterin aldolase  29.57 
 
 
140 aa  44.3  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3081  dihydroneopterin aldolase  23.36 
 
 
116 aa  44.7  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00105376  hitchhiker  0.0000749041 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0828  dihydroneopterin aldolase  28.57 
 
 
117 aa  44.7  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0250396  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0517  2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  27.88 
 
 
291 aa  44.3  0.002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.200312  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0116  dihydroneopterin aldolase  24.74 
 
 
117 aa  44.3  0.002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0794  dihydroneopterin aldolase  28.3 
 
 
120 aa  44.3  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.19787  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>