80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2408 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2408  urease accessory protein UreD  100 
 
 		 256 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.815614  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2195  urease accessory protein UreD  83.2 
 
 		 285 aa  435  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00406195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1138  Urease accessory protein UreD  33.33 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6187  urease accessory protein UreD  34.22 
 
 		 278 aa  113  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1199  urease accessory protein UreD  33.71 
 
 		 294 aa  109  5e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.163861 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1359  Urease accessory protein UreD  32.95 
 
 		 294 aa  109  5e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.500344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1964  putative urease accessory protein ureD  31.8 
 
 		 280 aa  99.4  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2718  urease accessory protein UreD  28.4 
 
 		 308 aa  95.9  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.274036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2062  Urease accessory protein UreD  30.04 
 
 		 315 aa  91.3  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000769283  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1555  Urease accessory protein UreD  30.68 
 
 		 315 aa  89.7  4e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1318  urease accessory protein UreD  23.46 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1362  urease accessory protein UreD  23.05 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1024  urease accessory protein UreD  32.07 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.297216 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1238  urease accessory protein UreD  28.96 
 
 		 329 aa  72.4  0.000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4414  Urease accessory protein UreD  24.7 
 
 		 260 aa  70.5  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0181  urease accessory protein UreD  29.78 
 
 		 293 aa  68.9  0.00000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.31708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1137  urease accessory protein UreD  22.69 
 
 		 321 aa  68.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4154  urease accessory protein UreD  33.68 
 
 		 289 aa  68.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1083  urease accessory protein UreD  22.69 
 
 		 321 aa  68.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4440  putative urease accessory protein ureD  27.2 
 
 		 286 aa  67.4  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0749  urease accessory protein UreD  24.6 
 
 		 279 aa  65.9  0.0000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0991  urease accessory protein UreD  27.27 
 
 		 289 aa  65.9  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.271998  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3658  urease accessory protein UreD  21.94 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7013  putative urease accessory protein UreD  31.37 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3486  urease accessory protein  30.61 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5120  Urease accessory protein UreD  22.04 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.827882 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1092  urease accessory protein UreD  28.51 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1463  Urease accessory protein UreD  23.29 
 
 		 311 aa  58.9  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1301  urease accessory protein UreD  23.29 
 
 		 311 aa  58.9  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4890  urease accessory protein UreD  29.2 
 
 		 281 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2883  urease accessory protein UreD  27.65 
 
 		 296 aa  58.5  0.00000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2414  urease accessory protein UreD  28.25 
 
 		 277 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0696  urease accessory protein UreD  34.85 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2273  Urease accessory protein UreD  28.57 
 
 		 284 aa  57.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2680  urease accessory protein UreD  27.96 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0059  Urease accessory protein UreD  25.59 
 
 		 271 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.33184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3376  urease accessory protein UreD  28.02 
 
 		 276 aa  55.8  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3313  Urease accessory protein UreD  26.58 
 
 		 273 aa  55.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2938  urease accessory protein UreD  27.83 
 
 		 277 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1212  urease accessory protein UreD  31.78 
 
 		 279 aa  54.7  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1082  urease accessory protein UreD  27.11 
 
 		 276 aa  53.9  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3057  Urease accessory protein UreD  26.01 
 
 		 273 aa  53.1  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.351777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2847  urease accessory protein UreD  31 
 
 		 278 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1414  urease accessory protein UreD  25.99 
 
 		 276 aa  53.1  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.421382 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4431  urease accessory protein UreD  28.07 
 
 		 281 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.645112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1186  urease accessory protein UreD  32.35 
 
 		 305 aa  52  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3505  urease accessory protein UreD  26.92 
 
 		 283 aa  51.6  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.490284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2014  Urease accessory protein UreD  28.17 
 
 		 282 aa  51.6  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5585  urease accessory protein  28.89 
 
 		 280 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.244983  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64335  urease accessory protein  28.89 
 
 		 280 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.164957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3622  urease accessory protein UreD  25.89 
 
 		 279 aa  50.8  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.768941 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09910  Urease accessory protein UreD  31.01 
 
 		 279 aa  50.4  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.930917  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1004  urease accessory protein UreD  26.87 
 
 		 276 aa  50.1  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3463  urease accessory protein UreD  25.42 
 
 		 274 aa  50.1  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000478315  normal  0.195729 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1683  urease accessory protein UreD  25.51 
 
 		 273 aa  49.3  0.00006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.673499  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2842  urease accessory protein UreD  29 
 
 		 277 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1799  urease accessory protein UreD  25.45 
 
 		 279 aa  49.3  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.307359 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0683  urease accessory protein UreD  22.6 
 
 		 274 aa  48.9  0.00007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0742  UreD-family accessory protein  28.79 
 
 		 341 aa  48.5  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.16649 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2389  urease accessory protein UreD  27.43 
 
 		 277 aa  48.5  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.274527 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0331  urease accessory protein UreD  27.81 
 
 		 283 aa  48.5  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3697  urease accessory protein UreD  29.25 
 
 		 277 aa  48.5  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0585  urease accessory protein UreD  31.3 
 
 		 279 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1390  urease accessory protein UreD  26.11 
 
 		 276 aa  47  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.469833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3308  urease accessory protein UreD  25.56 
 
 		 270 aa  46.2  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0886683  normal  0.364033 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1707  Urease accessory protein UreD  29.59 
 
 		 286 aa  46.2  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605089 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1197  urease accessory protein UreD  29.21 
 
 		 301 aa  45.8  0.0006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.294974  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1865  Urease accessory protein UreD  25 
 
 		 295 aa  45.8  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.479381 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0397  Urease accessory protein UreD  28.16 
 
 		 280 aa  45.4  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.585213  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0953  urease accessory protein UreD  27.7 
 
 		 312 aa  45.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2188  Urease accessory protein UreD  25 
 
 		 295 aa  45.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2455  urease accessory protein UreD  25.91 
 
 		 287 aa  44.3  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0984  urease accessory protein UreD  27.84 
 
 		 275 aa  44.3  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.130155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1430  urease accessory protein UreD  29.21 
 
 		 288 aa  43.5  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0977  Urease accessory protein UreD  33.98 
 
 		 298 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.822448  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0281  urease accessory protein UreD  27.27 
 
 		 280 aa  42.7  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.171639  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0267  urease accessory protein UreD  27.27 
 
 		 280 aa  42.7  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.628784  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0957  urease accessory protein UreD  23.66 
 
 		 293 aa  42.7  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0865404  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03480  urease accessory protein UreH  24.27 
 
 		 284 aa  42.4  0.007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2767  Urease accessory protein UreD  22.46 
 
 		 271 aa  42.4  0.008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>