73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_R0024 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0008  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0909337  hitchhiker  0.00840657 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0004  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 96 bp  60  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.489896  normal  0.220427 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0042  tRNA-Ser  83.13 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0070  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0046  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00798672  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0023  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0020  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.178349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0026  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.580647  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0038  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 95 bp  50.1  0.00009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000026023  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0010  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0061  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0952351  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0027  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.896039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0059  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4306  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309348  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00366383 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2775  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0559618  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1128  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.93394e-25 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1195  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4663  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000383735  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2147  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.478396 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1150  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.14508  normal  0.321314 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1045  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.395551  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.520358 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0043  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0038  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64209  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0047  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0056  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000159077  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0058  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0065  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0269499  hitchhiker  0.0000672663 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.232156  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00023  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.115823  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5026  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747875  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0030  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.305018  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0022  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000743808  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0100  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 96 bp  44.1  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.170842  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0054  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0731881 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28090  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0034  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.248772  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0013  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0024  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000896566  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0001  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000971993  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>