299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_R0028 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  93.85 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0006  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0031  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0020  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0817304 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0022  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0045  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00898673  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0024  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0018  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0239908  hitchhiker  0.00100418 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0037  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000145223 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0033  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0033  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0028  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00528012  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0024  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00143112  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0041  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.747779  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2016  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2167  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000148422  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2240  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.475399  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.394889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.480879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00902576 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0800  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000572817  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0047  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.0740493 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>