264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_R0038 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0822  tRNA-Ser  90.28 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  90.28 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0059  tRNA-Ser  90.28 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.98639 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01508  tRNA-Ser  89.71 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t40  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA47  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.276282 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0044  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0037  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182504  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0008  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0033  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341382  normal  0.773631 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0044  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.454359  normal  0.450062 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0039  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0009  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4306  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0165  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0070  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0010  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0008  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  86.76 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  86.76 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  86.76 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0027  tRNA-Ser  88.14 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233684  normal  0.0829519 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0006  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000844947  hitchhiker  0.0000061408 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0013  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.694217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0015  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0097  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0107664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  83.13 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0005  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 95 bp  54  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000565734  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309256  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.123875 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.303536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t16  tRNA-Ser  100 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0041  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.368592 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 96 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.32167  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0056  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0001  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000971993  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309347  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00233561 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.743762  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0054  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.582085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>