More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0403 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  600  1.0000000000000001e-171  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  71.19 
 
 		 303 aa  417  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4269  LysR family transcriptional regulator  67.47 
 
 		 297 aa  399  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3307  transcriptional regulator, LysR family  65.75 
 
 		 294 aa  382  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273694  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0733  LysR family transcriptional regulator  65.07 
 
 		 323 aa  370  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4987  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 295 aa  240  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5874  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4415  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 299 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0267331 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4934  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 299 aa  229  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6661  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6426  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4774  LysR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 296 aa  223  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6259  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5279  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6070  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 		 299 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5412  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2722  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 304 aa  211  9e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2364  transcriptional regulator, LysR family  43.11 
 
 		 314 aa  206  4e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0308026 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2089  LysR substrate-binding  43.11 
 
 		 314 aa  206  5e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127405 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0258  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 293 aa  199  6e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 321 aa  195  1e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3000  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 317 aa  186  5e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2615  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.138805  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  41.72 
 
 		 296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 318 aa  174  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.75 
 
 		 300 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4445  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.528712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6901  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  37.59 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4952  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3208  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 326 aa  163  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 294 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.36 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4031  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 293 aa  161  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.252627  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 		 320 aa  160  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 314 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 334 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1259  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 288 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2723  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 		 322 aa  156  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 		 294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 303 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.92 
 
 		 329 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.92 
 
 		 329 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.92 
 
 		 329 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 297 aa  155  6e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 		 321 aa  155  6e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 297 aa  155  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1265  putative transcriptional regulator  38.01 
 
 		 298 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.69 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 		 321 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3637  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.360851 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3881  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 311 aa  153  4e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 322 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 309 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>