More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_2068 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_2068  cysteinyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 469 aa  959    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.742832 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31750  cysteinyl-tRNA synthetase  65.25 
 
 		 477 aa  598  1e-170  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.443609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0780  cysteinyl-tRNA synthetase  60.47 
 
 		 474 aa  574  1.0000000000000001e-163  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.934407  normal  0.176113 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2953  cysteinyl-tRNA synthetase  60.96 
 
 		 480 aa  550  1e-155  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0671  cysteinyl-tRNA synthetase  63.48 
 
 		 481 aa  546  1e-154  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.590475  hitchhiker  0.000900008 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0654  cysteinyl-tRNA synthetase  56.9 
 
 		 467 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0512859  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0711  cysteinyl-tRNA synthetase  53.4 
 
 		 465 aa  492  9.999999999999999e-139  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.848323  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0911  cysteinyl-tRNA synthetase  55.81 
 
 		 471 aa  490  1e-137  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.741601  normal  0.0529443 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0973  cysteinyl-tRNA synthetase  54.04 
 
 		 463 aa  487  1e-136  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.110281  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0329  cysteine--tRNA ligase  48.29 
 
 		 588 aa  488  1e-136  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.608913 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1048  cysteinyl-tRNA synthetase  50.1 
 
 		 549 aa  486  1e-136  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4314  cysteinyl-tRNA synthetase  53.18 
 
 		 467 aa  488  1e-136  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.951692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4659  cysteinyl-tRNA synthetase  53.16 
 
 		 471 aa  482  1e-135  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.998007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0730  cysteinyl-tRNA synthetase  54.51 
 
 		 487 aa  479  1e-134  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.236803  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35130  cysteinyl-tRNA synthetase  52.13 
 
 		 459 aa  478  1e-133  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.782995 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0970  Cysteine--tRNA ligase  52.85 
 
 		 465 aa  476  1e-133  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0506  cysteinyl-tRNA synthetase  52.74 
 
 		 464 aa  475  1e-133  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.630345 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03760  cysteinyl-tRNA synthetase  54.79 
 
 		 500 aa  474  1e-132  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0729069 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4925  cysteinyl-tRNA synthetase  52.74 
 
 		 473 aa  472  1e-132  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0212  cysteinyl-tRNA synthetase  52.97 
 
 		 466 aa  470  1.0000000000000001e-131  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4222  cysteinyl-tRNA synthetase  53.38 
 
 		 471 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.926894 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0855  cysteinyl-tRNA synthetase  52.86 
 
 		 488 aa  469  1.0000000000000001e-131  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0605  cysteinyl-tRNA synthetase  52.97 
 
 		 465 aa  465  9.999999999999999e-131  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.444417  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03790  cysteinyl-tRNA synthetase  52.14 
 
 		 485 aa  465  9.999999999999999e-131  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.100441  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4021  cysteinyl-tRNA synthetase  51.26 
 
 		 471 aa  466  9.999999999999999e-131  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163649  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12690  cysteinyl-tRNA synthetase  55.23 
 
 		 481 aa  461  9.999999999999999e-129  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0360  cysteinyl-tRNA synthetase  51.59 
 
 		 464 aa  457  1e-127  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8151  cysteinyl-tRNA synthetase  51.26 
 
 		 470 aa  451  1e-125  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0354  cysteinyl-tRNA synthetase  50 
 
 		 480 aa  447  1.0000000000000001e-124  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4737  cysteinyl-tRNA synthetase  51.5 
 
 		 481 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.343923  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5123  cysteinyl-tRNA synthetase  51.5 
 
 		 481 aa  448  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.642853  normal  0.372364 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4823  cysteinyl-tRNA synthetase  51.5 
 
 		 481 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13613  cysteinyl-tRNA synthetase  50.43 
 
 		 469 aa  438  9.999999999999999e-123  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.324359 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5338  cysteinyl-tRNA synthetase  51.07 
 
 		 463 aa  433  1e-120  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1446  cysteinyl-tRNA synthetase  50.53 
 
 		 467 aa  425  1e-118  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.5503  normal  0.424387 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0082  cysteinyl-tRNA synthetase  49.79 
 
 		 469 aa  412  1e-114  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0366  cysteinyl-tRNA synthetase  45.03 
 
 		 506 aa  402  1e-111  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0158714  hitchhiker  0.00296969 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4251  cysteinyl-tRNA synthetase  43.23 
 
 		 524 aa  395  1e-108  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0404  cysteinyl-tRNA synthetase  41.02 
 
 		 487 aa  370  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.751484  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0100  cysteinyl-tRNA synthetase  41.51 
 
 		 481 aa  368  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0057  cysteinyl-tRNA synthetase  41.39 
 
 		 485 aa  364  2e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0031  cysteinyl-tRNA synthetase  42.45 
 
 		 493 aa  364  2e-99  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.173028  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0530  cysteinyl-tRNA synthetase  40 
 
 		 460 aa  361  2e-98  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.474927  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3116  cysteinyl-tRNA synthetase  40.25 
 
 		 459 aa  361  2e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000569576  decreased coverage  0.000000405781 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2664  cysteinyl-tRNA synthetase  44.52 
 
 		 451 aa  360  4e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2571  cysteinyl-tRNA synthetase  42.16 
 
 		 461 aa  358  8e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00897166  hitchhiker  0.0000307026 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0403  cysteinyl-tRNA synthetase  41.42 
 
 		 474 aa  358  1.9999999999999998e-97  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00611212  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1666  cysteinyl-tRNA synthetase  39.75 
 
 		 458 aa  357  2.9999999999999997e-97  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.226197  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1271  cysteinyl-tRNA synthetase  41.08 
 
 		 456 aa  356  5.999999999999999e-97  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2511  cysteinyl-tRNA synthetase  39.91 
 
 		 459 aa  356  5.999999999999999e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000706228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3152  cysteinyl-tRNA synthetase  41.58 
 
 		 461 aa  356  5.999999999999999e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00287269  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1270  cysteinyl-tRNA synthetase  40.65 
 
 		 456 aa  353  2.9999999999999997e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0086  cysteinyl-tRNA synthetase  40.55 
 
 		 466 aa  353  2.9999999999999997e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0571  cysteinyl-tRNA synthetase  43.25 
 
 		 461 aa  353  4e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000388833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3014  cysteinyl-tRNA synthetase  41.15 
 
 		 461 aa  353  5e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000439481  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1278  cysteinyl-tRNA synthetase  41.15 
 
 		 461 aa  353  5e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1538  cysteinyl-tRNA synthetase  39.66 
 
 		 459 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.205032  hitchhiker  0.0027552 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0645  cysteinyl-tRNA synthetase  42.98 
 
 		 461 aa  352  5.9999999999999994e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0590  cysteinyl-tRNA synthetase  42.98 
 
 		 461 aa  352  5.9999999999999994e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00144184  normal  0.0627987 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0107  cysteinyl-tRNA synthetase  42.74 
 
 		 459 aa  352  5.9999999999999994e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0582  cysteinyl-tRNA synthetase  42.98 
 
 		 461 aa  352  5.9999999999999994e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.193345 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0585  cysteinyl-tRNA synthetase  42.98 
 
 		 461 aa  352  5.9999999999999994e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0307581  normal  0.380825 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003837  cysteinyl-tRNA synthetase  41.4 
 
 		 460 aa  352  7e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000455216  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0242  cysteinyl-tRNA synthetase  39.87 
 
 		 459 aa  352  8.999999999999999e-96  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0509  cysteinyl-tRNA synthetase  41.77 
 
 		 465 aa  351  1e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2184  cysteinyl-tRNA synthetase  41.11 
 
 		 461 aa  352  1e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.261095 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00476  cysteinyl-tRNA synthetase  43.04 
 
 		 461 aa  351  2e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0063567  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3087  cysteinyl-tRNA synthetase  43.04 
 
 		 461 aa  351  2e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000869328  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00481  hypothetical protein  43.04 
 
 		 461 aa  351  2e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0114278  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1439  cysteinyl-tRNA synthetase  41.3 
 
 		 459 aa  351  2e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326973  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0566  cysteinyl-tRNA synthetase  43.04 
 
 		 461 aa  351  2e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000638742  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0627  cysteinyl-tRNA synthetase  43.04 
 
 		 461 aa  351  2e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0130875  normal  0.589324 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3096  cysteinyl-tRNA synthetase  43.04 
 
 		 461 aa  351  2e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0232678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  39.27 
 
 		 459 aa  351  2e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000158827  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2753  cysteinyl-tRNA synthetase  39.78 
 
 		 459 aa  350  2e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000279239  normal  0.0782158 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2566  cysteinyl-tRNA synthetase  39.61 
 
 		 461 aa  351  2e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000164638  normal  0.0688617 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0601  cysteinyl-tRNA synthetase  43.04 
 
 		 461 aa  351  2e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000694006  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2664  cysteinyl-tRNA synthetase  39.83 
 
 		 461 aa  350  2e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000406523  normal  0.136129 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1487  cysteinyl-tRNA synthetase  40.47 
 
 		 461 aa  350  3e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000012906  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0583  cysteinyl-tRNA synthetase  43.19 
 
 		 461 aa  350  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000237473  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  39.4 
 
 		 461 aa  350  3e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000973737  normal  0.0233858 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0448  cysteinyl-tRNA synthetase  42.83 
 
 		 461 aa  349  5e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000245002  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1810  cysteinyl-tRNA synthetase  41.93 
 
 		 485 aa  349  5e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0706644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0193  cysteinyl-tRNA synthetase  39.51 
 
 		 486 aa  349  6e-95  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1624  cysteinyl-tRNA synthetase  39.57 
 
 		 459 aa  349  7e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000105095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1590  cysteinyl-tRNA synthetase  39.57 
 
 		 459 aa  349  8e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000784367  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1791  cysteinyl-tRNA synthetase  39.78 
 
 		 459 aa  348  1e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01842  cysteinyl-tRNA synthetase  41.53 
 
 		 460 aa  348  1e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3365  cysteinyl-tRNA synthetase  40.21 
 
 		 481 aa  347  2e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2786  cysteinyl-tRNA synthetase  40.97 
 
 		 460 aa  348  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.401544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2684  cysteinyl-tRNA synthetase  40.17 
 
 		 459 aa  348  2e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000025745  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1221  cysteinyl-tRNA synthetase  39.79 
 
 		 459 aa  348  2e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000543718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1881  cysteinyl-tRNA synthetase  41.98 
 
 		 464 aa  347  3e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1554  cysteinyl-tRNA synthetase  41.1 
 
 		 485 aa  347  3e-94  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2878  cysteinyl-tRNA synthetase  40.63 
 
 		 460 aa  346  5e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.846571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0482  cysteinyl-tRNA synthetase  42.09 
 
 		 485 aa  346  5e-94  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00357659 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1601  cysteinyl-tRNA synthetase  39.35 
 
 		 459 aa  346  5e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000105927  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2110  cysteinyl-tRNA synthetase  39.45 
 
 		 460 aa  346  6e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000230638 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2905  cysteinyl-tRNA synthetase  40.42 
 
 		 460 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1166  cysteinyl-tRNA synthetase  40.72 
 
 		 461 aa  345  1e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00193068  normal  0.0129624 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>