More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1349 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1349  tryptophan synthase, beta subunit  100 
 
 		 397 aa  813    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000106047 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1412  tryptophan synthase subunit beta  63.82 
 
 		 394 aa  522  1e-147  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00140909  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1864  tryptophan synthase subunit beta  63.31 
 
 		 391 aa  515  1.0000000000000001e-145  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1176  tryptophan synthase subunit beta  62.63 
 
 		 395 aa  513  1e-144  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.833361  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2939  tryptophan synthase subunit beta  61.07 
 
 		 387 aa  503  1e-141  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1440  tryptophan synthase subunit beta  61.98 
 
 		 386 aa  501  1e-141  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000281264  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1208  tryptophan synthase subunit beta  61.68 
 
 		 393 aa  498  1e-140  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3218  tryptophan synthase subunit beta  60.47 
 
 		 394 aa  498  1e-140  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0245  tryptophan synthase subunit beta  61.32 
 
 		 394 aa  494  1e-139  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1120  tryptophan synthase subunit beta  59.79 
 
 		 389 aa  491  9.999999999999999e-139  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0591  tryptophan synthase subunit beta  60.53 
 
 		 394 aa  488  1e-137  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.283769  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1656  tryptophan synthase subunit beta  60 
 
 		 394 aa  489  1e-137  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.483015  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2128  tryptophan synthase, beta subunit  58.66 
 
 		 394 aa  490  1e-137  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2726  tryptophan synthase subunit beta  57.97 
 
 		 409 aa  488  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.521455  normal  0.616105 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0810  tryptophan synthase subunit beta  58.16 
 
 		 406 aa  487  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0328  tryptophan synthase subunit beta  60.26 
 
 		 394 aa  486  1e-136  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1291  tryptophan synthase subunit beta  57.83 
 
 		 397 aa  485  1e-136  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2876  tryptophan synthase subunit beta  61.58 
 
 		 414 aa  486  1e-136  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11310  tryptophan synthase subunit beta  60.37 
 
 		 398 aa  484  1e-135  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000000215917  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1749  tryptophan synthase subunit beta  58.82 
 
 		 413 aa  483  1e-135  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1776  tryptophan synthase subunit beta  59.08 
 
 		 413 aa  483  1e-135  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1549  tryptophan synthase subunit beta  58.4 
 
 		 401 aa  482  1e-135  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2110  tryptophan synthase subunit beta  57.14 
 
 		 406 aa  481  1e-134  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0459587  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1911  tryptophan synthase subunit beta  57.99 
 
 		 413 aa  481  1e-134  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.124597 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1249  tryptophan synthase, beta subunit  58.31 
 
 		 409 aa  481  1e-134  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00450  tryptophan synthase subunit beta  57.03 
 
 		 402 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.236429 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2026  tryptophan synthase subunit beta  56.89 
 
 		 422 aa  479  1e-134  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00854562  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1693  tryptophan synthase subunit beta  57.47 
 
 		 405 aa  479  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738848  hitchhiker  0.000000703836 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1211  tryptophan synthase subunit beta  57.91 
 
 		 396 aa  479  1e-134  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1361  tryptophan synthase subunit beta  58.85 
 
 		 397 aa  474  1e-133  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2125  tryptophan synthase subunit beta  56.68 
 
 		 397 aa  476  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  decreased coverage  0.00480263 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2511  tryptophan synthase subunit beta  57.47 
 
 		 413 aa  474  1e-133  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2143  tryptophan synthase subunit beta  57.73 
 
 		 420 aa  476  1e-133  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0206171  normal  0.237473 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3843  tryptophan synthase subunit beta  58.14 
 
 		 394 aa  478  1e-133  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1727  tryptophan synthase subunit beta  57.47 
 
 		 399 aa  476  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.476833  hitchhiker  0.00551797 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2237  tryptophan synthase subunit beta  60.95 
 
 		 440 aa  476  1e-133  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3288  tryptophan synthase subunit beta  56.96 
 
 		 397 aa  476  1e-133  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000135451  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1253  tryptophan synthase subunit beta  57.99 
 
 		 409 aa  477  1e-133  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500519  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0038  tryptophan synthase subunit beta  57.03 
 
 		 402 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.206234  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0071  tryptophan synthase subunit beta  57.7 
 
 		 411 aa  476  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2069  tryptophan synthase subunit beta  57.47 
 
 		 399 aa  476  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.166636  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2495  tryptophan synthase subunit beta  56.96 
 
 		 405 aa  474  1e-132  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1983  tryptophan synthase subunit beta  56.68 
 
 		 403 aa  471  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00755336 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1135  tryptophan synthase subunit beta  58.33 
 
 		 397 aa  473  1e-132  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1721  tryptophan synthase subunit beta  56.93 
 
 		 397 aa  472  1e-132  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1398  tryptophan synthase subunit beta  58.33 
 
 		 397 aa  474  1e-132  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.369323  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4622  tryptophan synthase subunit beta  56.68 
 
 		 397 aa  472  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0769  tryptophan synthase subunit beta  56.93 
 
 		 397 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0103  tryptophan synthase subunit beta  56.01 
 
 		 410 aa  471  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2482  tryptophan synthase subunit beta  56.7 
 
 		 396 aa  472  1e-132  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1328  tryptophan synthase subunit beta  58.66 
 
 		 404 aa  473  1e-132  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.000691779  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4048  tryptophan synthase subunit beta  58.59 
 
 		 397 aa  473  1e-132  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2272  tryptophan synthase subunit beta  55.93 
 
 		 413 aa  472  1e-132  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0535171 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1236  tryptophan synthase subunit beta  55.93 
 
 		 411 aa  473  1e-132  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.617865  normal  0.527603 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1858  tryptophan synthase subunit beta  56.93 
 
 		 397 aa  472  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.308005  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3348  tryptophan synthase subunit beta  56.93 
 
 		 397 aa  473  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0451347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2445  tryptophan synthase subunit beta  56.93 
 
 		 397 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.844513  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1451  tryptophan synthase subunit beta  57.4 
 
 		 414 aa  473  1e-132  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1149  tryptophan synthase subunit beta  58.33 
 
 		 397 aa  473  1e-132  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3321  tryptophan synthase subunit beta  57.22 
 
 		 396 aa  472  1e-132  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000386703  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0529  tryptophan synthase subunit beta  56.93 
 
 		 397 aa  472  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1649  tryptophan synthase subunit beta  56.93 
 
 		 397 aa  472  1e-132  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2307  tryptophan synthase subunit beta  56.68 
 
 		 397 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4374  tryptophan synthase subunit beta  56.68 
 
 		 397 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1161  tryptophan synthase subunit beta  57.81 
 
 		 397 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1141  tryptophan synthase subunit beta  57.81 
 
 		 397 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0101  tryptophan synthase subunit beta  56.22 
 
 		 405 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.500434  hitchhiker  0.000655179 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3853  tryptophan synthase subunit beta  56.42 
 
 		 397 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0803  tryptophan synthase subunit beta  56.96 
 
 		 401 aa  470  1.0000000000000001e-131  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.118728  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1253  tryptophan synthase subunit beta  57.81 
 
 		 397 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3427  tryptophan synthase subunit beta  58.7 
 
 		 408 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.76011  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0679  tryptophan synthase subunit beta  56.68 
 
 		 397 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.614528  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4724  tryptophan synthase subunit beta  56.59 
 
 		 411 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.319994 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_32688  predicted protein  58.38 
 
 		 417 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0289228  normal  0.0344017 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4409  tryptophan synthase subunit beta  56.42 
 
 		 397 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0581  tryptophan synthase subunit beta  57.47 
 
 		 409 aa  469  1.0000000000000001e-131  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1668  tryptophan synthase subunit beta  59.21 
 
 		 404 aa  468  1.0000000000000001e-131  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000103564  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3958  tryptophan synthase subunit beta  56.42 
 
 		 397 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1296  tryptophan synthase subunit beta  58.07 
 
 		 397 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1558  tryptophan synthase subunit beta  55.67 
 
 		 406 aa  468  1.0000000000000001e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3570  tryptophan synthase subunit beta  56.42 
 
 		 397 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1159  tryptophan synthase subunit beta  58.14 
 
 		 418 aa  468  9.999999999999999e-131  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.445238  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0083  tryptophan synthase subunit beta  55.96 
 
 		 405 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0017562 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2157  tryptophan synthase subunit beta  57.73 
 
 		 412 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.595682  normal  0.092632 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0961  tryptophan synthase subunit beta  57.59 
 
 		 402 aa  468  9.999999999999999e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1511  tryptophan synthase subunit beta  57.66 
 
 		 406 aa  464  9.999999999999999e-131  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.818044  normal  0.388935 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02120  tryptophan synthase subunit beta  56.14 
 
 		 406 aa  468  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1813  tryptophan synthase subunit beta  56.17 
 
 		 397 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0079  tryptophan synthase subunit beta  60.59 
 
 		 382 aa  465  9.999999999999999e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0925  tryptophan synthase subunit beta  56.7 
 
 		 396 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  2.7410900000000002e-34 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1337  tryptophan synthase subunit beta  58.07 
 
 		 401 aa  467  9.999999999999999e-131  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.130625  normal  0.877655 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0392  tryptophan synthase subunit beta  56.51 
 
 		 404 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.491733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2881  tryptophan synthase subunit beta  55.92 
 
 		 397 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0438165  normal  0.707316 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0093  tryptophan synthase subunit beta  55.15 
 
 		 410 aa  465  9.999999999999999e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2137  tryptophan synthase subunit beta  56.17 
 
 		 397 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0098  tryptophan synthase subunit beta  55.96 
 
 		 405 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1157  tryptophan synthase subunit beta  56.74 
 
 		 395 aa  462  1e-129  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3797  tryptophan synthase subunit beta  57.47 
 
 		 415 aa  464  1e-129  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.622361 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1020  tryptophan synthase subunit beta  54.34 
 
 		 394 aa  461  1e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1698  tryptophan synthase subunit beta  57.58 
 
 		 400 aa  461  1e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.251029 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>