More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0588 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_0588  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  100 
 
 
287 aa  570  1.0000000000000001e-162  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0351  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  76.49 
 
 
287 aa  451  1.0000000000000001e-126  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0331  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  76.84 
 
 
287 aa  449  1e-125  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-16 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3011  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  76.31 
 
 
287 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000101253  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1372  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein  66.43 
 
 
286 aa  387  1e-106  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.90333  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3356  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  64.34 
 
 
286 aa  383  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0320622 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2547  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  65.38 
 
 
286 aa  382  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0364167 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2197  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  64.56 
 
 
290 aa  375  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000206144  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_45774  predicted protein  53.33 
 
 
283 aa  279  3e-74  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_17487  oxidoreductase  43.05 
 
 
316 aa  215  5.9999999999999996e-55  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0218995  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0338  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.42 
 
 
298 aa  199  5e-50  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1979  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.41 
 
 
288 aa  186  5e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2614  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.07 
 
 
300 aa  185  9e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1923  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.59 
 
 
296 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238794  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0261  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  35.66 
 
 
305 aa  183  3e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0646517 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2805  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.19 
 
 
288 aa  183  3e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000011414  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2760  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  36.97 
 
 
298 aa  181  1e-44  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0685188  normal  0.814405 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2389  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein  35.79 
 
 
289 aa  180  2e-44  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3343  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  35.66 
 
 
303 aa  180  2e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2852  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.06 
 
 
297 aa  179  4e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0134215  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3990  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  35.66 
 
 
303 aa  179  5.999999999999999e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1714  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.28 
 
 
309 aa  176  3e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.280932  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1972  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  34.49 
 
 
288 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000138417  normal  0.0637155 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2308  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  35.54 
 
 
285 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000048511  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1915  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.89 
 
 
285 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2700  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.52 
 
 
302 aa  172  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0209  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  33.81 
 
 
294 aa  171  1e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0425  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding protein  35.23 
 
 
294 aa  171  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1173  tartronate semialdehyde reductase  34.04 
 
 
296 aa  169  4e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3297  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein  39.02 
 
 
296 aa  166  5e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.251673  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2775  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  35.42 
 
 
288 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0544737  normal  0.212315 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0583  NAD-binding 6-phosphogluconate dehydrogenase  34.41 
 
 
293 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1328  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  32.4 
 
 
288 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000219752  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1451  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein  35.54 
 
 
288 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.412131  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1645  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  32.86 
 
 
288 aa  161  1e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.717747  hitchhiker  0.0000336643 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0610  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  34.77 
 
 
293 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.135124  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1877  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  36.69 
 
 
293 aa  160  2e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.381649  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1237  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  37.54 
 
 
302 aa  160  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.872456  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3551  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  34.6 
 
 
292 aa  159  4e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000115044  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001310  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  31.36 
 
 
292 aa  158  8e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0618  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  34.41 
 
 
293 aa  157  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7152  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  34.6 
 
 
291 aa  158  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1903  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  32.98 
 
 
282 aa  157  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.25845  hitchhiker  0.00938968 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3438  tartronate semialdehyde reductase  32.63 
 
 
296 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3607  tartronate semialdehyde reductase  32.63 
 
 
296 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.680577  normal  0.959534 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3441  tartronate semialdehyde reductase  32.63 
 
 
296 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3546  tartronate semialdehyde reductase  32.63 
 
 
296 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.370176  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3510  tartronate semialdehyde reductase  32.63 
 
 
296 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.900889  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4692  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  37.1 
 
 
296 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.995907 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1265  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  34.41 
 
 
284 aa  156  4e-37  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.92382  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4604  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding protein  37.1 
 
 
299 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02990  tartronate semialdehyde reductase  32.98 
 
 
296 aa  155  8e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0580  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  32.98 
 
 
296 aa  155  8e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02941  hypothetical protein  32.98 
 
 
296 aa  155  8e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0381  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  32.53 
 
 
287 aa  155  8e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0575  tartronate semialdehyde reductase  32.98 
 
 
296 aa  155  8e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4437  tartronate semialdehyde reductase  32.98 
 
 
294 aa  155  9e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211957 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3420  tartronate semialdehyde reductase  32.98 
 
 
294 aa  155  9e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3233  tartronate semialdehyde reductase  32.98 
 
 
294 aa  155  9e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3314  tartronate semialdehyde reductase  32.98 
 
 
294 aa  155  9e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3603  tartronate semialdehyde reductase  32.98 
 
 
294 aa  155  9e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0628  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  32.62 
 
 
293 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2598  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  35.69 
 
 
295 aa  154  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0803857 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1045  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  36.04 
 
 
305 aa  154  2e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0255982  normal  0.0907231 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05191  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  31.12 
 
 
292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0699  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  34.77 
 
 
286 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000621245 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43420  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.8 
 
 
296 aa  152  4e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.164862  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2048  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  33.69 
 
 
289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2161  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  30.42 
 
 
299 aa  152  7e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00387864 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6215  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  32.17 
 
 
311 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0695059  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00459  tartronate semialdehyde reductase, NADH-dependent  33.8 
 
 
292 aa  151  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3103  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.8 
 
 
292 aa  151  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1498  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  33.8 
 
 
284 aa  151  1e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0211901 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3113  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.8 
 
 
292 aa  151  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.327741 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00464  hypothetical protein  33.8 
 
 
292 aa  151  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0546  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.8 
 
 
292 aa  151  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0583  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.8 
 
 
292 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1857  3-hydroxyacid dehydrogenase  30.99 
 
 
288 aa  150  2e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.341144  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0210  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  33.69 
 
 
284 aa  150  2e-35  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.866351  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0552  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.8 
 
 
292 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0284  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  31.8 
 
 
292 aa  150  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3456  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  34.29 
 
 
291 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.236209  normal  0.0188789 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1353  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  32.75 
 
 
290 aa  150  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478456  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0610  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.45 
 
 
292 aa  149  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3624  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  32.75 
 
 
297 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3216  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  33.1 
 
 
309 aa  149  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.969854  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0081  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  30.53 
 
 
292 aa  149  5e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.280871 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1934  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  31.01 
 
 
294 aa  149  5e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0271  oxidoreductase  34.64 
 
 
289 aa  149  6e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00375643  unclonable  0.00000071713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3864  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  32.4 
 
 
297 aa  148  8e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0721878  normal  0.335239 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0924  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  30.74 
 
 
288 aa  148  9e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2653  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  34.72 
 
 
288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.47315 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2880  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  34.72 
 
 
288 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3369  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein  31.12 
 
 
303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00318158  normal  0.297176 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1371  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  32.51 
 
 
307 aa  147  1.0000000000000001e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.506801  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3871  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  30 
 
 
292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1570  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  32.06 
 
 
297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.101448  normal  0.880113 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3256  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  32.4 
 
 
309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334656  normal  0.0657335 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3180  NAD-binding protein  33.92 
 
 
299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2287  NAD-binding protein  33.92 
 
 
299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>