244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0305 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_0305  ATP citrate lyase subunit 1  100 
 
 
423 aa  874    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2763  ATP-grasp domain protein  51.83 
 
 
431 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.254472  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3639  ATP-grasp domain-containing protein  51.1 
 
 
424 aa  402  1e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00395408  normal  0.409997 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6014  ATP-grasp domain-containing protein  49.06 
 
 
432 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1267  Succinate--CoA ligase (ADP-forming)  29.7 
 
 
423 aa  132  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0260  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.64 
 
 
386 aa  76.6  0.0000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3998  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.93 
 
 
387 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0030268  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1307  ATP citrate lyase subunit 1  26.39 
 
 
398 aa  75.5  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.810397  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0245  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.29 
 
 
386 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000419135 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0729  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.61 
 
 
385 aa  73.6  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000827995  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1058  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.57 
 
 
385 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0161245  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1056  ATP citrate synthase, subunit 1  25.06 
 
 
435 aa  72  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00742266  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1089  ATP-grasp domain protein  26.59 
 
 
399 aa  72  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.520899  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1350  ATP-grasp domain protein  26.06 
 
 
398 aa  71.2  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2717  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.21 
 
 
387 aa  70.9  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0397  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  25.08 
 
 
417 aa  68.9  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.254112  normal  0.0232854 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1392  ATP-grasp domain protein  25.53 
 
 
398 aa  69.3  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.254868  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02435  citrate lyase subunit (Eurofung)  24.34 
 
 
485 aa  68.9  0.0000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.031235  normal 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00800  conserved hypothetical protein  25 
 
 
1149 aa  67.4  0.0000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3089  Succinate--CoA ligase (ADP-forming)  23.72 
 
 
425 aa  66.6  0.0000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000498843  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0247  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  24.28 
 
 
388 aa  66.2  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2334  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit / succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  24.37 
 
 
700 aa  65.5  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.530303  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0623  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.07 
 
 
392 aa  65.1  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.420642  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0620  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.23 
 
 
389 aa  65.5  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000105579  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_54477  atp-citrate synthase  23.17 
 
 
1082 aa  64.7  0.000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1061  citrate lyase, subunit 1  25.07 
 
 
398 aa  62  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.61 
 
 
392 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0516  Fis family transcriptional regulator  24 
 
 
372 aa  61.6  0.00000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1211  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  22.26 
 
 
399 aa  60.8  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.773586  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0338  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.13 
 
 
390 aa  60.5  0.00000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.210616  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2396  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  25.26 
 
 
375 aa  60.5  0.00000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000351393  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0251  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  25 
 
 
392 aa  59.3  0.0000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0293  Succinate--CoA ligase (ADP-forming)  25.2 
 
 
337 aa  58.5  0.0000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.637875  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0074  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.31 
 
 
388 aa  58.5  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.698704  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5543  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  27.07 
 
 
384 aa  58.9  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.59554 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4482  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  29.86 
 
 
389 aa  58.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0986  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  26.23 
 
 
368 aa  58.5  0.0000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.00000000000000927253  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1232  ATP-grasp domain protein  23.55 
 
 
398 aa  58.2  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0967  succinyl-CoA synthase, beta subunit  24.22 
 
 
386 aa  58.2  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  26.19 
 
 
384 aa  58.2  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7116  malate--CoA ligase subunit beta  25.14 
 
 
392 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00456682  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6556  malate--CoA ligase subunit beta  25.14 
 
 
392 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.0575552 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0796  citrate lyase, subunit 1  23.44 
 
 
398 aa  56.6  0.0000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.620183  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1026  succinyl-CoA synthetase subunit beta  22.75 
 
 
382 aa  56.2  0.0000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  decreased coverage  0.0000227763  unclonable  8.1657e-23 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0456  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.57 
 
 
400 aa  55.8  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00206405  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3666  malate--CoA ligase subunit beta  24.46 
 
 
392 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127325  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0607  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.01 
 
 
390 aa  55.8  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.409556  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0604  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.7 
 
 
392 aa  56.2  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.575557  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1087  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  22.46 
 
 
391 aa  55.1  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000260623  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1378  succinate--CoA ligase (ADP-forming)  28.64 
 
 
355 aa  55.1  0.000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00172923  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1463  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.5 
 
 
379 aa  54.7  0.000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2117  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.58 
 
 
387 aa  55.1  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2037  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.58 
 
 
387 aa  55.1  0.000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.325125  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0737  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  25.29 
 
 
385 aa  54.3  0.000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1716  malate--CoA ligase subunit beta  25.14 
 
 
399 aa  54.3  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.311565 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0651  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.18 
 
 
388 aa  54.3  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.889445  normal  0.431206 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3875  succinyl-CoA synthetase subunit beta  22.4 
 
 
392 aa  54.3  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1703  succinyl-CoA synthetase subunit beta  22.59 
 
 
388 aa  54.3  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.213189  normal  0.378528 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0393  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.57 
 
 
398 aa  53.9  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268228  normal  0.21905 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0776  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.67 
 
 
392 aa  53.9  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3605  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  25.7 
 
 
410 aa  53.9  0.000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.194047  normal  0.127689 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1716  succinyl-CoA synthetase subunit beta  22.66 
 
 
394 aa  53.5  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1657  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.78 
 
 
382 aa  53.9  0.000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.231909 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1799  malate--CoA ligase subunit beta  25.14 
 
 
390 aa  53.5  0.000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.313721 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5927  malate--CoA ligase subunit beta  26.01 
 
 
395 aa  53.5  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.298211 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2135  malate--CoA ligase subunit beta  25.14 
 
 
390 aa  53.5  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.313278 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1751  malate--CoA ligase subunit beta  25.14 
 
 
390 aa  53.5  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.635696 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3197  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.89 
 
 
399 aa  52.8  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0544  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.76 
 
 
397 aa  52.8  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  24.28 
 
 
389 aa  53.1  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0808  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  26.92 
 
 
386 aa  52.4  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1210  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.31 
 
 
383 aa  52  0.00002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0599  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.75 
 
 
387 aa  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0580  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.75 
 
 
387 aa  52.4  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0671  succinyl-CoA synthetase subunit beta  26.18 
 
 
388 aa  52.4  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.131482 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0530  succinyl-CoA synthetase subunit beta  22.12 
 
 
389 aa  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00340695  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0570  ATP-dependent citrate lyase beta subunit  22.33 
 
 
444 aa  52.4  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0931  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.1 
 
 
398 aa  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1911  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3686  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.88 
 
 
388 aa  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1926  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.35 
 
 
398 aa  51.2  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0191  Succinate--CoA ligase (ADP-forming)  21.9 
 
 
372 aa  51.6  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0458  succinyl-CoA synthetase subunit beta  27.27 
 
 
388 aa  51.6  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.539778  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0469  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.14 
 
 
388 aa  51.2  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0438  succinyl-CoA synthetase subunit beta  21.88 
 
 
381 aa  51.6  0.00003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.179512  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1855  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.35 
 
 
398 aa  51.2  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.965079  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0713  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  22.35 
 
 
389 aa  50.8  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00106571  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2341  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.87 
 
 
388 aa  51.2  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.188241  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04879  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25 
 
 
389 aa  50.8  0.00004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.640254  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0490  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  25.24 
 
 
410 aa  50.8  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0637  succinyl-CoA synthetase subunit beta  25.14 
 
 
387 aa  50.4  0.00005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2062  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  23.42 
 
 
384 aa  50.8  0.00005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43950  succinyl-CoA synthetase subunit beta  23.38 
 
 
388 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0993593  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  22.86 
 
 
388 aa  50.4  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0229  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.02 
 
 
399 aa  50.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0043  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  25.13 
 
 
360 aa  50.4  0.00006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1889  succinyl-CoA synthetase subunit beta  24.75 
 
 
387 aa  50.4  0.00006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2491  malate--CoA ligase subunit beta  25 
 
 
392 aa  50.1  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  21.68 
 
 
386 aa  50.4  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4221  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  24.88 
 
 
396 aa  50.1  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.687915  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04270  succinyl-CoA synthetase subunit beta  22.71 
 
 
389 aa  50.1  0.00007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>