36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3246 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3246  hypothetical protein  100 
 
 		 454 aa  930    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0545  hypothetical protein  27.03 
 
 		 701 aa  154  4e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0920  hypothetical protein  24.78 
 
 		 460 aa  110  6e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3599  hypothetical protein  26.56 
 
 		 482 aa  101  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  21.63 
 
 		 473 aa  70.5  0.00000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5291  hypothetical protein  22.89 
 
 		 555 aa  64.7  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.673527  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  27.2 
 
 		 392 aa  59.7  0.0000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.03 
 
 		 401 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  29.69 
 
 		 417 aa  58.9  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  34.13 
 
 		 547 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1148  hypothetical protein  21.41 
 
 		 427 aa  56.2  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00179115  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  31.69 
 
 		 430 aa  55.8  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0839  type I restriction-modification system, M subunit, putative  22.12 
 
 		 613 aa  54.3  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.52707  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.36 
 
 		 423 aa  54.7  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.47 
 
 		 495 aa  53.1  0.000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  32.31 
 
 		 402 aa  52.4  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  32.84 
 
 		 775 aa  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  33.93 
 
 		 584 aa  52.4  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0610  restriction modification system DNA specificity subunit  26.44 
 
 		 730 aa  51.6  0.00003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0873  restriction modification system DNA specificity subunit  29.01 
 
 		 375 aa  50.4  0.00006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.37 
 
 		 441 aa  50.1  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  29.49 
 
 		 419 aa  50.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  23.91 
 
 		 405 aa  48.5  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1460  type I restriction-modification system, S subunit, putative  23.66 
 
 		 446 aa  48.5  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  24 
 
 		 405 aa  47.8  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  26.47 
 
 		 400 aa  47.4  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  25.69 
 
 		 461 aa  47.4  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17660  restriction endonuclease S subunit  24.67 
 
 		 416 aa  47.4  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20390  hypothetical protein  24.79 
 
 		 471 aa  47  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.123185  normal  0.078354 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  23.53 
 
 		 556 aa  47  0.0008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3055  restriction modification system DNA specificity subunit  26.83 
 
 		 411 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.363566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  29.45 
 
 		 612 aa  45.1  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  24.57 
 
 		 438 aa  44.3  0.005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  21.15 
 
 		 492 aa  43.5  0.008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1001  hypothetical protein  27.27 
 
 		 196 aa  43.5  0.009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.02856  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  25 
 
 		 390 aa  43.1  0.01  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>