More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2017 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2017  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit II  100 
 
 
347 aa  681    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2202  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit II  94.35 
 
 
349 aa  623  1e-177  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000104234 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1111  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit II  40.43 
 
 
337 aa  229  7e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6579  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit II  38.27 
 
 
330 aa  194  1e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2244  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit II  43.45 
 
 
336 aa  185  1.0000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.171072  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7913  terminal oxidase subunit II  40.31 
 
 
337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.346178  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0940  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  40.45 
 
 
338 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.528842  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1001  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit II  40.06 
 
 
338 aa  172  9e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.954377  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0998  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit II  40.06 
 
 
338 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.4016  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0257  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  35.78 
 
 
330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.794868 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0982  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit II  42.51 
 
 
351 aa  162  8.000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00231711  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0303  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit II  35.91 
 
 
338 aa  161  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3724  Cytochrome bd-type quinol oxidase subunit 2- like protein  34.69 
 
 
424 aa  147  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.77992  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2687  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  34.31 
 
 
345 aa  146  5e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2613  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit II  29.27 
 
 
339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.251199 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5646  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit II  30.15 
 
 
341 aa  134  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.965151  normal  0.688925 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1394  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit II  29.27 
 
 
339 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0429181 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000388  putative Cytochrome bd2 subunit II  28.57 
 
 
335 aa  112  8.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0260  hypothetical protein  29.61 
 
 
329 aa  110  3e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0255  hypothetical protein  29.31 
 
 
329 aa  110  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3332  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.49 
 
 
335 aa  109  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223334  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4671  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  27.7 
 
 
334 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.297118  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0963  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.7 
 
 
335 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.238614  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2096  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  29.25 
 
 
334 aa  104  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2132  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  29.29 
 
 
336 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.19324  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5280  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.32 
 
 
334 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.797585  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4512  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  26.61 
 
 
335 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595783  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4892  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  28.07 
 
 
335 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1786  cytochrome bd-type quinol oxidase subunit 2  29.18 
 
 
334 aa  104  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.703016  normal  0.233123 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4073  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  27.7 
 
 
336 aa  103  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.889217  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4650  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  26.32 
 
 
335 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4644  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  26.39 
 
 
335 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.39866  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2528  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  30.61 
 
 
335 aa  103  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0927  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  27.81 
 
 
335 aa  103  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.304728  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3152  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.05 
 
 
335 aa  102  7e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3271  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.7 
 
 
335 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.327803  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0788  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  26.32 
 
 
335 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470202  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0707  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II (cydB, qxtB)  28.82 
 
 
336 aa  100  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1656  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  29.29 
 
 
342 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0717053  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2426  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  30 
 
 
331 aa  100  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.154606  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3306  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  29.5 
 
 
335 aa  99.8  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.167701 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0474  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  27.78 
 
 
337 aa  98.2  2e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3377  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  26.63 
 
 
335 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4379  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  26.92 
 
 
334 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.811647  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4956  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit II  30 
 
 
335 aa  97.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.545349  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3951  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  29.65 
 
 
335 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2101  cyanide-insensitive terminal oxidase  29.08 
 
 
335 aa  97.4  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1836  cyanide-insensitive terminal oxidase  29.08 
 
 
335 aa  97.4  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.077494  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1128  cyanide-insensitive terminal oxidase  29.08 
 
 
335 aa  97.4  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.852695  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3574  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  26.92 
 
 
335 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0902156 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0091  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  25.44 
 
 
338 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.243968  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0837  cyanide-insensitive terminal oxidase  29.08 
 
 
335 aa  97.4  3e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177421  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3450  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  26.63 
 
 
335 aa  96.7  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3385  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  28.44 
 
 
338 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3210  quinol oxidase subunit II QxtB  29.36 
 
 
335 aa  96.7  5e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2149  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  29.67 
 
 
335 aa  96.7  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0929  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  26.47 
 
 
335 aa  96.3  7e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1769  cyanide-insensitive terminal oxidase  29.08 
 
 
335 aa  96.3  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.211291  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0427  cyanide-insensitive terminal oxidase CioB  29.08 
 
 
335 aa  96.3  7e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4819  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.32 
 
 
335 aa  96.3  7e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5366  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.32 
 
 
335 aa  96.3  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11040  Cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  28.41 
 
 
335 aa  95.9  9e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2643  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  29.29 
 
 
335 aa  95.5  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4647  cyanide-insensitive terminal oxidase CioB  26.69 
 
 
335 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4281  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  28.7 
 
 
335 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.207239  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4324  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.74 
 
 
334 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1178  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  27.46 
 
 
335 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13040  CioB, cyanide insensitive terminal oxidase  27.46 
 
 
335 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0913  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  26.55 
 
 
335 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3131  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.7 
 
 
336 aa  95.1  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.305422 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5119  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.19 
 
 
333 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.187118 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4158  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  29.02 
 
 
337 aa  95.1  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.119875  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2000  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  27.86 
 
 
333 aa  94.7  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.257779  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0170  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.99 
 
 
334 aa  94.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3857  hypothetical protein  28.49 
 
 
335 aa  93.6  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.346842  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1464  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  29.36 
 
 
344 aa  93.6  5e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1026  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.03 
 
 
332 aa  93.6  5e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0334  cyanide-insensitive terminal oxidase CioB  28.49 
 
 
335 aa  93.2  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1937  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  27.3 
 
 
337 aa  92.4  9e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03150  putative transmembrane cytochrome bd-II oxidase (subunit II) oxidoreductase protein  30.09 
 
 
336 aa  92  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.73808  normal  0.0133752 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0174  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  29.03 
 
 
335 aa  92.4  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.153758 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2650  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.4 
 
 
337 aa  92.4  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0115329  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0417  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  30.09 
 
 
334 aa  92.4  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.227269 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0192  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.45 
 
 
337 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1664  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  29.14 
 
 
340 aa  90.9  3e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.681603  normal  0.345122 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4790  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.02 
 
 
335 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3117  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.03 
 
 
334 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1473  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  27.99 
 
 
335 aa  90.1  5e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.250044 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3008  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.1 
 
 
343 aa  90.1  5e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.139536 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3050  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.1 
 
 
343 aa  90.1  5e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.577988 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3833  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.53 
 
 
336 aa  89.7  7e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4142  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.53 
 
 
336 aa  89.7  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5382  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.02 
 
 
335 aa  89.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5479  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.02 
 
 
335 aa  89.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0779913  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1810  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.79 
 
 
338 aa  89.4  8e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.73467  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1944  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.36 
 
 
338 aa  89.4  9e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3384  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  28.36 
 
 
338 aa  89.4  9e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.403392  hitchhiker  0.0000000000581591 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3592  Cytochrome bd type quinol oxidase subunit 2 protein  28.11 
 
 
334 aa  88.6  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.925835  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0942  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  27.79 
 
 
335 aa  88.6  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.616376 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1086  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  27.79 
 
 
335 aa  88.6  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>