259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_A0121 on replicon NC_010488
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010488  EcSMS35_A0121  dihydrofolate reductase type 5  100 
 
 		 160 aa  336  8e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.43125 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2312  dihydrofolate reductase  44.14 
 
 		 160 aa  116  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.312727  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1926  dihydrofolate reductase  39.35 
 
 		 171 aa  106  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000147298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0932  dihydrofolate reductase  36.13 
 
 		 163 aa  100  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2819  dihydrofolate reductase  39.6 
 
 		 173 aa  99.4  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.198345  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2781  Dihydrofolate reductase  42.36 
 
 		 166 aa  98.6  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.258533 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2947  dihydrofolate reductase  37.18 
 
 		 161 aa  97.1  9e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.631471  normal  0.0218136 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2886  Dihydrofolate reductase  40.28 
 
 		 166 aa  97.1  9e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2811  Dihydrofolate reductase  36.13 
 
 		 292 aa  96.7  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000627481  hitchhiker  0.0000305943 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2571  dihydrofolate reductase  39.42 
 
 		 195 aa  96.3  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115778  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2659  dihydrofolate reductase  39.58 
 
 		 166 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.691401 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2039  dihydrofolate reductase  36.31 
 
 		 167 aa  94.4  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.570547  normal  0.482414 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0573  dihydrofolate reductase  37.31 
 
 		 175 aa  94  9e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1310  dihydrofolate reductase region  39.69 
 
 		 161 aa  92.4  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000886123  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0189  dihydrofolate reductase  35.42 
 
 		 161 aa  92.8  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1045  dihydrofolate reductase  36.94 
 
 		 163 aa  92.8  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.46602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2037  dihydrofolate reductase  38.16 
 
 		 179 aa  92  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.750289  normal  0.473794 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1420  dihydrofolate reductase  37.31 
 
 		 178 aa  92  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3353  dihydrofolate reductase  34.94 
 
 		 179 aa  92  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0397175 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0700  dihydrofolate reductase region  38.93 
 
 		 163 aa  92  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.694361  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1090  dihydrofolate reductase  38.62 
 
 		 163 aa  91.3  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0523811 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0052  dihydrofolate reductase  35 
 
 		 159 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.264396  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00052  dihydrofolate reductase  35 
 
 		 159 aa  90.5  8e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0054  dihydrofolate reductase  35 
 
 		 159 aa  90.5  8e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0042  dihydrofolate reductase  35 
 
 		 159 aa  90.5  8e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00051  hypothetical protein  35 
 
 		 159 aa  90.5  8e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3607  dihydrofolate reductase  35 
 
 		 159 aa  90.5  8e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00332333 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0091  dihydrofolate reductase  35.62 
 
 		 159 aa  90.5  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.895795 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0092  dihydrofolate reductase  35.62 
 
 		 159 aa  90.5  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.197159 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0096  dihydrofolate reductase  35.62 
 
 		 159 aa  90.5  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0093  dihydrofolate reductase  35.62 
 
 		 159 aa  90.5  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0098  dihydrofolate reductase  35.62 
 
 		 159 aa  90.5  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.653551 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3551  Dihydrofolate reductase  35 
 
 		 196 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1051  Dihydrofolate reductase  38.17 
 
 		 163 aa  89.7  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1653  Dihydrofolate reductase  35 
 
 		 165 aa  90.1  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6098  dihydrofolate reductase  31.55 
 
 		 170 aa  89.7  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0050  dihydrofolate reductase  35 
 
 		 196 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.450338 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0052  dihydrofolate reductase  35 
 
 		 196 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0900  dihydrofolate reductase  38.17 
 
 		 160 aa  89  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.131279  normal  0.732147 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48110  Dihydrofolate reductase  31.74 
 
 		 171 aa  89.4  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000576537  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0571  dihydrofolate reductase  37.96 
 
 		 160 aa  88.6  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0341  Dihydrofolate reductase  36.91 
 
 		 177 aa  88.6  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0423  dihydrofolate reductase  39.46 
 
 		 166 aa  88.6  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200309 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0054  dihydrofolate reductase  33.85 
 
 		 161 aa  88.2  4e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.892369  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3084  dihydrofolate reductase  35.88 
 
 		 160 aa  88.2  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4006  Dihydrofolate reductase  35.48 
 
 		 180 aa  88.2  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.813687  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2922  dihydrofolate reductase  38.17 
 
 		 160 aa  88.2  5e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000038363  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3120  dihydrofolate reductase  38.17 
 
 		 160 aa  88.2  5e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1793  dihydrofolate reductase  41.18 
 
 		 174 aa  87.8  5e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.928797  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4209  dihydrofolate reductase  34.1 
 
 		 176 aa  87.8  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00805  hypothetical protein  34.21 
 
 		 159 aa  87  8e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03728  dihydrofolate reductase type I, trimethoprim resistance  36.84 
 
 		 167 aa  87  9e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.794995  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1259  dihydrofolate reductase  35.1 
 
 		 166 aa  86.7  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000117579 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3449  dihydrofolate reductase  37.5 
 
 		 160 aa  87  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3646  dihydrofolate reductase  36.64 
 
 		 160 aa  87  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0778  dihydrofolate reductase  37.5 
 
 		 160 aa  87  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143949  normal  0.0713752 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3578  dihydrofolate reductase  37.5 
 
 		 160 aa  87  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1905  Dihydrofolate reductase  34.39 
 
 		 163 aa  86.3  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2542  Dihydrofolate reductase  34.29 
 
 		 172 aa  86.3  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.929799 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0597  dihydrofolate reductase  33.75 
 
 		 159 aa  85.9  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.235828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2569  dihydrofolate reductase  35.22 
 
 		 166 aa  85.9  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.858438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3214  dihydrofolate reductase  37.4 
 
 		 160 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4526  dihydrofolate reductase  40.15 
 
 		 166 aa  85.5  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2019  dihydrofolate reductase  37.75 
 
 		 187 aa  85.1  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0051  dihydrofolate reductase  32.31 
 
 		 161 aa  85.1  3e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1041  dihydrofolate reductase  37.59 
 
 		 160 aa  85.1  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0691593  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1074  dihydrofolate reductase  37.59 
 
 		 160 aa  85.1  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0303057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4811  Dihydrofolate reductase  36.92 
 
 		 183 aa  85.1  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.431649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3318  Dihydrofolate reductase  37.59 
 
 		 160 aa  84.7  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3836  dihydrofolate reductase  35.19 
 
 		 160 aa  84.7  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0984  dihydrofolate reductase  35.07 
 
 		 160 aa  84.7  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.69665  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0972  dihydrofolate reductase  37.59 
 
 		 160 aa  84.7  5e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.415398  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0351  dihydrofolate reductase  34.29 
 
 		 171 aa  84.3  7e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.146405  normal  0.312334 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2801  Dihydrofolate reductase  34.29 
 
 		 172 aa  84  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22692  normal  0.836348 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1750  dihydrofolate reductase  33.97 
 
 		 167 aa  84  9e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175283  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0300  hypothetical protein  36.36 
 
 		 164 aa  83.2  0.000000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.201622 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3641  dihydrofolate reductase  35.19 
 
 		 160 aa  83.2  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0720  dihydrofolate reductase  36.94 
 
 		 160 aa  83.6  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.919586 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001668  dihydrofolate reductase  32.89 
 
 		 159 aa  83.2  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2431  dihydrofolate reductase  31.65 
 
 		 171 aa  83.6  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1398  dihydrofolate reductase  31.68 
 
 		 172 aa  82.4  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0874  dihydrofolate reductase  37.31 
 
 		 160 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0789491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1855  Dihydrofolate reductase  32.03 
 
 		 171 aa  82.4  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.513687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2360  dihydrofolate reductase  37.59 
 
 		 165 aa  83.2  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.138466 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1354  dihydrofolate reductase  31.68 
 
 		 172 aa  82.8  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.340933  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0599  dihydrofolate reductase  33.33 
 
 		 165 aa  82.4  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1729  dihydrofolate reductase  36.3 
 
 		 198 aa  82  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000733059 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1761  Dihydrofolate reductase  34.78 
 
 		 158 aa  82  0.000000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2824  dihydrofolate reductase  36.64 
 
 		 160 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.545858 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5132  dihydrofolate reductase  31.95 
 
 		 171 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.632435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4971  dihydrofolate reductase  33.77 
 
 		 166 aa  81.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2748  Dihydrofolate reductase  34.42 
 
 		 162 aa  81.6  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0221  dihydrofolate reductase  36.09 
 
 		 259 aa  81.6  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.935978 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1468  dihydrofolate reductase  36.15 
 
 		 160 aa  81.3  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3262  dihydrofolate reductase  34.72 
 
 		 169 aa  81.3  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.497325  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0487  Dihydrofolate reductase  34.87 
 
 		 164 aa  81.3  0.000000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3735  dihydrofolate reductase  35.25 
 
 		 171 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0124901  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0443  dihydrofolate reductase  34.06 
 
 		 168 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5005  dihydrofolate reductase  31.95 
 
 		 171 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4737  dihydrofolate reductase  30 
 
 		 170 aa  80.9  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.153856 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>