267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3084 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3084  dihydrofolate reductase  100 
 
 		 160 aa  334  1.9999999999999998e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3120  dihydrofolate reductase  77.5 
 
 		 160 aa  266  1e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3214  dihydrofolate reductase  76.88 
 
 		 160 aa  264  4e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0959  dihydrofolate reductase  76.25 
 
 		 160 aa  264  4e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0900  dihydrofolate reductase  76.88 
 
 		 160 aa  263  7e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.131279  normal  0.732147 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2824  dihydrofolate reductase  76.25 
 
 		 160 aa  263  7e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.545858 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3646  dihydrofolate reductase  76.88 
 
 		 160 aa  263  1e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2922  dihydrofolate reductase  73.12 
 
 		 160 aa  262  1e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000038363  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3318  Dihydrofolate reductase  75 
 
 		 160 aa  259  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1074  dihydrofolate reductase  73.75 
 
 		 160 aa  257  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0303057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1041  dihydrofolate reductase  73.75 
 
 		 160 aa  257  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0691593  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0972  dihydrofolate reductase  73.75 
 
 		 160 aa  256  8e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.415398  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1009  dihydrofolate reductase  74.38 
 
 		 160 aa  254  3e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.415728  hitchhiker  0.0000243395 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0874  dihydrofolate reductase  73.12 
 
 		 160 aa  253  9e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0789491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0984  dihydrofolate reductase  72.5 
 
 		 160 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.69665  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0857  dihydrofolate reductase  73.75 
 
 		 160 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.535024  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0366  dihydrofolate reductase type 3  57.31 
 
 		 173 aa  198  3e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001668  dihydrofolate reductase  65.15 
 
 		 159 aa  184  5e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00805  hypothetical protein  62.88 
 
 		 159 aa  183  7e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1045  dihydrofolate reductase  60.77 
 
 		 163 aa  181  5.0000000000000004e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.46602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2858  dihydrofolate reductase  63.08 
 
 		 165 aa  176  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000404405  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03728  dihydrofolate reductase type I, trimethoprim resistance  60 
 
 		 167 aa  173  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.794995  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4209  dihydrofolate reductase  52.41 
 
 		 176 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3735  dihydrofolate reductase  49.7 
 
 		 171 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0124901  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4505  dihydrofolate reductase  52.32 
 
 		 170 aa  168  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.13858  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0720  dihydrofolate reductase  52.94 
 
 		 160 aa  165  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.919586 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0443  dihydrofolate reductase  51.72 
 
 		 168 aa  165  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0899  Dihydrofolate reductase  50 
 
 		 177 aa  165  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0573  dihydrofolate reductase  48.47 
 
 		 175 aa  164  5e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0096  dihydrofolate reductase  44.87 
 
 		 161 aa  163  8e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.987213  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2090  dihydrofolate reductase  44.87 
 
 		 161 aa  163  8e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.475399  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48110  Dihydrofolate reductase  53.19 
 
 		 171 aa  161  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000576537  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4737  dihydrofolate reductase  48.45 
 
 		 170 aa  161  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.153856 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0235  dihydrofolate reductase  51.85 
 
 		 165 aa  161  4.0000000000000004e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0599  dihydrofolate reductase  58.52 
 
 		 165 aa  160  5.0000000000000005e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0597  dihydrofolate reductase  53.75 
 
 		 159 aa  159  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.235828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0423  dihydrofolate reductase  49.35 
 
 		 166 aa  159  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200309 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04580  dihydrofolate reductase  51.03 
 
 		 168 aa  159  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0437  dihydrofolate reductase  47.83 
 
 		 170 aa  159  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2729  dihydrofolate reductase  49.68 
 
 		 172 aa  158  3e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0802679  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0664  Dihydrofolate reductase  49.36 
 
 		 163 aa  158  3e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.618324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2569  dihydrofolate reductase  48.05 
 
 		 166 aa  158  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.858438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3578  dihydrofolate reductase  51.63 
 
 		 160 aa  157  6e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0778  dihydrofolate reductase  51.63 
 
 		 160 aa  157  6e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143949  normal  0.0713752 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3449  dihydrofolate reductase  51.63 
 
 		 160 aa  157  6e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00052  dihydrofolate reductase  50.94 
 
 		 159 aa  157  8e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00051  hypothetical protein  50.94 
 
 		 159 aa  157  8e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0042  dihydrofolate reductase  50.94 
 
 		 159 aa  157  8e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2947  dihydrofolate reductase  46.54 
 
 		 161 aa  157  8e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.631471  normal  0.0218136 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0054  dihydrofolate reductase  50.94 
 
 		 159 aa  157  8e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3607  dihydrofolate reductase  50.94 
 
 		 159 aa  157  8e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00332333 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3551  Dihydrofolate reductase  50.94 
 
 		 196 aa  156  9e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0091  dihydrofolate reductase  52.2 
 
 		 159 aa  156  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.895795 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0096  dihydrofolate reductase  52.2 
 
 		 159 aa  156  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0098  dihydrofolate reductase  52.2 
 
 		 159 aa  156  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.653551 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0050  dihydrofolate reductase  50.94 
 
 		 196 aa  156  9e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.450338 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0092  dihydrofolate reductase  52.2 
 
 		 159 aa  156  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.197159 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0093  dihydrofolate reductase  52.2 
 
 		 159 aa  156  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2039  dihydrofolate reductase  46.79 
 
 		 167 aa  156  1e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.570547  normal  0.482414 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0380  dihydrofolate reductase  47.47 
 
 		 162 aa  155  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0052  dihydrofolate reductase  50.31 
 
 		 159 aa  155  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.264396  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0052  dihydrofolate reductase  50.94 
 
 		 196 aa  155  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2571  dihydrofolate reductase  46.99 
 
 		 195 aa  155  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115778  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1750  dihydrofolate reductase  51.45 
 
 		 167 aa  154  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175283  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0914  dihydrofolate reductase  45.45 
 
 		 166 aa  154  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2431  dihydrofolate reductase  46.3 
 
 		 171 aa  154  4e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1582  Dihydrofolate reductase  45.86 
 
 		 162 aa  153  8e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274022  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5361  dihydrofolate reductase  46.99 
 
 		 170 aa  152  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3741  dihydrofolate reductase  46.25 
 
 		 169 aa  152  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.674026  hitchhiker  0.000322893 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0946  dihydrofolate reductase oxidoreductase protein  48.41 
 
 		 167 aa  152  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0266319 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5132  dihydrofolate reductase  45.73 
 
 		 171 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.632435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2748  Dihydrofolate reductase  47.17 
 
 		 162 aa  151  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1963  dihydrofolate reductase  43.98 
 
 		 183 aa  151  2.9999999999999998e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5184  dihydrofolate reductase  45.73 
 
 		 171 aa  151  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.128106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1640  dihydrofolate reductase  48.89 
 
 		 162 aa  151  4e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00601598  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5005  dihydrofolate reductase  46.25 
 
 		 171 aa  150  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1448  dihydrofolate reductase  45.4 
 
 		 188 aa  150  8.999999999999999e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3836  dihydrofolate reductase  49.07 
 
 		 160 aa  150  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3641  dihydrofolate reductase  49.69 
 
 		 160 aa  149  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0888  Dihydrofolate reductase  47.5 
 
 		 167 aa  148  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.450678 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1051  Dihydrofolate reductase  50.36 
 
 		 163 aa  149  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0817  Dihydrofolate reductase  48.41 
 
 		 167 aa  149  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2886  Dihydrofolate reductase  50.77 
 
 		 166 aa  148  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0333  dihydrofolate reductase  45 
 
 		 171 aa  148  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2052  dihydrofolate reductase  47.13 
 
 		 165 aa  147  5e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.837329  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0559  dihydrofolate reductase  49.69 
 
 		 160 aa  147  8e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1259  dihydrofolate reductase  47.97 
 
 		 166 aa  147  9e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000117579 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2659  dihydrofolate reductase  50 
 
 		 166 aa  147  9e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.691401 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0096  Dihydrofolate reductase  47.1 
 
 		 161 aa  146  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0932  dihydrofolate reductase  45.1 
 
 		 163 aa  146  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1310  dihydrofolate reductase region  42.58 
 
 		 161 aa  145  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000886123  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2964  Dihydrofolate reductase  43.56 
 
 		 166 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.159706  normal  0.451516 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3104  dihydrofolate reductase  46.67 
 
 		 162 aa  145  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.172131  hitchhiker  0.0000000000100648 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0387  dihydrofolate reductase  45.81 
 
 		 167 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1421  Dihydrofolate reductase  39.75 
 
 		 161 aa  145  3e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.491047 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0914  dihydrofolate reductase  43.31 
 
 		 167 aa  145  3e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1058  dihydrofolate reductase  43.31 
 
 		 167 aa  145  3e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0244  dihydrofolate reductase  45.81 
 
 		 167 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2530  dihydrofolate reductase  45.81 
 
 		 167 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0903  dihydrofolate reductase  45.81 
 
 		 167 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>