More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1004 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_1004  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 188 aa  384  1e-106  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0834  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  78.67 
 
 		 152 aa  239  1e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0618819 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1528  RNA methyltransferase  69.8 
 
 		 152 aa  215  4e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130723  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2141  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.46 
 
 		 160 aa  199  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2885  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  64.67 
 
 		 158 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.938343  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0450  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.33 
 
 		 152 aa  186  2e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0924  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.64 
 
 		 158 aa  157  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  5.73808e-35 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2088  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.98 
 
 		 154 aa  155  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.227987  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3322  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.98 
 
 		 158 aa  154  6e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000129205  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3293  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.33 
 
 		 160 aa  152  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.212145  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1197  RNA methyltransferase  52.23 
 
 		 164 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188758  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2379  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.66 
 
 		 158 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00313017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1700  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.61 
 
 		 157 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000455125  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1452  putative rRNA methylase  53.29 
 
 		 156 aa  145  3e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000390375  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1836  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.1 
 
 		 152 aa  145  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.646648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0152  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.3 
 
 		 166 aa  144  6e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.143728  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3202  RNA methyltransferase TrmH, group 2  51.72 
 
 		 164 aa  144  6e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2563  hypothetical protein  46.62 
 
 		 149 aa  142  2e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2332  RNA methyltransferase  50.69 
 
 		 152 aa  142  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2417  hypothetical protein  47.55 
 
 		 149 aa  142  4e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0462  RNA methyltransferase  48.98 
 
 		 162 aa  142  4e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2107  rRNA methylase (SpoU class)  49.31 
 
 		 152 aa  142  4e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0584  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  48.98 
 
 		 162 aa  141  5e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0602  RNA methyltransferase  48.98 
 
 		 162 aa  141  5e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.863015  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0548  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  48.98 
 
 		 162 aa  141  5e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.67047e-31 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0516  RNA methyltransferase  48.98 
 
 		 162 aa  141  5e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0459  RNA methyltransferase  48.98 
 
 		 162 aa  141  5e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.172229  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0455  RNA methyltransferase  48.98 
 
 		 162 aa  141  5e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2205  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  50.34 
 
 		 152 aa  141  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0547  RNA methyltransferase  48.98 
 
 		 162 aa  141  5e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0694927  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0623  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  48.98 
 
 		 162 aa  141  5e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4754  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  48.98 
 
 		 162 aa  141  5e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0101258  hitchhiker  0.00000000000898658 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2268  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  50.34 
 
 		 152 aa  141  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00048141  hitchhiker  0.0001006 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1874  RNA methyltransferase TrmH, group 2  52.41 
 
 		 156 aa  141  6e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0990  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.75 
 
 		 172 aa  141  6e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2133  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  45.95 
 
 		 154 aa  141  6e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0505  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  48.3 
 
 		 157 aa  141  7e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2182  RNA methyltransferase TrmH, group 2  46.9 
 
 		 154 aa  140  8e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1370  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  48.3 
 
 		 157 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0238  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.03 
 
 		 153 aa  140  9.999999999999999e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.460006  normal  0.0379576 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0138  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.44 
 
 		 153 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0147773  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1327  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  48 
 
 		 163 aa  139  1.9999999999999998e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0858796 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1127  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.7 
 
 		 153 aa  139  3e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10001  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  42.38 
 
 		 160 aa  138  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.437921  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.66 
 
 		 153 aa  137  6e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.121067  normal  0.063625 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2823  RNA methyltransferase TrmH, group 2  47.5 
 
 		 161 aa  137  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00419688  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0939  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  41.72 
 
 		 160 aa  137  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11010  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  45.14 
 
 		 162 aa  137  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0271045  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3163  RNA methyltransferase  45.33 
 
 		 154 aa  136  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.62 
 
 		 159 aa  135  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09981  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  41.72 
 
 		 160 aa  135  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.582415  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1687  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.7 
 
 		 164 aa  135  4e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4529  RNA methyltransferase  43.45 
 
 		 154 aa  134  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0307  RNA methyltransferase  43.45 
 
 		 154 aa  135  5e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0264  RNA methyltransferase  44 
 
 		 154 aa  134  7.000000000000001e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000114775 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1880  RNA methyltransferase TrmH, group 2  48.61 
 
 		 155 aa  134  8e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3946  RNA methyltransferase  44.83 
 
 		 153 aa  134  8e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0211  RNA methyltransferase  44.14 
 
 		 154 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000450191  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0194  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.71 
 
 		 156 aa  133  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.141115  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4126  RNA methyltransferase  44.14 
 
 		 154 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00837599  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4247  RNA methyltransferase  44.14 
 
 		 154 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0108586  hitchhiker  0.00213899 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0272  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.36 
 
 		 148 aa  132  1.9999999999999998e-30  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3194  RNA methyltransferase TrmH, group 2  49.34 
 
 		 153 aa  133  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00355106  hitchhiker  0.0000259155 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14671  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  47.33 
 
 		 166 aa  132  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.120716 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0265  RNA methyltransferase  43.45 
 
 		 154 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.13438  normal  0.0255655 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0470  RNA methyltransferase  46.26 
 
 		 162 aa  132  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0213  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  44.14 
 
 		 154 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.653568  normal  0.505987 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.95 
 
 		 153 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000286837  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0552  RNA methyltransferase  45.52 
 
 		 157 aa  132  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.242542  normal  0.84663 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4242  RNA methyltransferase  44 
 
 		 154 aa  132  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.175929 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3498  RNA methyltransferase  44.14 
 
 		 154 aa  132  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584508  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2090  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.4 
 
 		 153 aa  132  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000512947 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1391  RNA methyltransferase  46.53 
 
 		 156 aa  132  3.9999999999999996e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.444743  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3736  RNA methyltransferase  43.45 
 
 		 154 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.607715 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3807  RNA methyltransferase  43.45 
 
 		 154 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.509614  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3934  RNA methyltransferase  43.45 
 
 		 154 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000097835  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5323  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  44.83 
 
 		 151 aa  131  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4609  TrmA family RNA methyltransferase  48.03 
 
 		 153 aa  131  5e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00112922  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0823  tRNA/rRNA methyltransferase  40.41 
 
 		 162 aa  131  5e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4386  RNA methyltransferase  44.14 
 
 		 154 aa  131  6e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1147  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  46.05 
 
 		 166 aa  131  6e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.303231  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0099  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  46.67 
 
 		 157 aa  131  6.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3943  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  46.67 
 
 		 157 aa  131  6.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1000  tRNA/rRNA methylase  47.33 
 
 		 155 aa  131  6.999999999999999e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0879  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.33 
 
 		 155 aa  131  6.999999999999999e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4034  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  46.67 
 
 		 157 aa  131  6.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03464  predicted rRNA methylase  46.67 
 
 		 157 aa  130  9e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0102  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  46.67 
 
 		 157 aa  130  9e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03415  hypothetical protein  46.67 
 
 		 157 aa  130  9e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3818  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  46.67 
 
 		 157 aa  130  9e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0075  RNA methyltransferase  44.97 
 
 		 162 aa  130  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4812  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  45.52 
 
 		 157 aa  130  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.799981  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0432  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  48.65 
 
 		 152 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.112018  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4110  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  46.67 
 
 		 157 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1130  putative tRNA/rRNA methyltransferase  47.33 
 
 		 177 aa  130  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4979  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  46.67 
 
 		 157 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4135  RNA methyltransferase  44.97 
 
 		 162 aa  130  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438164  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2278  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.36 
 
 		 164 aa  130  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.117934  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0081  RNA methyltransferase  44.97 
 
 		 162 aa  130  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3301  RNA methyltransferase  45.52 
 
 		 154 aa  130  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0858286 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>