58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2832 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2832  hypothetical protein  100 
 
 		 394 aa  763    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0190613  normal  0.571034 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  55.8 
 
 		 391 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.10614 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0447  extracellular ligand-binding receptor  57.7 
 
 		 394 aa  380  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.766827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1812  hypothetical protein  55.25 
 
 		 391 aa  371  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0459  hypothetical protein  55.25 
 
 		 391 aa  371  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3957  hypothetical protein  50.26 
 
 		 400 aa  343  2.9999999999999997e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0898  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  48.26 
 
 		 370 aa  250  3e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0422  extracellular ligand-binding receptor  36.44 
 
 		 399 aa  187  4e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0398  extracellular ligand-binding receptor  35.86 
 
 		 399 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3584  extracellular ligand-binding receptor  33.91 
 
 		 413 aa  166  8e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0183  hypothetical protein  35.43 
 
 		 415 aa  166  8e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0322  extracellular ligand-binding receptor  35.86 
 
 		 400 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.809903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0291  Extracellular ligand-binding receptor  34.69 
 
 		 403 aa  160  4e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.28159 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0190  hypothetical protein  33.24 
 
 		 407 aa  158  2e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.613594  normal  0.386647 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0327  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 399 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19118  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0148  extracellular ligand-binding receptor  33.53 
 
 		 403 aa  152  7e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3284  extracellular ligand-binding receptor  32.94 
 
 		 425 aa  150  4e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0404  extracellular ligand-binding receptor  32.55 
 
 		 403 aa  149  9e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.697779  normal  0.706576 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0472  extracellular ligand-binding receptor  34.01 
 
 		 399 aa  147  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0437  extracellular ligand-binding receptor  32.56 
 
 		 401 aa  145  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0602967  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2940  extracellular ligand-binding receptor  33.72 
 
 		 421 aa  144  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4012  hypothetical protein  34.2 
 
 		 402 aa  142  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101541  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0026  Extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 		 398 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0023  extracellular ligand-binding receptor  34.17 
 
 		 404 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3694  hypothetical protein  33.43 
 
 		 408 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.61828  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3012  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  29.55 
 
 		 420 aa  126  5e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2085  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 		 356 aa  113  5e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.137371  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0570  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.7 
 
 		 394 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1534  putative lipoprotein-like protein  30.67 
 
 		 402 aa  104  3e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.75635  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0264  extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 		 378 aa  92.4  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241284  normal  0.379489 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3118  hypothetical protein  36.56 
 
 		 494 aa  59.3  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2581  hypothetical protein  28.57 
 
 		 354 aa  55.8  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0732986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3138  hypothetical protein  26.3 
 
 		 419 aa  54.7  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  23.76 
 
 		 386 aa  54.3  0.000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.3 
 
 		 388 aa  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0446  extracellular ligand-binding receptor  23.03 
 
 		 451 aa  50.1  0.00007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0592  extracellular ligand-binding receptor  23.57 
 
 		 447 aa  48.9  0.0001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.944632  hitchhiker  0.0000426056 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  22.15 
 
 		 379 aa  48.1  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1583  extracellular ligand-binding receptor  23.02 
 
 		 450 aa  48.5  0.0002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4482  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 371 aa  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0105  ABC-type transport systems, periplasmic component  22.49 
 
 		 627 aa  47.4  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 		 392 aa  47.4  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3300  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.5 
 
 		 676 aa  47.4  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464162 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0316  Putative lipoprotein-like protein  23.43 
 
 		 612 aa  46.6  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.915463  hitchhiker  0.000474295 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0143  lipoprotein, putative  23.43 
 
 		 612 aa  46.6  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  22.29 
 
 		 379 aa  45.4  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.68 
 
 		 399 aa  45.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  21.66 
 
 		 394 aa  45.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2841  extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 		 403 aa  44.7  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.13228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0314  LppC family lipoprotein  25.6 
 
 		 672 aa  44.7  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.92899  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3035  extracellular ligand-binding receptor  29.79 
 
 		 403 aa  44.3  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.359772  normal  0.164106 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3066  extracellular ligand-binding receptor  29.79 
 
 		 403 aa  44.3  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.755308 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0757  LppC family lipoprotein  29.52 
 
 		 635 aa  44.3  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0308  LppC family lipoprotein  24.8 
 
 		 672 aa  44.3  0.004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3020  extracellular ligand-binding receptor  29.79 
 
 		 403 aa  44.3  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3574  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 		 403 aa  43.9  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.428892  normal  0.0120005 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  21.98 
 
 		 379 aa  43.1  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1762  extracellular ligand-binding receptor  22.94 
 
 		 449 aa  43.1  0.009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.304418  hitchhiker  0.000873526 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>