More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1114 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
417 aa  800    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.68 
 
 
412 aa  279  6e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  48.16 
 
 
412 aa  276  4e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.43 
 
 
412 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42 
 
 
422 aa  250  4e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.76 
 
 
430 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.74 
 
 
409 aa  243  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.61 
 
 
443 aa  195  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  30.58 
 
 
431 aa  183  4.0000000000000006e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.66 
 
 
434 aa  179  7e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  27.88 
 
 
433 aa  170  5e-41  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.37 
 
 
345 aa  163  5.0000000000000005e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.74 
 
 
368 aa  159  9e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.24 
 
 
345 aa  150  5e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  49.21 
 
 
371 aa  150  5e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  44.49 
 
 
346 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0365  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.12 
 
 
390 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  48.26 
 
 
358 aa  143  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_004310  BR1692  hypothetical protein  36.01 
 
 
448 aa  142  9e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.54 
 
 
346 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1636  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.4 
 
 
448 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.89 
 
 
450 aa  142  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1222  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.95 
 
 
456 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.91 
 
 
339 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.86 
 
 
342 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.7 
 
 
342 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  40.92 
 
 
462 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.59 
 
 
400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.94 
 
 
491 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  32.09 
 
 
454 aa  126  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  45.22 
 
 
346 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  44.32 
 
 
347 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3168  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.05 
 
 
446 aa  125  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.56 
 
 
347 aa  125  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  40.52 
 
 
326 aa  123  6e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.55 
 
 
377 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.04 
 
 
453 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.44 
 
 
492 aa  120  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.13 
 
 
455 aa  120  6e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.7 
 
 
454 aa  118  1.9999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.96 
 
 
438 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.2 
 
 
509 aa  117  5e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.54 
 
 
440 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  39.92 
 
 
326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.91 
 
 
521 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.89 
 
 
449 aa  115  1.0000000000000001e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  37.89 
 
 
449 aa  115  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40 
 
 
524 aa  115  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.43 
 
 
457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0437  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.6 
 
 
349 aa  115  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203685  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  36.48 
 
 
471 aa  114  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.32 
 
 
464 aa  114  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.69 
 
 
426 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.32 
 
 
464 aa  114  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.55 
 
 
427 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  40 
 
 
458 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  43 
 
 
445 aa  113  7.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.53 
 
 
427 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.87 
 
 
427 aa  113  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  37.77 
 
 
445 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  38.4 
 
 
425 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.07 
 
 
436 aa  111  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.934648 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.02 
 
 
459 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  41.61 
 
 
434 aa  110  5e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  46 
 
 
284 aa  110  6e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.331107 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.47 
 
 
321 aa  110  6e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.5 
 
 
486 aa  109  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.08 
 
 
442 aa  109  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1673  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.22 
 
 
457 aa  108  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  44.13 
 
 
442 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  37.77 
 
 
431 aa  107  3e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.57 
 
 
471 aa  107  3e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.82 
 
 
457 aa  107  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4939  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.08 
 
 
308 aa  107  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.457595 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2732  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.69 
 
 
353 aa  106  6e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.101406 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.44 
 
 
448 aa  106  7e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1620  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.04 
 
 
390 aa  106  7e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.36 
 
 
339 aa  105  1e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  37.23 
 
 
431 aa  106  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.85 
 
 
344 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.97 
 
 
442 aa  105  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.43 
 
 
480 aa  105  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.25 
 
 
311 aa  105  2e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  33.17 
 
 
443 aa  105  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  33.45 
 
 
682 aa  104  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.13 
 
 
460 aa  104  3e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.13 
 
 
451 aa  104  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1627  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.82 
 
 
335 aa  104  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.13 
 
 
460 aa  104  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1208  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.66 
 
 
438 aa  103  5e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.429523  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.77 
 
 
425 aa  103  5e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  31.77 
 
 
357 aa  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  39.43 
 
 
487 aa  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.78 
 
 
470 aa  103  7e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.02 
 
 
414 aa  103  7e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.81 
 
 
334 aa  103  8e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.71 
 
 
457 aa  102  9e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.76 
 
 
462 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2323  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.22 
 
 
347 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.368291  hitchhiker  0.0000894002 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.49 
 
 
419 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>