More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1120 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1120  DNA-binding protein  100 
 
 		 69 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1149  XRE family transcriptional regulator  92.75 
 
 		 69 aa  131  3e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1338  DNA-binding protein  86.96 
 
 		 69 aa  123  8.000000000000001e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1819  XRE family transcriptional regulator  59.7 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.344657  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1630  XRE family transcriptional regulator  61.29 
 
 		 63 aa  90.1  9e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1517  XRE family transcriptional regulator  64.52 
 
 		 73 aa  89.7  1e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.449113  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0692  XRE family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 74 aa  89  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.782082  normal  0.118291 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3036  XRE family transcriptional regulator  59.68 
 
 		 67 aa  89  2e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1649  XRE family transcriptional regulator  55.88 
 
 		 69 aa  88.6  3e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.287153  hitchhiker  0.00253502 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1167  XRE family transcriptional regulator  57.97 
 
 		 71 aa  85.5  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1410  XRE family transcriptional regulator  58.06 
 
 		 72 aa  85.9  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1315  DNA-binding protein  57.97 
 
 		 69 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1677  transcriptional regulator, XRE family  56.06 
 
 		 72 aa  84  7e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0752  XRE family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 69 aa  82.8  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.273056  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1472  transcriptional regulator, XRE family  54.84 
 
 		 69 aa  81.6  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.000374742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4364  transcriptional regulator protein-like protein  53.62 
 
 		 78 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1613  XRE family transcriptional regulator  60.66 
 
 		 71 aa  80.9  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1381  DNA-binding protein  61.29 
 
 		 69 aa  80.5  0.000000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1419  DNA-binding protein  61.29 
 
 		 69 aa  80.5  0.000000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1178  DNA-binding protein  61.29 
 
 		 69 aa  80.5  0.000000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.826744  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1153  transcriptional regulator  61.29 
 
 		 69 aa  80.5  0.000000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1341  DNA-binding protein  61.29 
 
 		 69 aa  80.5  0.000000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.4555000000000005e-25 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4029  DNA-binding protein  61.29 
 
 		 69 aa  80.5  0.000000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.131881 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4745  XRE family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 77 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.143119 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0759  transcriptional regulator, XRE family  53.97 
 
 		 70 aa  79.3  0.00000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0292  XRE family transcriptional regulator  56.45 
 
 		 63 aa  80.1  0.00000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1159  transcriptional regulator  56.06 
 
 		 80 aa  79  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0138  XRE family transcriptional regulator  56.92 
 
 		 69 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0315145  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3964  XRE family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 77 aa  78.6  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.934118  normal  0.368551 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1123  transcriptional regulator, XRE family  51.61 
 
 		 66 aa  78.2  0.00000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.503479 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3240  transcriptional regulator, XRE family  53.85 
 
 		 66 aa  78.6  0.00000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5460  transcriptional regulator, XRE family  51.47 
 
 		 79 aa  77.8  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0289484  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2822  transcriptional regulator, XRE family  51.56 
 
 		 73 aa  77  0.00000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00025519  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1833  transcriptional regulator  56.45 
 
 		 65 aa  76.6  0.0000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000852884  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0169  Cro/CI family transcriptional regulator  60.29 
 
 		 68 aa  76.3  0.0000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0106537  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2052  XRE family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 84 aa  75.5  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.14736  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3410  transcriptional regulator, XRE family protein  61.67 
 
 		 64 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1271  DNA-binding protein  62.96 
 
 		 65 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0207  XRE family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 63 aa  75.1  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1719  XRE family transcriptional regulator  52.31 
 
 		 65 aa  75.1  0.0000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4511  XRE family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 64 aa  74.7  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.11449  normal  0.768311 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0689  XRE family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 63 aa  74.7  0.0000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0543  transcriptional regulator, XRE family  52.17 
 
 		 71 aa  74.3  0.0000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1425  transciptional regulator  54.69 
 
 		 69 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.132768  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2218  XRE family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 68 aa  73.6  0.0000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1666  XRE family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 64 aa  73.6  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3627  XRE family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 65 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0277  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 77 aa  73.6  0.0000000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.189848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2965  transcriptional regulator, XRE family  56.45 
 
 		 224 aa  73.6  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.598952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1497  XRE family transcriptional regulator  55 
 
 		 71 aa  73.6  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.764708  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0512  XRE family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 72 aa  73.6  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.994286 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02550  predicted transcriptional regulator  50.79 
 
 		 67 aa  72.8  0.000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.596606  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1211  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 67 aa  72.8  0.000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0517  DNA-binding protein  51.52 
 
 		 67 aa  72  0.000000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00223122 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3871  XRE family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 70 aa  72  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0238675  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0019  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 68 aa  71.6  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1159  DNA-binding protein  52.31 
 
 		 67 aa  70.9  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593416  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1932  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 80 aa  70.9  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000103733  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1409  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 75 aa  71.2  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.503834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3903  transcriptional regulator, XRE family  56.67 
 
 		 64 aa  70.9  0.000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.009018  normal  0.0135287 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2208  XRE family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 73 aa  70.9  0.000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0421873 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2263  DNA-binding protein  49.23 
 
 		 66 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.784233  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2539  DNA-binding protein  49.23 
 
 		 66 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.10177e-42 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2523  DNA-binding protein  49.23 
 
 		 66 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1885  transcriptional regulator, XRE family  49.23 
 
 		 68 aa  70.1  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000259455 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2347  DNA-binding protein  49.23 
 
 		 69 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203994  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2306  DNA-binding protein  49.23 
 
 		 69 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0129797  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0313  transcriptional regulator, XRE family  50.82 
 
 		 66 aa  69.3  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.834607 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0989  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 67 aa  69.3  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.214292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2424  XRE family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 66 aa  68.6  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.21455  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0600  XRE family transcriptional regulator  52.31 
 
 		 72 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2370  transcriptional regulator, XRE family  51.67 
 
 		 72 aa  68.6  0.00000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.209758  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4290  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 70 aa  68.6  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34926  normal  0.146409 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0501  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 68 aa  68.2  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3732  XRE family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 63 aa  68.2  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00268378  normal  0.0189941 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3012  DNA-binding protein  50 
 
 		 69 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.632687  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02797  helix-turn-helix, putative  48.39 
 
 		 62 aa  67.8  0.00000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2934  helix-turn-helix family DNA-binding protein  50 
 
 		 69 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0575  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 72 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3243  DNA-binding protein  50 
 
 		 69 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11150  putative transcriptional regulator  49.28 
 
 		 68 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00242881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0717  DNA-binding protein  50.77 
 
 		 72 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.037102  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5696  XRE family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 66 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.0346696 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0372  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 64 aa  67.4  0.00000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0794944  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0142  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 91 aa  67.4  0.00000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0927186 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4619  DNA-binding protein  50.77 
 
 		 72 aa  67.4  0.00000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.985933  normal  0.0107743 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2552  transcriptional regulator  44.44 
 
 		 64 aa  67.4  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.954813 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0246  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 69 aa  67  0.00000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5666  DNA-binding protein  49.18 
 
 		 65 aa  67  0.00000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4366  transcriptional regulator  46.67 
 
 		 101 aa  66.6  0.00000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0270567  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0037  hypothetical protein  44.62 
 
 		 68 aa  66.6  0.0000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1115  transcriptional regulator, Cro/CI family  50 
 
 		 77 aa  66.6  0.0000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.253142  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0753  DNA-binding protein  49.23 
 
 		 75 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.389457  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0652  DNA-binding protein  49.23 
 
 		 75 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4519  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 101 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0596  transcriptional regulator  49.23 
 
 		 75 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.128395  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4713  transcriptional regulator  49.25 
 
 		 75 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0830303  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4729  transcriptional regulator  49.25 
 
 		 75 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.693705  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4871  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 101 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5148  hypothetical protein  49.25 
 
 		 75 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.33566  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>