137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_R0089 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_R0089  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.62711e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0680  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0731401  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0785  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.571174  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0023  tRNA-Pro  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000446356  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0018  tRNA-Pro  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.767214  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R82  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000106099  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5179  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0029  tRNA-Pro  96.08 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60160  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000641605  hitchhiker  0.0000000111412 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0022  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.912815  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60070  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.662949  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0085  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000032412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0020  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.130246  normal  0.018662 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0021  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t12  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t14  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA10  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00000000713985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA12  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000032526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA24  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.903003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R84  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112788  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0005  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0049  tRNA-Pro  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.757916 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t12  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00000649817  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t14  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00607834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0013  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000629989  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0022  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.490291  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0024  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471788  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0027  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0029  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.718655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0074  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0012  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.762181  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0049  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.197597  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0031  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000674228  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0051  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0031  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000153307  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0051  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna131  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000799453  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0037  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000230593  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0051  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna020  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000590074  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1813  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2559  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122193  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2561  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000630917  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna018  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000119113  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0014  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.599109 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0019  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.512808  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0039  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.123055 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0007  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09140  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.997808  normal  0.0616263 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0036  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00692633  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0047  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00017346  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0011  tRNA-Pro  90 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>