110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_R0065 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_R0065  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0060  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0044  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.477154  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-3  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0002  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00524383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0070  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0320721  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0054  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0004  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0011  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.259096  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0011  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167662 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0045  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000299678  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0008  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.745239  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0008  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0026  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.963171  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0074  tRNA-Met  93.22 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0565222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0029  tRNA-Met  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.513639 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0051  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00732505  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0074  tRNA-Met  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224698  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0083  tRNA-Met  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000161068  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1228  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1239  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2151  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0974821  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2266  tRNA-Met  88.73 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.507582  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  87.84 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0033  tRNA-Met  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0076  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0018  tRNA-Met  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0555384  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0040  tRNA-Met  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000293258  hitchhiker  0.00175254 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0013  tRNA-Met  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000227185  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0015  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.012371 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0055  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0076  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.607006 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0034  tRNA-Met  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.029342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0041  tRNA-Met  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000311146  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0046  tRNA-Lys  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.856653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0042  tRNA-Met  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0017  tRNA-Met  91.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0000739472  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0007  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.860787  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0009  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.349151  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0006  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0204099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0023  tRNA-Val  100 
 
 		 108 bp  50.1  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.423133  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  84.42 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0007  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0036  tRNA-Met  87.76 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000582782  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0007  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  86.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.593397  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt021  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000111165  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0744  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1749  tRNA-Met  86.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  86.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0033  tRNA-Met  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.507086  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0037  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0045  tRNA-Met  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0607  tRNA-Met  86.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0016  tRNA-Met  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000153982  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0016  tRNA-Met  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000169837  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0017  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0042  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0001  tRNA-Ile  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.541635  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0106  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.83328e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3788  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.99066  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4649  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.241852  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  82.86 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  82.86 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0051  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.138562  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tHis01  tRNA-His  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000397081  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0048  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.636715 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0053  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0096  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000270279  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2558  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000105992  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2560  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615036  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14010  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.5197900000000005e-29  hitchhiker  0.00000218177 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4200  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.1543e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00486  tRNA-His  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00488  tRNA-His  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4711  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.57467e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5088  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000459439  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0004  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000344826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0526  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000639476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0043  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0173086  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0123  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000064572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4162  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000244422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0018  tRNA-Met  83.78 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.169574 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  82.86 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4212  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000802937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4261  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00000854975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4143  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000628475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4158  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000071707  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3098t  tRNA-His  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000103894  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3100t  tRNA-His  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000111916  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5231  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000873931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_3981  hypothetical protein  93.33 
 
 		 564 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0075  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0009  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000412211  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>