98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0001 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0001  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.541635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1239  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0044  tRNA-Met  88.33 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.477154  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0036  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0037  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0018  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0555384  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0004  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000939428  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0009  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0767985  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0004  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.147077  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0009  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00618734  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0004  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301418 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0024  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0009  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.425741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0004  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0052  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0029428  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0047  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.026073  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0004  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000076362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t03  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0002  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000539151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0041  tRNA-Met  94.59 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000311146  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0017  tRNA-Ile  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0599655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0040  tRNA-Ile  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.241965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0037  tRNA-Ile  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0028  tRNA-Ile  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.897252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0038  tRNA-Ile  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00492352  normal  0.805671 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0026  tRNA-Ile  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0532408 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0033  tRNA-Ile  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0057  tRNA-Ile  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.926394 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0063  tRNA-Ile  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.809971 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0008  tRNA-Met  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0008  tRNA-Ile  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R18  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0040  tRNA-Ile  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.443427  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0058  tRNA-Ile  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.102192  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt021  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000111165  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  PCAL_1  tRNA-Ile  96.43 
 
 		 95 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0024  tRNA-Ile  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1228  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2151  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0974821  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2266  tRNA-Met  91.67 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.507582  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0744  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07660  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.041948 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0011  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.259096  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0017  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0005  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0016  tRNA-Met  90.7 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000169837  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0010  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.121367  normal  0.0933113 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0042  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0065  tRNA-Met  90.7 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0006  tRNA-Met  88.24 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0032  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000441039  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0011  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167662 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0035  tRNA-Ile  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.15056  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0030  tRNA-Ile  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0016  tRNA-Met  90.7 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000153982  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2158  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09530  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0129641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0070  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.385957 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0019  tRNA-Ile  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0027  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.20425  decreased coverage  0.00178196 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0039  tRNA-Ile  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000868167  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1706  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0022  tRNA-Val  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.267849  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0045  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0020  tRNA-Asn  90.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0246205 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0593  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.234986  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0007  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0017  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.853274 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0041  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2322  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1713  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1726  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.826241  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_R0057  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.381014  normal  0.359244 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0016  tRNA-Ile  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0286142  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0034  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1273  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1522  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0008  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2187  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2230  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2237  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2258  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.127435  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>