172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_R0022 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_R0022  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.267849  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0030  tRNA-Ile  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0035  tRNA-Ile  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.15056  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0031  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t33  tRNA-Ile  86.15 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.332244  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t38  tRNA-Ile  86.15 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00741229  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt14  tRNA-Ile  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.033496  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0039  tRNA-Val  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1021  tRNA-Ile  86.15 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1585  tRNA-Ile  86.15 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1793  tRNA-Ile  86.15 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00299619  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0071  tRNA-Ile  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.741425  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0011  tRNA-Ile  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0019  tRNA-Ile  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0055  tRNA-Ile  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.744049  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0028  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0014  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.207182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0065  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00143134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0055  tRNA-Val  87.3 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0368844  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0034  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0035  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.849815  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0047  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.575772  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0709  tRNA-Val  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0044  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0037  tRNA-Val  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0260915  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0029  tRNA-Ile  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.138289  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0064  tRNA-Phe  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.322104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0259  tRNA-Ile  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1085  tRNA-Ile  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0040  tRNA-Val  86.44 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000348872 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0051  tRNA-Val  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000148873  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0051  tRNA-Ile  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00198263  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0007  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0017  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.853274 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0041  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0031  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000044944  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0038  tRNA-Val  86.44 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0019  tRNA-Ile  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000012543  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0063  tRNA-Val  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000000708072  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0013  tRNA-Val  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6014  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0005  tRNA-Val  94.29 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.642292 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0011  tRNA-Val  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000197558  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt027  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6007  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.358731 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4324  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0101134  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4348  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.265257  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4353  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.116887  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0050  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303318 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0085  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0058  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.646695 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0064  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0072  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.152177 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0003  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00132267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0018  tRNA-Ile  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0042  tRNA-Ile  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0003  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0042  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0003  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.784686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0051  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0058  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0064  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0037  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.327005 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0049  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.319822 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0056  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0064  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.375989  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5674  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000774972  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5687  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000478099  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-4  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000645962  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-3  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000052933  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-4  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00757095  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-5  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-6  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000716932  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-7  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000452768  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Val-1  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000230232  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Val-2  tRNA-Val  89.47 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000226351  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-2  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000053562  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0028  tRNA-Val  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.252739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0013  tRNA-Ile  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.059772  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>