More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3448 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_3448  dihydropyrimidine dehydrogenase  100 
 
 
422 aa  877    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.117206  normal  0.0570725 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6656  dihydropyrimidine dehydrogenase  59.85 
 
 
438 aa  508  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.569417  normal  0.0129308 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2199  dihydropyrimidine dehydrogenase  58.6 
 
 
426 aa  509  1e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1595  dihydropyrimidine dehydrogenase  59.85 
 
 
437 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5965  dihydropyrimidine dehydrogenase  59.85 
 
 
435 aa  509  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.663226  normal  0.568701 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2213  dihydropyrimidine dehydrogenase  58.45 
 
 
429 aa  511  1e-143  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6236  dihydropyrimidine dehydrogenase  59.85 
 
 
437 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.182337  normal  0.153451 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5721  dihydropyrimidine dehydrogenase  59.85 
 
 
435 aa  509  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.85505  normal  0.854887 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1429  dihydropyrimidine dehydrogenase  60.1 
 
 
444 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6712  dihydropyrimidine dehydrogenase  59.61 
 
 
437 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.302469 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1534  dihydropyrimidine dehydrogenase  59.12 
 
 
436 aa  503  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.553983  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5351  dihydropyrimidine dehydrogenase  59.12 
 
 
435 aa  502  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.162671 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2689  dihydropyrimidine dehydrogenase  59.37 
 
 
444 aa  500  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2862  dihydropyrimidine dehydrogenase  57.68 
 
 
439 aa  495  1e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2055  dihydropyrimidine dehydrogenase  58.02 
 
 
437 aa  496  1e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1458  dihydropyrimidine dehydrogenase  56.03 
 
 
434 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.850585  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1800  dihydropyrimidine dehydrogenase  58.7 
 
 
424 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.287074  normal  0.942647 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0187  dihydropyrimidine dehydrogenase  55.32 
 
 
434 aa  489  1e-137  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.799767  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1820  dihydropyrimidine dehydrogenase  55.32 
 
 
434 aa  489  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.22065 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4038  dihydropyrimidine dehydrogenase  58.21 
 
 
424 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0282  dihydropyrimidine dehydrogenase  56.5 
 
 
436 aa  486  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.384818  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3449  dihydropyrimidine dehydrogenase  56.37 
 
 
437 aa  485  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.591903  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6035  dihydropyrimidine dehydrogenase  56.27 
 
 
441 aa  481  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.181923  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0967  dihydropyrimidine dehydrogenase  57.45 
 
 
442 aa  484  1e-135  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.584052  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3640  dihydropyrimidine dehydrogenase  58.55 
 
 
424 aa  484  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0957824  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0540  dihydropyrimidine dehydrogenase  57.49 
 
 
424 aa  484  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1834  dihydropyrimidine dehydrogenase  57.83 
 
 
424 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.184272 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05740  dihydropyrimidine dehydrogenase  57.25 
 
 
425 aa  482  1e-135  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.744293  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3029  dihydropyrimidine dehydrogenase  55.42 
 
 
437 aa  480  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00152592  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3281  dihydropyrimidine dehydrogenase  55.53 
 
 
437 aa  480  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.919759  normal  0.0909458 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0296  dihydropyrimidine dehydrogenase  56.03 
 
 
436 aa  481  1e-134  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.123218  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2361  dihydropyrimidine dehydrogenase  55.66 
 
 
437 aa  479  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.412287  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1500  dihydropyrimidine dehydrogenase  53.76 
 
 
434 aa  480  1e-134  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190066  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0045  dihydropyrimidine dehydrogenase  56.74 
 
 
437 aa  480  1e-134  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0365  dihydropyrimidine dehydrogenase  56.86 
 
 
436 aa  479  1e-134  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1889  dihydroorotate dehydrogenase family protein  56.06 
 
 
461 aa  476  1e-133  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0110983  normal  0.121319 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2108  dihydroorotate dehydrogenase family protein  52.63 
 
 
461 aa  475  1e-133  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.110161  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2712  dihydropyrimidine dehydrogenase  55.19 
 
 
434 aa  475  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.462922  normal  0.632693 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1363  dihydropyrimidine dehydrogenase  53.66 
 
 
432 aa  473  1e-132  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.709069 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3443  dihydropyrimidine dehydrogenase  56.31 
 
 
424 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.462217 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4020  dihydropyrimidine dehydrogenase  54.77 
 
 
435 aa  464  1e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4151  dihydropyrimidine dehydrogenase  54.61 
 
 
436 aa  454  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2422  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.13 
 
 
411 aa  329  7e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2377  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.23 
 
 
411 aa  328  9e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.750594  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2534  dihydropyrimidine dehydrogenase  40.89 
 
 
411 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.666903  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2333  dihydropyrimidine dehydrogenase  40.89 
 
 
411 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.757399  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2426  dihydropyrimidine dehydrogenase  40.89 
 
 
411 aa  327  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2442  dihydropyrimidine dehydrogenase  39.66 
 
 
411 aa  319  5e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2294  dihydropyrimidine dehydrogenase  39.66 
 
 
411 aa  319  6e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00484206 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02076  dihydropyrimidine dehydrogenase  39.66 
 
 
411 aa  319  7e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1511  dihydroorotate dehydrogenase family protein  39.66 
 
 
411 aa  319  7e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.823928  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3279  dihydropyrimidine dehydrogenase  39.66 
 
 
411 aa  319  7e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.732887 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02035  hypothetical protein  39.66 
 
 
411 aa  319  7e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2281  dihydropyrimidine dehydrogenase  39.66 
 
 
411 aa  319  7e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1501  dihydropyrimidine dehydrogenase  39.66 
 
 
411 aa  318  9e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0824  dihydropyrimidine dehydrogenase  39.66 
 
 
411 aa  317  2e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1309  dihydropyrimidine dehydrogenase  40.82 
 
 
432 aa  313  2.9999999999999996e-84  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2025  dihydroorotate dehydrogenase family protein  41.48 
 
 
398 aa  292  6e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1225  dihydroorotate dehydrogenase 1B  32.04 
 
 
300 aa  136  7.000000000000001e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0613844  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1743  dihydroorotate dehydrogenase family protein  28.75 
 
 
363 aa  132  9e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0832  dihydroorotate dehydrogenase family protein  29.1 
 
 
299 aa  129  7.000000000000001e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2085  dihydroorotate dehydrogenase family protein  29.06 
 
 
381 aa  129  9.000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00414883  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2150  dihydroorotate dehydrogenase 1B  39.71 
 
 
305 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000128716  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2762  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  31.78 
 
 
303 aa  124  4e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0472  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.66 
 
 
304 aa  123  7e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.730654  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0163  dihydroorotate dehydrogenase 1B  39.09 
 
 
311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000375439  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1466  dihydroorotate dehydrogenase 1B  30.99 
 
 
301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.831826  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2127  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  36.02 
 
 
352 aa  120  3.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.95796 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2629  dihydroorotate dehydrogenase 1B  37.86 
 
 
304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.372998  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1198  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.73 
 
 
304 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.770719  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2850  dihydroorotate dehydrogenase family protein  35.6 
 
 
302 aa  118  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3982  dihydroorotate dehydrogenase 1B  35.78 
 
 
309 aa  117  3e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1436  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.41 
 
 
304 aa  117  3e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.405217  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3711  dihydroorotate dehydrogenase 1B  36.24 
 
 
309 aa  117  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.657474  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3929  dihydroorotate dehydrogenase 1B  35.78 
 
 
309 aa  117  5e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1259  dihydroorotate dehydrogenase 1B  35.78 
 
 
309 aa  117  5e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3735  dihydroorotate dehydrogenase 1B  35.78 
 
 
309 aa  117  5e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.329166  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3626  dihydroorotate dehydrogenase 1B  35.78 
 
 
309 aa  117  5e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3643  dihydroorotate dehydrogenase 1B  35.78 
 
 
309 aa  117  5e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3898  dihydroorotate dehydrogenase 1B  35.78 
 
 
309 aa  117  5e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000211547 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3933  dihydroorotate dehydrogenase 1B  35.78 
 
 
309 aa  117  5e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4023  dihydroorotate dehydrogenase 1B  35.78 
 
 
309 aa  117  5e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1049  dihydroorotate dehydrogenase 1B  34.86 
 
 
313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1950  dihydroorotate dehydrogenase family protein  33.17 
 
 
297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000449747  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0051  dihydroorotate dehydrogenase family protein  34.15 
 
 
330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0912  dihydroorotate dehydrogenase 1B  30.06 
 
 
305 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.53908  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1424  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.19 
 
 
304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.601121  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2533  dihydroorotate dehydrogenase 1B  35.32 
 
 
309 aa  114  3e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0125  dihydroorotate dehydrogenase 1B  33.93 
 
 
308 aa  114  3e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000118304  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1380  dihydroorotate dehydrogenase family protein  34.3 
 
 
300 aa  114  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0444  dihydroorotate dehydrogenase  28.26 
 
 
390 aa  113  6e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.114446  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1390  dihydroorotate dehydrogenase family protein  32.88 
 
 
303 aa  112  9e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1183  dihydroorotate dehydrogenase 1B  33.18 
 
 
324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1372  dihydroorotate dehydrogenase 1B  34.55 
 
 
310 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000766739  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2665  dihydroorotate dehydrogenase family protein  33.78 
 
 
322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1153  dihydroorotate dehydrogenase  34.55 
 
 
417 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00356185  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0450  dihydroorotate dehydrogenase 1B  29.21 
 
 
304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.187702  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1919  dihydroorotate dehydrogenase 1B  35.32 
 
 
313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1092  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.84 
 
 
311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.149271  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1279  hypothetical protein  35.27 
 
 
302 aa  110  5e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>