More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1500 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR0282  dihydropyrimidine dehydrogenase  77.08 
 
 		 436 aa  692    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.384818  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0187  dihydropyrimidine dehydrogenase  78.52 
 
 		 434 aa  720    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.799767  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2361  dihydropyrimidine dehydrogenase  78.16 
 
 		 437 aa  710    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.412287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1820  dihydropyrimidine dehydrogenase  78.52 
 
 		 434 aa  720    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.22065 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2712  dihydropyrimidine dehydrogenase  81.52 
 
 		 434 aa  735    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.462922  normal  0.632693 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0365  dihydropyrimidine dehydrogenase  78.24 
 
 		 436 aa  702    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4020  dihydropyrimidine dehydrogenase  70.23 
 
 		 435 aa  640    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1500  dihydropyrimidine dehydrogenase  100 
 
 		 434 aa  897    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2862  dihydropyrimidine dehydrogenase  71.72 
 
 		 439 aa  660    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0296  dihydropyrimidine dehydrogenase  76.85 
 
 		 436 aa  690    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.123218  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2055  dihydropyrimidine dehydrogenase  76.09 
 
 		 437 aa  702    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3449  dihydropyrimidine dehydrogenase  77.7 
 
 		 437 aa  711    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.591903  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3281  dihydropyrimidine dehydrogenase  78.16 
 
 		 437 aa  715    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.919759  normal  0.0909458 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3029  dihydropyrimidine dehydrogenase  77.01 
 
 		 437 aa  709    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00152592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1363  dihydropyrimidine dehydrogenase  79.03 
 
 		 432 aa  721    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.709069 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0967  dihydropyrimidine dehydrogenase  72.22 
 
 		 442 aa  638    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.584052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1458  dihydropyrimidine dehydrogenase  77.6 
 
 		 434 aa  715    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.850585  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0045  dihydropyrimidine dehydrogenase  73.79 
 
 		 437 aa  673    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6035  dihydropyrimidine dehydrogenase  67.9 
 
 		 441 aa  615  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.181923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1534  dihydropyrimidine dehydrogenase  67.2 
 
 		 436 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.553983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6712  dihydropyrimidine dehydrogenase  66.9 
 
 		 437 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.302469 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2689  dihydropyrimidine dehydrogenase  66.9 
 
 		 444 aa  598  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1429  dihydropyrimidine dehydrogenase  66.67 
 
 		 444 aa  598  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1595  dihydropyrimidine dehydrogenase  66.9 
 
 		 437 aa  599  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6236  dihydropyrimidine dehydrogenase  66.9 
 
 		 437 aa  599  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.182337  normal  0.153451 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5721  dihydropyrimidine dehydrogenase  66.44 
 
 		 435 aa  595  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.85505  normal  0.854887 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6656  dihydropyrimidine dehydrogenase  67.37 
 
 		 438 aa  597  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.569417  normal  0.0129308 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5351  dihydropyrimidine dehydrogenase  66.44 
 
 		 435 aa  595  1e-169  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.162671 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5965  dihydropyrimidine dehydrogenase  66.44 
 
 		 435 aa  595  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.663226  normal  0.568701 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4151  dihydropyrimidine dehydrogenase  66.21 
 
 		 436 aa  587  1e-166  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1834  dihydropyrimidine dehydrogenase  66.36 
 
 		 424 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.184272 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4038  dihydropyrimidine dehydrogenase  65.68 
 
 		 424 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3640  dihydropyrimidine dehydrogenase  66.36 
 
 		 424 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0957824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1800  dihydropyrimidine dehydrogenase  66.13 
 
 		 424 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.287074  normal  0.942647 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0540  dihydropyrimidine dehydrogenase  65.9 
 
 		 424 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05740  dihydropyrimidine dehydrogenase  65.68 
 
 		 425 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.744293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2199  dihydropyrimidine dehydrogenase  63.66 
 
 		 426 aa  565  1e-160  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3443  dihydropyrimidine dehydrogenase  66.51 
 
 		 424 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.462217 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3448  dihydropyrimidine dehydrogenase  53.76 
 
 		 422 aa  480  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.117206  normal  0.0570725 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2213  dihydropyrimidine dehydrogenase  57.28 
 
 		 429 aa  478  1e-133  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2108  dihydroorotate dehydrogenase family protein  53.02 
 
 		 461 aa  447  1.0000000000000001e-124  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.110161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1889  dihydroorotate dehydrogenase family protein  52.56 
 
 		 461 aa  422  1e-117  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0110983  normal  0.121319 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02076  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.5 
 
 		 411 aa  330  3e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1511  dihydroorotate dehydrogenase family protein  42.5 
 
 		 411 aa  330  3e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.823928  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02035  hypothetical protein  42.5 
 
 		 411 aa  330  3e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3279  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.5 
 
 		 411 aa  330  3e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.732887 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1501  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.5 
 
 		 411 aa  330  3e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2281  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.5 
 
 		 411 aa  330  3e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2294  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.5 
 
 		 411 aa  329  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00484206 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2422  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.75 
 
 		 411 aa  329  7e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0824  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.5 
 
 		 411 aa  329  7e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2377  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.75 
 
 		 411 aa  328  8e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.750594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2442  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.25 
 
 		 411 aa  328  9e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2333  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.75 
 
 		 411 aa  328  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.757399  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2534  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.75 
 
 		 411 aa  328  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.666903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2426  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.75 
 
 		 411 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1309  dihydropyrimidine dehydrogenase  40.66 
 
 		 432 aa  298  1e-79  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2025  dihydroorotate dehydrogenase family protein  37.91 
 
 		 398 aa  259  9e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0450  dihydroorotate dehydrogenase 1B  34.26 
 
 		 304 aa  140  4.999999999999999e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.187702  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1743  dihydroorotate dehydrogenase family protein  27.41 
 
 		 363 aa  139  1e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2085  dihydroorotate dehydrogenase family protein  27.5 
 
 		 381 aa  134  3e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00414883  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0832  dihydroorotate dehydrogenase family protein  32.3 
 
 		 299 aa  132  2.0000000000000002e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2286  dihydroorotate dehydrogenase 1B  34.6 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000160117  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1225  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.63 
 
 		 300 aa  126  8.000000000000001e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0613844  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0618  dihydroorotate dehydrogenase family protein  37.24 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.056994  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1436  dihydroorotate dehydrogenase 1B  32.62 
 
 		 304 aa  124  3e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.405217  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1466  dihydroorotate dehydrogenase 1B  32.8 
 
 		 301 aa  123  6e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.831826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0444  dihydroorotate dehydrogenase  28.03 
 
 		 390 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.114446  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0472  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.1 
 
 		 304 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.730654  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1380  dihydroorotate dehydrogenase family protein  36.68 
 
 		 300 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1198  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.4 
 
 		 304 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.770719  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2629  dihydroorotate dehydrogenase 1B  37.69 
 
 		 304 aa  117  5e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.372998  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1424  dihydroorotate dehydrogenase 1B  29.82 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.601121  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1814  dihydroorotate dehydrogenase 1B  36.44 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00465279  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3279  dihydroorotate dehydrogenase 1  34.36 
 
 		 321 aa  113  5e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4014  dihydroorotate dehydrogenase family protein  33.17 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0785  dihydroorotate dehydrogenase family protein  38.1 
 
 		 299 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2762  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  35.05 
 
 		 303 aa  112  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0912  dihydroorotate dehydrogenase 1B  30.03 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.53908  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1092  dihydroorotate dehydrogenase 1B  30.49 
 
 		 311 aa  110  6e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.149271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2127  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  36.41 
 
 		 352 aa  110  7.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.95796 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09420  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  36.6 
 
 		 304 aa  109  8.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000187971  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1950  dihydroorotate dehydrogenase family protein  34.67 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000449747  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0121  dihydroorotate dehydrogenase family protein  24.74 
 
 		 360 aa  108  1e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1469  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.9 
 
 		 311 aa  108  2e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0123797  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0125  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.9 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000118304  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1244  dihydroorotate dehydrogenase 1B  30.3 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1390  dihydroorotate dehydrogenase family protein  29.14 
 
 		 303 aa  107  4e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2143  dihydroorotate dehydrogenase family protein  36.15 
 
 		 308 aa  106  7e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2665  dihydroorotate dehydrogenase family protein  36.76 
 
 		 322 aa  106  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1663  dihydroorotate dehydrogenase family protein  35.79 
 
 		 356 aa  105  2e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000377649  hitchhiker  0.00130858 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0056  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  37.56 
 
 		 308 aa  105  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1049  dihydroorotate dehydrogenase 1B  35.64 
 
 		 313 aa  105  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0072  dihydroorotate dehydrogenase family protein  36.15 
 
 		 307 aa  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2304  dihydroorotate dehydrogenase 1B  35.11 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.268618  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2399  dihydroorotate dehydrogenase 1B  37.17 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317433  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1065  dihydroorotate dehydrogenase 1B  35.9 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.257669 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0051  dihydroorotate dehydrogenase family protein  33.5 
 
 		 330 aa  102  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2402  dihydroorotate dehydrogenase family protein  32.12 
 
 		 303 aa  101  2e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.350257  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1820  dihydroorotate dehydrogenase 1B  37.37 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0131374 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>