More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2361 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3029  dihydropyrimidine dehydrogenase  91.3 
 
 		 437 aa  846    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00152592  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0282  dihydropyrimidine dehydrogenase  84.7 
 
 		 436 aa  770    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.384818  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1458  dihydropyrimidine dehydrogenase  77.12 
 
 		 434 aa  711    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.850585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0365  dihydropyrimidine dehydrogenase  84.7 
 
 		 436 aa  772    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6035  dihydropyrimidine dehydrogenase  71.99 
 
 		 441 aa  652    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.181923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2862  dihydropyrimidine dehydrogenase  73.17 
 
 		 439 aa  665    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0967  dihydropyrimidine dehydrogenase  73.55 
 
 		 442 aa  641    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.584052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1820  dihydropyrimidine dehydrogenase  78.26 
 
 		 434 aa  721    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.22065 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0187  dihydropyrimidine dehydrogenase  78.03 
 
 		 434 aa  719    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.799767  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0296  dihydropyrimidine dehydrogenase  84.47 
 
 		 436 aa  768    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.123218  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2712  dihydropyrimidine dehydrogenase  81.24 
 
 		 434 aa  740    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.462922  normal  0.632693 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4020  dihydropyrimidine dehydrogenase  72.62 
 
 		 435 aa  661    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1500  dihydropyrimidine dehydrogenase  78.16 
 
 		 434 aa  710    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3449  dihydropyrimidine dehydrogenase  89.47 
 
 		 437 aa  822    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.591903  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2055  dihydropyrimidine dehydrogenase  87.41 
 
 		 437 aa  803    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5721  dihydropyrimidine dehydrogenase  71.63 
 
 		 435 aa  634    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.85505  normal  0.854887 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5965  dihydropyrimidine dehydrogenase  71.63 
 
 		 435 aa  634    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.663226  normal  0.568701 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1363  dihydropyrimidine dehydrogenase  80.78 
 
 		 432 aa  731    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.709069 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0045  dihydropyrimidine dehydrogenase  74.94 
 
 		 437 aa  685    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6712  dihydropyrimidine dehydrogenase  71.03 
 
 		 437 aa  640    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.302469 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3281  dihydropyrimidine dehydrogenase  91.08 
 
 		 437 aa  843    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.919759  normal  0.0909458 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2361  dihydropyrimidine dehydrogenase  100 
 
 		 437 aa  904    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.412287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5351  dihydropyrimidine dehydrogenase  70.57 
 
 		 435 aa  634  1e-180  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.162671 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1595  dihydropyrimidine dehydrogenase  70.83 
 
 		 437 aa  634  1e-180  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1534  dihydropyrimidine dehydrogenase  70.94 
 
 		 436 aa  631  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.553983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6236  dihydropyrimidine dehydrogenase  70.83 
 
 		 437 aa  634  1e-180  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.182337  normal  0.153451 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6656  dihydropyrimidine dehydrogenase  71.33 
 
 		 438 aa  630  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.569417  normal  0.0129308 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2689  dihydropyrimidine dehydrogenase  70.93 
 
 		 444 aa  629  1e-179  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1429  dihydropyrimidine dehydrogenase  70.7 
 
 		 444 aa  627  1e-179  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4151  dihydropyrimidine dehydrogenase  69.79 
 
 		 436 aa  617  1e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2199  dihydropyrimidine dehydrogenase  67.67 
 
 		 426 aa  595  1e-169  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4038  dihydropyrimidine dehydrogenase  68.06 
 
 		 424 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3640  dihydropyrimidine dehydrogenase  67.35 
 
 		 424 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0957824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0540  dihydropyrimidine dehydrogenase  67.36 
 
 		 424 aa  591  1e-168  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1800  dihydropyrimidine dehydrogenase  68.06 
 
 		 424 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.287074  normal  0.942647 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05740  dihydropyrimidine dehydrogenase  67.36 
 
 		 425 aa  589  1e-167  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.744293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1834  dihydropyrimidine dehydrogenase  67.36 
 
 		 424 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.184272 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3443  dihydropyrimidine dehydrogenase  67.13 
 
 		 424 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.462217 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2213  dihydropyrimidine dehydrogenase  57.99 
 
 		 429 aa  482  1e-135  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3448  dihydropyrimidine dehydrogenase  55.66 
 
 		 422 aa  479  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.117206  normal  0.0570725 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2108  dihydroorotate dehydrogenase family protein  54.42 
 
 		 461 aa  459  9.999999999999999e-129  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.110161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1889  dihydroorotate dehydrogenase family protein  53.26 
 
 		 461 aa  429  1e-119  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0110983  normal  0.121319 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2422  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.71 
 
 		 411 aa  317  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2377  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.71 
 
 		 411 aa  317  4e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.750594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2333  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.71 
 
 		 411 aa  316  5e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.757399  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2534  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.71 
 
 		 411 aa  316  5e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.666903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2426  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.71 
 
 		 411 aa  315  8e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2442  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.96 
 
 		 411 aa  315  8e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02076  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.71 
 
 		 411 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1511  dihydroorotate dehydrogenase family protein  41.71 
 
 		 411 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.823928  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1501  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.71 
 
 		 411 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3279  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.71 
 
 		 411 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.732887 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2281  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.71 
 
 		 411 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02035  hypothetical protein  41.71 
 
 		 411 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2294  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.71 
 
 		 411 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00484206 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0824  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.71 
 
 		 411 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1309  dihydropyrimidine dehydrogenase  41.33 
 
 		 432 aa  293  3e-78  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2025  dihydroorotate dehydrogenase family protein  38.13 
 
 		 398 aa  249  9e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2085  dihydroorotate dehydrogenase family protein  25.82 
 
 		 381 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00414883  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0618  dihydroorotate dehydrogenase family protein  37.37 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.056994  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0832  dihydroorotate dehydrogenase family protein  31.82 
 
 		 299 aa  129  7.000000000000001e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0450  dihydroorotate dehydrogenase 1B  32.62 
 
 		 304 aa  129  8.000000000000001e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.187702  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1743  dihydroorotate dehydrogenase family protein  26.58 
 
 		 363 aa  127  3e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2286  dihydroorotate dehydrogenase 1B  34.72 
 
 		 300 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000160117  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1436  dihydroorotate dehydrogenase 1B  33.33 
 
 		 304 aa  126  8.000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.405217  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0444  dihydroorotate dehydrogenase  28.22 
 
 		 390 aa  125  1e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.114446  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0472  dihydroorotate dehydrogenase 1B  32.82 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.730654  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1198  dihydroorotate dehydrogenase 1B  32.71 
 
 		 304 aa  125  2e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.770719  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1225  dihydroorotate dehydrogenase 1B  33.44 
 
 		 300 aa  123  7e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0613844  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1424  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.19 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.601121  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3279  dihydroorotate dehydrogenase 1  35.53 
 
 		 321 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1950  dihydroorotate dehydrogenase family protein  33.65 
 
 		 297 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000449747  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0912  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.58 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.53908  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1466  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.25 
 
 		 301 aa  117  6e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.831826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1814  dihydroorotate dehydrogenase 1B  39.13 
 
 		 302 aa  116  7.999999999999999e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00465279  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2762  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  30.67 
 
 		 303 aa  114  4.0000000000000004e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1663  dihydroorotate dehydrogenase family protein  30.37 
 
 		 356 aa  114  4.0000000000000004e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000377649  hitchhiker  0.00130858 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2629  dihydroorotate dehydrogenase 1B  38.1 
 
 		 304 aa  113  7.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.372998  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1380  dihydroorotate dehydrogenase family protein  35.79 
 
 		 300 aa  112  9e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2127  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  38.02 
 
 		 352 aa  112  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.95796 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4014  dihydroorotate dehydrogenase family protein  34.17 
 
 		 314 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1092  dihydroorotate dehydrogenase 1B  34.34 
 
 		 311 aa  111  3e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.149271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0389  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  33.56 
 
 		 321 aa  110  5e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.42122  normal  0.593329 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0051  dihydroorotate dehydrogenase family protein  36.41 
 
 		 330 aa  110  6e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1244  dihydroorotate dehydrogenase 1B  29.82 
 
 		 310 aa  110  6e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0785  dihydroorotate dehydrogenase family protein  35.53 
 
 		 299 aa  110  7.000000000000001e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2399  dihydroorotate dehydrogenase 1B  40.88 
 
 		 305 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317433  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0125  dihydroorotate dehydrogenase 1B  32.6 
 
 		 308 aa  109  1e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000118304  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1820  dihydroorotate dehydrogenase 1B  40.56 
 
 		 305 aa  108  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0131374 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1469  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.84 
 
 		 311 aa  107  6e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0123797  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1390  dihydroorotate dehydrogenase family protein  28.3 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2822  dihydroorotate dehydrogenase 1  38.82 
 
 		 331 aa  105  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0209539  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2200  dihydroorotate dehydrogenase family protein  30.91 
 
 		 308 aa  104  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09420  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  35.05 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000187971  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2850  dihydroorotate dehydrogenase family protein  38.14 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11880  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  35.87 
 
 		 306 aa  103  6e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00147089  normal  0.0175843 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2304  dihydroorotate dehydrogenase 1B  36.17 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.268618  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1197  dihydroorotate dehydrogenase 1B  33.19 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0733416  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1049  dihydroorotate dehydrogenase 1B  33.68 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1495  dihydroorotate dehydrogenase family protein  35.45 
 
 		 303 aa  101  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>