More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1472 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1472  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  611  9.999999999999999e-175  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.102681  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 291 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  25.17 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 300 aa  106  6e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  24.83 
 
 		 300 aa  106  6e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  26.03 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  24.58 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 279 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  25.57 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0568  transcriptional regulator, AraC family  27.47 
 
 		 293 aa  97.1  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.117041  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3846  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 287 aa  91.7  1e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0529  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  26.37 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3174  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 280 aa  91.3  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.626893  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0679  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 289 aa  90.5  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0014238  normal  0.551474 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0165  AraC family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2938  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 279 aa  90.1  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.487848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0261  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 281 aa  89.7  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6275  AraC family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 279 aa  90.1  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0674  AraC family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 265 aa  89.4  7e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3181  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 292 aa  89  8e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  26.04 
 
 		 295 aa  89  9e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  29.46 
 
 		 308 aa  88.2  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2678  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 		 284 aa  88.6  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  38.84 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  25.58 
 
 		 289 aa  87.4  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7157  transcriptional regulator, AraC family  25.76 
 
 		 277 aa  86.7  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.367426 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0557  AraC family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 289 aa  87  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2323  transcriptional regulator, AraC family  38.39 
 
 		 289 aa  86.7  5e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.614848  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  22.18 
 
 		 279 aa  86.3  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3142  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 301 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04272  DNA-binding transcriptional activator  40 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3601  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3609  AraC family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0814  right origin-binding protein  34.01 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0990  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 281 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5910  right origin-binding protein  40 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3481  right origin-binding protein  34.01 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4996  right origin-binding protein  39.22 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4943  right origin-binding protein  40 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4944  right origin-binding protein  39.22 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3660  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4994  right origin-binding protein  40 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04237  hypothetical protein  40 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4632  right origin-binding protein  40 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4837  right origin-binding protein  39.22 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4998  right origin-binding protein  39.22 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4946  right origin-binding protein  40 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.96055 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4910  right origin-binding protein  39.22 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0176  AraC family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1523  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 152 aa  83.2  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00364512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5265  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 281 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0182  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0739  transposon Tn10 TetD protein  38.83 
 
 		 113 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0205  transcriptional activator, AraC family  35.45 
 
 		 281 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000524418 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  23.92 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0223  transcriptional activator, AraC family  35.45 
 
 		 281 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000178737 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1890  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 120 aa  81.6  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.520011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2556  AraC family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000235949  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0634  transposon Tn10 TetD protein  38.83 
 
 		 113 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0693  transposon Tn10 TetD protein  38.83 
 
 		 113 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.808673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  22.3 
 
 		 277 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  36.51 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  27.53 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1897  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0436968  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2009  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0137  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 315 aa  79  0.00000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.10009 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3564  transcriptional regulator, AraC family  27.89 
 
 		 285 aa  79  0.00000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0526  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 129 aa  79  0.00000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000198595  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  38.46 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2107  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 313 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.342925  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0011  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 285 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871788  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0620  transposon Tn10 TetD protein  37.86 
 
 		 113 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0677  transposon Tn10 TetD protein  37.86 
 
 		 113 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 288 aa  79  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1922  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.890213  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2210  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  23.53 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1078  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 113 aa  76.6  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.531138 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01490  DNA-binding transcriptional dual activator of multiple antibiotic resistance  36.89 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0187741  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2145  DNA-binding transcriptional activator MarA  36.89 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.883582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1733  DNA-binding transcriptional activator MarA  36.89 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>